Университет штата Нью-Йорк в Стони-Бруке (англ. State University of New York at Stony Brook), также известный как Университет Стони-Брук — один из четырёх центров Университета штата Нью-Йорк, расположенный в Стони-Бруке, примерно в 105 км к востоку от Манхэттена.
Университет был основан в 1957 году, как филиал университета штата в загородной части острова Лонг-Айленд.
Поначалу кампус находился вдвое ближе к городу Нью-Йорку, а именно там, где сейчас находится Ботанический Сад William Robertson Coe Planting Fields estate — в районе городка Ойстер-Бей. Первые годы университет занимался подготовкой преподавателей общеобразовательных школ к преподаванию математики и точных наук. С 1962 года кампус переехал на новое место и расположился на территории, принадлежавшей филантропу Уорду Мелвиллу, который передал в дар университету участок земли площадью 1,6 км². Именно здесь и находится университет Стони-Брук по сей день, а площадь кампуса за это время выросла более чем в три раза.
Из всех четырёх центральных филиалов университета штата Нью-Йорк, Стони-Брук единственный, который был сформирован уже после создания системы университета штата Нью-Йорк.
Первоначально студенческий городок был сконцентрирован вокруг одной площади, где располагались администрация и офисы, а занятия проходили в здании Гуманитарного колледжа. Часть занятий когда-то проходила и «по старому адресу», там где сейчас находится Ботанический сад, однако территория нынешнего кампуса в Стони-Бруке настолько расширилась, что всем классам хватит здесь места.
Во время движения за гражданские права в 1960-х и позднее во времена Вьетнамской войны университет Стони-Брук был очагом студенческого активизма.