«Флаг Северного административного округа представляет собой прямоугольное полотнище голубого цвета с соотношением ширины к длине как 2:3, горизонтально пересеченное белой полосой шириной в 1/18 ширины флага.
В верхней части полотнища два золотых соединённых крыла, сопровождаемых сверху серебряной восьмилучевой звездой. В нижней части золотой корабль с серебряными парусами.
Два золотых соединённых крыла символизируют воздушное сообщение города, аэровокзал и аэропорт «Шереметьево».
Серебряная восьмилучевая звезда символизирует Полярную звезду и указывает на расположение округа в северной части города.
Золотой корабль с серебряными парусами символизирует речной транспорт и расположенный на территории округа Северный грузовой речной порт.