Как и другие азербайджанские ханства, Хойское ханство образовалось на территории Иранского Азербайджана после смерти Надир-шаха и распада его державы в 1747 году. Основой нового государства стало наследственное владение курдского рода Думбули.[2] Ханство было основано Ахмед-ханом из этого знатного рода. Вплоть до 1805 года Хойский округ был наследственным улька курдского[3] племени думбули и эта территория, а также присоединённый Сельмас, стали основой образования нового государственного образования — Хойского ханства.
До XVII в. главы племени думбули не имели титулов султана и хана и довольствовались скромным титулом бека. Хой в конце XVI-начале XVII в. не принадлежал главе племени думбули. Но уже в списке эмиров 1628 г. у Искендера Мунши мы встречаем имя Салман-хана думбули, правителя (хакима) округов Хой и Салмас. В этом же списке упомянута и другая ветвь той же династии, утвердившаяся в Баргушете (в Зангезуре, в Армении), где правил тогда Максуд-султан думбули, хаким Баргушета. С тех пор главы племени думбули наследственно управляли Хойем и постоянно носили титул хана. При Надир-шахе (1736—1747) упоминаются Муртаза-кули-хан думбули, хаким хойский и думбулийский, и Али-Наги-хан думбули, хаким Баргушета. Во второй половине XVIII в. мы снова встречаем упоминание об обоих хакимах из племени думбули, с титулами ханов. Династия потомков Хаджи-бека, известных под именем хакимов хойских и думбулийских, сохраняла в своих руках Хой и соседние округа до начала XIX в., когда представитель этой династии Джафар-кули-хан думбули, перейдя на службу русского царизма, переселился в северный Азербайджан и получил в 1806 г. от Александра I ханство Шекинское. Официально шахское правительство считало глав племени думбули только хакимами, то есть правителями и держателями улька и доли ренты-налога, но сами эти хакимы смотрели на Хой и Сукманабад как на наследственное владение своего племени (оджак-и моурусий-и тайфэй-и думбули).[4]
В течение второй половины XVIII века наиболее сильные азербайджанские ханы пытались подчинить соседей, и в результате одного из таких столкновений Хойское ханство было подчинено самым сильным из ханств — Урмийским ханом — Фатали-ханом Афшаром. 1748 году он объединил Урмийское, Тебризское, Хойское, Карадагское и Сарабское ханства.[5]
Вплоть до 1813 года ханство сохраняло относительную независимость. В 1813 году было аннексировано Персией и окончательно потеряло свою независимость.[2]