Пропускная способность аэровокзального комплекса — 54 пассажира в час[1]. Основное назначение аэродрома — полёты экспериментальной авиации (испытательная база Таганрогского авиационного научно-технического комплекса имени Г. М. Бериева, территория которого непосредственно прилегает к аэродрому).
Ан-124, Ил-76, Ту-154, Ту-204, Sukhoi Superjet 100 и все более лёгкие самолёты отечественного производства, ATR 42, ATR 72, Bombardier CRJ, Bombardier Dash 8, Embraer EMB 120 Brasilia, Embraer ERJ-145, Embraer E-190, вертолёты всех типов. Классификационное число ВПП (PCN) 44/R/B/W/T.[4]
За время существования испытательной базы Таганрогского авиационного научно-технического комплекса имени Г. М. Бериева неоднократно предпринимались попытки наладить регулярные пассажирские авиарейсы. 15 декабря 2009 года успешно совершен регулярный рейс по маршруту Таганрог—Москва и обратно. Вскоре после этого регулярные полёты были временно приостановлены и затем возобновлены с 17 мая 2010 года[5]. Аэропорт обслуживал одно направление — рейсы Таганрог — Москва (Внуково). Они совершались на самолётах ATR 42-300/320 авиакомпании UTair трижды в неделю — по понедельникам, средам и пятницам. 31 октября 2011 года все регулярные рейсы из Таганрога отменены[6].
«„Таганрог-Южный“ — второй после Ростова-на-Дону гражданский аэропорт в Ростовской области, который может принимать любые типы самолётов и может, помимо прочего, служить для подстраховки. К примеру, если в Ростове сильный туман, и там аэропорт закрыт, то теперь рейсовый самолет может совершить посадку у нас, а не лететь в Краснодар, как это нередко бывает. И, конечно, мы рассчитываем, что открытие аэропорта в Таганроге привлечет в наш замечательный город еще больше гостей, туристов, деловых партнеров», — сказал на церемонии открытия депутат Законодательного собрания Ростовской области Виктор Кобзев. 7 июля 2010 года аэропорт «Таганрог-Южный» принял тысячного пассажира[7]. 18 февраля 2011 года у самолёта АТР-42 авиакомпании UTair, совершавшего рейс Таганрог—Москва, на полпути отказал один из двух двигателей[8]. В результате грамотной работы пилотов рейс был успешно завершен, никто не пострадал[8]. В октябре 2011 года авиалиния была закрыта[9].
С 27 апреля 2012 года на авиалинию «Таганрог—Москва» вышла авиакомпания «Ямал» на реактивном самолёте Bombardier CRJ-200, вмещающем 50 пассажиров[9]. Рейсы осуществлялись 6 раз в неделю[9]. С ноября 2012 года авиалиния прекратила свою работу.
С 10 июня 2013 года на авиалинию «Таганрог—Москва» вышла авиакомпания «Ак Барс Аэро» с самолётами типа Bombardier CRJ-200[10]. С 15 января 2015 года авиалиния прекратила свою работу.