Граничит с регионом Укаяли на северо-востоке, регионами Паско на севере и Куско на востоке, на юге река Мантаро образует естественную границу с регионами Аякучо и Уанкавелика, а на западе он граничит с регионом Лима.
В регионе представлены разнообразные ландшафты. На западной границе с регионом Лима вздымаются покрытые вечным снегом вершины. На востоке высокогорные глетчерные долины переходят в плато (альтиплано), покрытые джунглями и пересекаемые реками Тулумайо, Паукартамбо, Перене и Эне. Среди них плато Хунин, расположенное между городами Ла-Оройя и Серро-де-Паско.
В долине реки Мантаро проживает большая часть населения. На востоке, рядом с джунглями, находится множество глубоких, узких каньонов, покрытых лесами.
В центральной южной части региона расположены Кордильеры, где происходит большая часть землетрясений в регионе.
В регионе находится самое крупное озеро Перу — озеро Хунин, чья северная часть относится к региону Паско.
Среднегодовая температура в регионе Хунин 13,1 °C (56 °F), составляющая максимально 17 °C и минимально 0 °C. Сезон дождей длится с ноября по апрель, в тропических областях с декабря по март.