Томторское комплексное редкометалльное месторождение находится на северо-западе Республики Саха (Якутия), в пределах Оленёкского улуса, в 400 км к югу от побережья моря Лаптевых, на водоразделе рек Удя и Чимара. От столицы республики города Якутск объект находится на расстоянии: наземным путем — 2026 км, водным — 3989 км, воздушным — 1105 км. Месторождение расположено на слабовсхолмленной равнине с абсолютными отметками от 75 до 259 м и относительными превышениями до 80 метров.
Географические координаты центра месторождения: 71°03′ северной широты, 116°33′ восточной долготы[1].
Массив Томтор занимает площадь 300 км² и отличается хорошо развитой зоной гипергенеза. В строении массива принимают участие три главные серии пород: якупирангит-ийолиты; щелочные и нефелиновые сиениты; карбонатиты. Существенную роль играют также многочисленные дайки и трубки взрыва щелочных пикритов, альнеитов, авгититов. Породы ийолитовой и сиенитовой серий слагают краевые части массива, а карбонатиты образуют его центральное ядро площадью около 12 км², окруженное широкой полосой интенсивно карбонатизированных силикатных пород. Щелочные и нефелиновые сиениты занимают большую часть площади массива, около 200 км², и образуют краевую зону. Ийолиты значительно уступают сиенитам по распространенности и слагают серповидное в плане тело шириной до 1 км, которое отделяет сиенитовую краевую зону от карбонатитового ядра массива. Формирование главных фаз массива датируется вендом и укладывается в интервал значений абсолютного возраста 600—800 млн лет. Для ийолит-мельтейгитов и щелочных и нефелиновых сиенитов значения абсолютного возраста группируются в интервале 700—800 млн лет, в то время как карбонатиты датируются в 600—660 млн лет. Дайки и трубки взрыва пикритов-альнеитов заметно оторваны по времени от главных интрузивных фаз и формируются преимущественно в интервале 350—500 млн лет.