Длина реки 104,4 километров, площадь бассейна 1890,7 км²[1]. Левый и крупнейший приток реки Навести. Река начинается на возвышенности Сакала в селе Айнья[эст.], в 200 м к югу от трассы Каркси-Нуйя — Хельме[эст.]. Нижнее течение до устья река протекает по национальному парку Соомаа. Река Халлисте впадает в реку Навешти под острым углом, что во время паводков приводит к сильным наводнениям в Соомаа[2][3]. В реку Халисте впадает три реки и несколько ручьев. Правыми притоками являются реки Пале и Раудна, левый приток — Альва[4]. На реке созданы четыре водохранилища Линнавеское[эст.] (эст. Linnaveske järv), Каркси[эст.] (эст. Karksi järv), Саксавеское[эст.] (эст. Saksaveske järv) и Каристе[эст.] (эст. Kariste järv)[5].
В реке встречаются 15 видов рыб[4]. В верхнем течении реки преобладающими видами рыб являются плотва и окунь, среднем и нижнем течении — плотва, голавль и щука[2].