Флоти́лия[1] (буквально «маленький флот»[2]) — формирование, оперативное объединение или оперативно-тактическое соединение в военно-морском флоте (военно-морских силах) ряда государств[3].
В некоторой литературе кроме официальных названий флотилий часто встречаются еще выражения: гребная флотилия[4][5][6], шхерная флотилия[4], флотилия миноносок[7], флотилия парусных судов, флотилия барок и тому подобное[2].
В России, имперского периода, в Русском флоте существовали формирования вида флотилия включающие в себя военные суда, приписанные к портам Каспийского моря и Восточного океана, и составляли они Каспийскую[8] и Сибирскую флотилии. Ещё в Вооружённых силах России были Аральская флотилия[9], учреждённая в 1847 году и в 1883 году переданная из Морского ведомства в Военное, и Таможенная крейсерская флотилия или Таможенная флотилия[10] (на мирное время из Военного министерства передана в Ведомство пограничной стражи).
На период военных действий, в Освободительную войну, 1877 — 1878 годов, на Дунае была сформирована Дунайская флотилия[11]. Ранее были сформированы:
Во время Гражданской войны в России морские, речные и озёрные флотилии получили широкое применение в армиях обоих главных противников — Красной Армии и в армиях Белого движения. Отличительными их особенностями было создание на период ведения боевых действия на конкретном театре военных действий, острый недостаток подготовленных командных и инженерных кадров, ведение боевых действий в интересах сухопутных войск, в речных и озёрных флотилиях — преобладание мобилизованных и вооружённых гражданских кораблей над военными кораблями специальной постройки.
В период Гражданской войны и интервенции в России в РККА («Красные») существовали следующие формирования вида флотилия: