Датой основания считается 1562 год, когда начались первые занятия колледжа (Studio Generale) иезуитов в Сассари. Через несколько десятилетий, Студия расширилась и получила статус Сардинского Королевского университета в 1617 году по указу Филиппа III благодаря ходатайству иезуитов, муниципалитета и архиепископа Антонио Канополо[1] .
Рождение университета связано с фигурой Алессио Фонтаны, который в 1558 году пожертвовал муниципалитету свои средства на основание учебного колледжа («Атенео») под кураторством Общества Иисуса (иезуитов), занятия которого начались в 1562 году. В 1612 году папская булла даровала иезуитам право присуждения ученых степеней по философии и теологии, а 9 февраля 1617 года король Филипп III предоставил статус университета королевского права только философскому и теологическому факультетам. Следующий шаг произошел в 1632 году, когда королевская хартия разрешила присуждение ученых степеней в области права и медицины.
«Вторым основателем» университета считается Антонио Канополо, который обеспечил сооружение в «Атенео» новых аудиторий, величественного лекционного зала Aula Magna и многократно жертвовал деньги. Его герб до настоящего времени представлен в холле университета. В том же 1765 году был утвержден внутренний регламент с признанием четырёх факультетов: философии и искусства, теологии, юриспруденции и медицины.
В «Атенео» были привлечены преподаватели из Пьемонта, что повысило общую научную культуру университета. «Реставрация» правительства Савойи положила начало исследованиям проблем Сардинии, культурного и экономического потенциала острова.
В 1877 году «Атенео» был причислен к учреждениям послешкольного образования. К началу XX века университет испытал новые культурные тенденции, в том числе позитивизма в области медицины, науки и права.
В первые три года двадцатого века, благодаря внедрению «национальной университетской системы», были открыты новые факультеты фармации и ветеринарной медицины, а в 1950 году сельскохозяйственный факультет заложил основы для экономического и социального возрождения Сардинии.