Отборочный турнир к чемпионату Европы по футболу 1999 среди юношей до 16 лет начался 8 сентября 1998 года и закончился 10 марта 1999 года. 49 сборных были разбиты на 15 групп (11 групп из трёх команд, и четыре группы из четырёх). Сборные, занявшие первые места в группах вышли в финальный раунд, где присоединились к хозяйке турнира — сборной Чехии.
(Жирным шрифтом выделены года, в котором команды становилась чемпионом. Курсивом - команда была организатором)