В годы Гражданской войны вступил в РККА. Участвовал в боевых действиях, командовал батальоном, затем 240-м стрелковым полком[3].
13 сентября 1939 назначен командующим формируемой 8-й армии, которая вела боевые действия в начале войны с Финляндией на фронте от Северного Приладожья до района населенного пункта Иломантси.
8-ю армию возглавлял комдив Хабаров. Ему нельзя было отказать в смелости, но опирался он на опыт времен гражданской войны, придерживался прямолинейной тактики, действовал на ура.
Решением Ставки 13 декабря 1939 снят с должности командующего армией и заменён Г. М. Штерном. До конца войны служил в управлении по снабжению войск 8-й, 9-й и 14-й армий.
На начало войны с Германией (22 июня 1941 года) — помощник командующего Западным фронтом по военно-учебным заведениям. Во время Приграничного сражения 26 июня 1941 года направлен в район Барановичей для координации отражения немецкого наступления, однако о его действиях в первые дни войны ничего неизвестно[4].