В настоящее время, с 15 мая 2018 года, руководство образованием в Российской Федерации на федеральном уровне власти осуществляют Министерство просвещения Российской Федерации (Минпросвещения России) и Министерство науки и высшего образования Российской Федерации (Минобрнауки России). В сферу ответственности первого входят вопросы общего и среднего профессионального образования, а второго — вопросы высшего образования.
До середины мая 2018 года управление образованием в стране осуществляли Министерство образования и науки Российской Федерации (Минобрнауки России; смысл данного сокращённого наименования ныне изменился) и подчинённая ему Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки (Рособрнадзор). Эта система сложилась в ходе реформы исполнительной власти в 2004 году. С 2004 по 2010 год существовало также подчинённое Минобрнауки Федеральное агентство по образованию (Рособразование), упразднённое с передачей функций в непосредственное ведение министерства.
С момента образования Российской Федерации до 1996 года руководство образованием осуществляли: в области начального и среднего образования — Министерство образования Российской Федерации (1991—1996); в области высшего и послевузовского образования — Министерство науки, высшей школы и технической политики Российской Федерации (1991—1993) и Государственный комитет по высшему образованию Российской Федерации (1993—1996). После 1996 и до 2004 года функции управления образованием были сосредоточены в Министерство общего и профессионального образования Российской Федерации (1996—1999), позже преобразованном в Министерство образования Российской Федерации (1999—2004).
Основным содержанием работы министерства в этот период было проведение школьной реформы, направленной на деидеологизацию, демократизацию и обновление отечественного образования. В 1992 году на основании разработанного в министерстве проекта был принят закон «Об образовании», ключевой в данной области. Начат процесс создания частных учебных заведений. Академия педагогических наук СССР преобразована в Российскую академию образования.