Родился в посёлке Бачэн уезда Куньшань Специального района Сучжоу провинции Цзянсу. В детстве мечтал стать художником. Не окончив гимназию, с 1982 года начал службу в Народно-освободительной армии Китая (НОАК). Окончил с отличными оценками авиационную школу и высшую школу авиационных инструкторов. Фэй Цзюньлун стал одним из лучших пилотов КНР. Служил лётчиком-истребителем, инструктором и инспектором. В качестве инспектора участвовал в расследовании различных авиационных инцидентов. Получил воинское звание — полковник.
Фэй Цзюньлун был отобран в отряд космонавтов в январе 1998 года из более чем 1500 лучших пилотов КНР. Во время подготовки к космическому полёту показал отличные способности. Он был среди пяти космонавтов, которые готовились к первому пилотируемому полёту Китая на корабле «Шэньчжоу-5».
С 12 по 16 октября 2005 года совершил космический полёт в качестве командира корабля «Шэньчжоу-6» вместе с Не Хайшэном.
Покинул отряд космонавтов в 2012 году[1], однако в ноябре 2022 года был назначен командиром пилотируемого корабля «Шэньчжоу-15» с полугодовой миссией на многомодульную станцию «Тяньгун»[2][3].