Длина реки составляет 606 км. Площадь водосборного бассейна — 18900 км²[3]. По площади бассейна Чондон занимает 12-е место среди рек Якутии и 59-е — в России[4].
Берёт исток на северных склонах Селенняхского хребта. Протекает в основном по Яно-Индигирской низменности в меридиональном направлении, в среднем и нижнем течении по сильно заболоченной местности. Впадает в Чондонскую губу Янского залива моря Лаптевых[5].
Река замерзает в октябре и остаётся под ледяным покровом до июня. Питание снеговое и дождевое[6]. Среднемноголетний расход воды в устье 20 м³/с (объём стока 0,631 км³/с)[4].
В бассейне реки Чондон у подножья Полуосного кряжа, в 66 км к юго-западу от посёлка Тумат был найден чондонский мамонт, умерший в возрасте 47-50 лет[7].