Руины часовни находятся в городской зоне, за пределами исторического центра Лагуша, к северу от древних стен замка[англ.], рядом с рынком Санту Амаро, в приходе Сан-Себастьян в городе Лагуш. Часовня Санту Амаро представляла собой здание с продольным укреплением на западе, с прямой каменной кладкой перемычек, клиньями по бокам от главного фасада и в главной части здания. Фасад был обращен на юг. Крыша имела купол. Высокий алтарь находился в нише[1][2].
Точных данных о времени строительства часовни Санту Амару не сохранилось. Вероятно она была построена в XIV веке[2]. Исследователь Марио Кардо выдвинул теорию, что часовня существовала уже в 1325 году. В 1448 году она фигурирует в списке храмов Лагуша, а в 1617 году здание часовни было нанесено на карте города, авторства Александра Массаи[англ.][3]. Часовни Санту Амару была одно из немногих уцелевших зданий в Лагуше после Лиссабонского землетрясения 1755 года. Так как это был единственный сохранившийся в городе храмом, сюда временно была перенесена резиденция прихода Сан-Себастьян. В наше время здание часовни разрушено[4].