Расположен у северной оконечности Ляодунского залива (который сам есть северная часть Бохайского залива). Главная городская зона (то есть, неформально, собственно город Цзиньчжоу) расположена в около 30 км от морского берега.
Люди селились в этих местах с древних времён. Уже во времена Воюющих царств здесь был город Тухэ царства Янь. В начале IV века на землях современного уезда Исянь размещался Цзичэн (棘城) — столица государства Ранняя Янь. Название «Цзиньчжоу» вошло в употребление со времени империи Ляо.
В период Китайской республики эти земли входили в состав провинции Фэнтянь (в 1929 году переименованной в Ляонин). После захвата японцами и образования в 1932 году марионеточного государства Маньчжоу-го там в 1934 году была образована отдельная провинция Цзиньчжоу, и эти земли вошли в её состав. 1 декабря 1937 года урбанизированная часть уезда Цзиньсянь была выделена в отдельный город Цзиньчжоу. После окончания Второй мировой войны и ликвидации Маньчжоу-го провинция Цзиньчжоу также была расформирована, и эти земли вновь оказались в составе провинции Ляонин.
После образования КНР была создана провинция Ляоси, и Цзиньчжоу стал её столицей. В 1954 году провинции Ляоси и Ляодун были объединены в провинцию Ляонин, которая была разделена на «специальные районы»; в частности, был образован Специальный район Цзиньчжоу (锦州专区), в состав которого вошло 9 уездов бывшей провинции Ляоси, 5 уездов бывшей провинции Жэхэ и хошун Харачин-Цзои.
В 1957 году хошун Харачин-Цзои был преобразован в Харачин-Цзои-Монгольский автономный уезд, а уезд Фусинь — в Фусинь-Монгольский автономный уезд.
В 1958 году Специальный район Цзиньчжоу был расформирован, а входившие в его состав административные единицы перешли под юрисдикцию властей Цзиньчжоу, Фусиня и Чаояна.