В 2003 году после переименования выступавшего в Премьер-лиге футбольного клуба «Торпедо-ЗИЛ» в «Торпедо-Металлург» была образована составленная в основном из рабочих завода «ЗиЛ» команда «Торпедо-ЗИЛ», стартовавшая в зоне «Москва» первенства КФК. В следующем году эта команда продолжила выступления в московской зоне любительского первенства под названием СК «Торпедо». Также в 2004 году в этом турнире принимала участие команда «Смена-РГ» (РГ — «Российская газета»).
Футбольный клуб «Торпедо-РГ» был основан в 2005 году в результате сотрудничества руководств «Российской газеты» и завода «ЗиЛ» путём объединения команд СК «Торпедо» и «Смена-РГ». Новообразованная команда заняла первое место в зоне «Центр-Москва» Любительской футбольной лиги сезона 2005 года, что позволило ей в 2006 году выступить в зоне «Запад» Второго дивизиона.
В 2006—2008 годах команда выступала во Втором дивизионе под названием «Торпедо-РГ». Домашние матчи проводила на стадионах «Заря» в Краснознаменске, «Октябрь» и «Крылья Советов» в Москве.
В феврале 2009 года на базе «Торпедо-РГ» был образован футбольный клуб «Торпедо-ЗИЛ». Главным акционером клуба стал один из давних поклонников «автозаводцев» известный российский бизнесмен Александр Мамут, а спонсором команды выступила подконтрольная ему структура — спортивный интернет-портал «Чемпионат.ру»[1]. Также акционерами клуба стали А. В. Тукманов, В. Н. Филатов, издание «Российская газета» и ЗАО «ЗИЛ Ай Пи», являющееся одной из дочерних компаний ОАО «Завод имени И. А. Лихачева»[2][3]. 19 марта 2009 на официальном сайте ПФЛ было опубликовано сообщение совета лиги о переименовании ФК «Торпедо-РГ» в ФК «Торпедо-ЗИЛ» (в рамках процедуры аттестации клуба на предстоящий сезон)[4], а также об исключении из состава членов ассоциации футбольного клуба «Торпедо» Москва ввиду планировавшегося[2][3] объединения в единую команду[5], однако соглашение между клубами в последний момент сорвалось[6]. Московское «Торпедо» в итоге сезон-2009 провело в Любительской футбольной лиге (а в 2010 году играло в зоне «Центр» Второго дивизиона), а «Торпедо-ЗИЛ» продолжил выступать в зоне «Запад»[7]. В любительской футбольной лиге также выступала команда СК «Торпедо»[8], которая стала фарм-клубом «Торпедо-ЗИЛ»[1]. Кроме того, в структуру клуба вошла детско-юношеская школа спортивного клуба «Торпедо»[9].