Входит в состав многих природных соединений, в которых присутствует чаще всего в l-форме (растительные и бактериальные полисахариды; гликопротеиды, в том числе вещества групп крови; олигосахариды молока). d-Фукоза — компонент некоторых растительных гликозидов. Известны ферменты (фукозидазы), отщепляющие остаток фукозы от молекул олигосахаридов.
Полимер фукозы, содержащийся в бурых водорослях и иглокожих, называется фукоидан. Ферменты, расщепляющие фукоидан, называются фукоиданазы или фукоидангидролазы.