Село Шишкинское (Шишкино) основано в 1800 году переселенцами из Харьковской и Воронежской губерний. Население занималось скотоводством и земледелием[3].
По другим данным, Шишкинское было образовано в 1807 году из хутора села Медведского в верховьях реки Буйволы. Кроме того, в документах за 1812 год упоминаются Шишкинские хутора при селе Медведском. Входило в состав Александровского, Пятигорского, Новогригорьевского и Благодарненского уездов[4].
В 1902 году в селе проживало 1349 человек; количество надельной земли составляло 5900 десятин (из них под посевами — 1399 десятин); количество голов крупного рогатого скота — 884, овец — 1260[5]:15.
В августе и сентябре 1942 года, в период оккупации села, около села Шишкино нацистами были убиты эвакуированные евреи и пленные красноармейцы[6].
8 августа 1948 года районная газета «Трибуна ударника» опубликовала сообщение: «…Исполком Благодарненского районного совета депутатов трудящихся вынес решение об утверждении постановлений общих собраний колхозников с просьбой переименовать сельхозартели: „Революция мира“ в колхоз имени Калинина»[7].
До 29 октября 1991 года село входило в Александрийский сельсовет. 29 октября 1991 года Президиум Ставропольского краевого Совета народных депутатов решил «Образовать в Благодарненском районе Шишкинский сельсовет с центром в селе Шишкино, выделенное из состава Александрийского сельсовета этого же района»[8].