Известно, что в III веке территория, на которой находится современный Чонджу, принадлежала племенному союзу Махан. Позже, в эпоху Трёх государств здесь расположился район Вансанджу (установлен в 685 году), позже, в 757 году, переименованный в Чонджу. В 892 году Чонджу стал столицей государства Хупэкче, просуществовавшего до 936 года. В эпоху династии Чосон Чонджу стал главным городом провинции Чолладо, а в 1896 году — столицей Чолла-Пукто. В 1949 году Чонджу получил статус города.[1]
Чонджу расположен в долине, окружённой горами Норёнсан, Кодоксан, Намгосан и семиглавой Вансан. Большая часть жилых районов Чонджу стоит на аллювиальных почвах бассейна небольшой реки Чонджучхон. Чонджучхон течёт через центральную часть города на северо-запад, также на запад через город течёт река Самчхон, впадая в Чонджучхон в горах Намгосан.
Климат Чонджу муссонный, среднегодовая температура 12,9 °C, среднегодовое количество осадков — 1296,2 мм.[2]