Термин «экотон» введён в научную литературу в первой половине XIX века для определения переходных территорий (зон) между биомами (тундра — хвойные леса), а также для верхней границы леса в горах. Впоследствии, с развитием экологии и фитоценологии, понятие экотона сузилось до территории стыка или зон резкого перехода между двумя и более различными экологическими видами.
«…Экотон представляет собой переход между двумя и более различными группировками (физиономично заметными), например, между лесом и лугом или между мягким и твердым грунтом морских биоценозов. Это пограничная зона, или зона напряжения, которая может иметь значительную линейную протяженность, но всегда бывает узкой от территорий самих соседних группировок».
Роль экотонных участков в сохранении биоразнообразия постоянно возрастает по мере усиления антропогенного воздействия на природные экосистемы. Так, хорошо известно, что плотность населения певчих птиц выше на территориях хуторов, усадеб и других подобных мест, которые состоят из мозаичных местообитаний, что существенно увеличивает протяжённость «границ» по сравнению с более гомогенными участками леса или луга.
«…Ландшафт-экотоном является группировка природно-территориальных комплексов как относительно однородных на данном иерархическом уровне географических образований, функционально взаимосвязанных и пространственно упорядоченных соответствующими геопотоками».
В качестве экотона может рассматриваться и урочище (как сопряжённая система ландшафтных фаций, подчинённых чередованию форм микрорельефа), и большая континентальная зона, имеющая ранг ландшафтного сектора материка (преимущественно биоклиматические естественно территориальные образования, непосредственно связанные с зональностью как универсальным проявлением пространственной организации биосферы). В последнем случае в качестве примера можно указать на трансконтинентальный бореальный экотон (Коломыц, 1994) — систему зональных границ, разделяющих бореальный пояс (преимущественно таёжно-лесной) и суббореальный (лесостепной и степной). Этот экотон обусловлен важным климатическим рубежом — «переходом соотношения тепла и влаги через 1». Подробный анализ структуры экосистем этого объекта и прогноз изменения ландшафтных границ бореального экотона Волжского бассейна при глобальных изменениях климата выполнен в специальной работе «Экология ландшафтов Волжского бассейна в системе глобальных изменений климата (прогнозный Атлас-монография)», изданной в Институте экологии Волжского бассейна РАН в 1995 году.
Как «экотон во времени» можно рассматривать и сукцессионные стадии, когда одновременно функционируют старый (сменяется) и новый (возникает) наборы видов; с этих позиций находит объяснение эффект снижения биологического разнообразия в климаксовых сообществах по сравнению с более ранними сукцессионными стадиями.