Чагы́рская пещера — пещера в южной части Алтайского края на территории Краснощёковского района в 2 км вверх от посёлка Усть-Чагырка.
Чагырская пещера расположена в районе северных отрогов Тигирецкого хребта в обрыве левого берега реки Чарыш на высоте 25 м от уреза воды и представляет собой карстовую полость трапециевидной формы[1]. В пещере два зала площадью около 130 м²[2].
В Чагырской пещере была найдена самая большая коллекция материала из одной пещеры — 80 фрагментов костей и сотни тысяч каменных орудий неандертальцев. На основе останков, из которых удалось извлечь ДНК, найденных в Чагырской пещере, удалось расшифровать 13 полных ядерных неандертальских геномов (всего год назад в мире было известно лишь 4 ядерных неандертальских генома)[4]. Археологические материалы, обнаруженные в Чагырской пещере, имеют единственный аналог на Алтае — в индустриях пещеры Окладникова[5].
В Чагырской пещере найден кристаллик, который неандертальцы откололи от друзы горного хрусталя, целенаправленно принесли его в пещеру, но никак его там не эксплуатировали[6].
Дата кровли слоя 6а и средней части слоя 6б, получена абсолютная дата 49 000 л. н., для подошвы слоя 6б — 49 000 л. н., 52 000 л. н., для кровли слоя 6в/1 — 45 672 ± 481 л. н., 49 000 л. н., 52 000 л. н., для средней части слоя 6в/1 — 48 724 ± 692 л. н, для подошвы слоя 6в/1 — 50 524 ± 833 л. н., 49 000 л. н., 52 000 л. н., для отложений слоя 6в/2 — 49 000 лет назад[7].
Отложения богатого калием полевого шпата накапливались в период между 59 000 и 49 000 лет назад, когда климат был холодным и сухим[8]. Анализ изотопов стронция в костях чагырских неандертальцев показал, что они вели оседлый образ жизни, родились и умерли в одной и той же местности[9]. Проведя комбинированный анализ стабильных изотопов углерода и азота в костном коллагене и микроботанических остатках в зубном камне неандертальцев из Чагырской пещеры и из пещеры Окладникова и сравнив с такими же значениями у европейских неандертальцев, учёные сделали вывод о близком рационе питания — главным компонентом рациона было мясо лошадей и бизонов, рыба в меню отсутствовала. Найденные на зубах неандертальцев из Чагырской пещеры микроэлементы свидетельствуют об употреблении различных видов крахмалистых растений, например плодов древовидной караганы[10].