Систематическое положение фламинго долгое время было неопределено и оставалось предметом дискуссий[4]. В Willughby’s Ornithology, изданной английским натуралистом Джоном Реем в 1678 году, фламинго вошли во вторую часть третьей книги, в секцию, посвящённую птицам с перепончатыми лапами и длинными ногами, в которую также были включены шилоклювки (Recurvirostra). В 1758 году в «Системе Природы» шведский зоолог Карл Линней расположил фламинго после ржанкообразных (Charadriiformes) и журавлеобразных (Gruiformes) перед ибисовыми (Threskiornithidae) и аистовыми (Ciconiidae)[5].
В 1950-е годы учёные считали фламинго подотрядом Phoenicopteri отряда аистообразных (Ciconiiformes)[6][4], основываясь на сходстве формы таза и рёбер с аистами, а яичного белка — с цаплями, а также на результатах серологических и иммунологических исследований[6]. Кроме того, у всех этих птиц длинные ноги и длинная шея, десмогнатический тип черепа, птенцы появляются на свет покрытые пухом[7]. Непосредственно за подотрядом Phoenicopteri был расположен отряд гусеобразных (Anseriformes)[4].
В 1969 году Чарлз Сибли, Кендалл Корбин (Kendall W. Corbin) и Джоан Хелен Ховье (Joan H. Haavie) определили фламинго в подотряд Phoenicopteri в составе отряда аистообразных, а сам отряд расположиди рядом с гусеобразными (Anseriformes)[8]. Поведение цыплят, перепончатые лапы, водонепроницаемое оперение, структура клюва и пластин по его краям, вокализация и перьевые вши (mallophagan parasites) схожи с таковыми у представителей отряда гусеобразных[6][7], особенно с гусями. Кроме того, исследования желчной кислоты поддерживают связь с казарками (Branta)[источник не указан 1338 дней]. Существовала также теория, что все три группы произошли от общего предка[5].