Шмалька́льденская война́ (нем. Schmalkaldischer Krieg; 1546—1547) — война между императором Карлом V и протестантами Шмалькальденского союза (Саксония, Гессен и другие немецкие лютеранские княжества, графства и города). Первый крупный вооружённый конфликт между католиками и протестантами. Войска союза потерпели сокрушительное поражение при Мюльберге, что привело к подписанию Виттенбергской капитуляции. По ней курфюршество Саксония перешло от эрнестинской к альбертинской линии Веттинов. Бо́льшая часть земель побеждённых досталась союзнику Карла протестантскому герцогу Морицу Саксонскому. Однако успех Карла был кратковременным, вскоре борьба возобновилась (Вторая Шмалькальденская война). Неудачный для императора исход войны привёл к Аугсбургскому религиозному миру.
К середине сороковых годов Карл V окончательно решился на войну с протестантизмом. Карл согласился на мягкие условия мира с Францией (мир в Крепи), чтобы обезопасить себя от союза Франции с протестантами. 26 июня 1546 года Карл V заключил союз с папой Павлом III, который предоставил в распоряжение императора значительные денежные и военные средства. В то же время был заключён договор с Вильгельмом Баварским и Морицем Саксонским. Протестанты же не встретили поддержки у иностранных государств и остались изолированными. Начиная борьбу, Карл заявил, что он ведёт войну не за веру, а желает смирить непокорных, мятежных вассалов.
Предводитель протестантских отрядов в верхней Германии Шертлин взял Донаувёрт. В начале августа князья Иоганн-Фридрих и Филипп Гессенский соединились с ополчениями верхненемецких городов, собрав армию численностью почти 50 тысяч человек.
Император, собрав итальянские, немецкие и испанские отряды, двинулся навстречу протестантам. После обстрела императорской армии под Ингольштадтом протестанты отступили, вслед за ними двигался вверх по Дунаю император, забирая по пути крепости.
В октябре Мориц Саксонский, на которого император перенёс курфюршеское достоинство и которому он поручил исполнение опалы над Иоганном-Фридрихом, начал войну против последнего. Войска Фердинанда (брат Карла V) и Морица заняли большую часть владений Иоганна-Фридриха. В ноябре шмалькальденцы стали покидать Швабию. Протестантские города вынуждены были сдаваться императору: сдались Нердлинген, Ульм, Аугсбург, Страсбург, Франкфурт и др. Смириться и просить прощение должны были также герцог Вюртембергский и пфальцграф Рейнский. Протестант архиепископ кёльнский Герман фон Вид был низложен и отказался от сана.