Как правило флуорофором является карбо- или гетероциклическое ядро, которое поглощает энергию определённой длины волны и после этого выделяет энергию другой длины волны.
Количество энергии и длина волны излучаемого света зависят как от химической природы флюорофора, так и от параметров его окружения (вязкости, полярности и др.).