Иоганн Эбергард Фишер (нем. Johann Eberhard Fischer; 10 января 1697, Вайльтинген, герцогство Вюртемберг— 13 (24) сентября 1771, Санкт-Петербург) — российский историк и археолог немецкого происхождения, академик Петербургской академии наук.
В 1730 году Фишер, имевший учёную степень магистра, прибыл в Россию и занял при Санкт-Петербургской Академической гимназии место проректора, а затем и ректора.
Зимой 1739 года командирован Академией наук в Сибирь на смену академика Миллера. Через 9 лет возвратился в Санкт-Петербург, неудовлетворительно исполнив данные ему поручения; эта неудача объясняется плохим знанием русского языка и его неуживчивым характером: он постоянно находился в несогласии с Гмелином, Миллером и другими академиками.
В 1749 году ему было поручено преподавание в университете элоквенции. В 1750 году уволен от заведования гимназией в связи с командировкой его Академией в Псков для пересмотра и разбора хранившихся там разных книг, вывезенных из завоёванных шведских городов.
Мнение, высказанное Фишером по просьбе куратора Московского университета И. И. Шувалова относительно того, какого типа училища следует открывать в городах и сёлах, и по какой программе вести преподавание, состояло в том, что ввиду малоразвитости населения того времени учебные заведения следовало вообще открывать лишь постепенно, а средние учебные заведения — только в больших городах, например в Казани. Училища, по его мысли, должны были носить строго сословный характер; в школах, предназначенных для образования крестьян, учебная программа должна ограничиваться чтением и письмом.
Из научных работ Фишера заслуживает внимания изданная в 1768 году при Академии наук «Сибирская история с самого открытия Сибири до завоевания сей земли российским оружием» (нем. Sibirische Geschichte von der Entdeckung Sibiriens bis auf die Eroberung dieses Landes durch die russischen Waffen). Труд этот, законченный ещё в 1757 году, был составлен им по материалам, привезённым историографом Миллером из сибирского путешествия. Лично Фишеру принадлежит помещённое в начале книги предисловие и в конце 2-й части — подробный указатель. В 1774 году появился русский перевод этого труда, сделанный академическим переводчиком Иваном Голубцовым и изданный без предисловия и указателя.