Весной 1995 года команда первого российского делового еженедельника «Коммерсант-weekly» поссорилась с совладельцем «Коммерсанта» Владимиром Яковлевым, через месяц вышел первый номер «Эксперта». Основателями журнала стали журналисты Никита Кириченко, Александр Привалов, Михаил Рогожников, Валерий Фадеев и Андрей Шмаров, а костяк первоначальной редакции составили бывшие сотрудники издательского дома «Коммерсантъ»[4]. Каждый из восьми основателей «Эксперта» получил примерно по 7,5 % акций издания, название которого придумал Привалов[5].
Деньги на новое издание нашел будущий главный редактор Никита Кириченко — финансовую поддержку новому изданию оказал предприниматель Владимир Потанин, выдавший сумму в 2,45 миллиона долларов за 24,5 процента доли в уставном капитале журнала; позднее под залог ещё части доли уставного капитала был взят кредит у ОНЭКСИМ Банка; в 2004 году коллектив журнал выкупил у Потанина всю его долю став полноценными владельцами издания[4]. Пилотный номер вышел на производственных мощностях газеты «Iностранец»[4].
В 2005 году вместе с информационным агентством «Регнум» и «Русским институтом» журнал выступил учредителем издательства «Европа», провозгласившее целью политическое просвещение граждан и возрождение актуальной политической книги. Вместе с тем оно занималось изданием материалов, верных идеологии суверенной демократии текстов: сборника выступлений Владислава Суркова, монографий Павла Данилина («Враги Путина»), Виталия Иванова («Охранитель») и Алексея Чадаева («План Путина: Словарь политических терминов»)[6]. Некоторые программные статьи Суркова тоже печатались в «Эксперте». При этом Привалов в интервью РИА Новости опроверг слухи о финансировании «Эксперта» Сурковым[4][5].
Медиахолдинг, включающий журнал «Эксперт», за 50 млн долларов передал в ноябре 2006 года блокирующий пакет акций предпринимателю Олегу Дерипаске через РАИНКО[7][8]. Большая часть инвестиций ушла на запуск телеканала «Эксперт ТВ» (вышел в эфир 1 декабря 2008 года), также был запущен журнал «Русский репортёр». К тому моменту акционерами журнала были только Фадеев, его жена Татьяна Гурова и научный редактор Александр Привалов, остальные сооснователи ушли из-за несогласия с «магистральной линией развития[8]».
Запуск телеканала впоследствии привёл к финансовым проблемам всего медиахолдинга, начались задержки зарплат во всех его изданиях. Летом 2013 года государственный банк ВЭБ дал «Эксперту» кредит на 100 миллионов рублей. Через полгода Валерий Фадеев написал письмо президенту РФ Владимиру Путину, в котором жаловался на падение рекламного рынка и малое количество выделенных ВЭБом средств. Вскоре после этого банк увеличил кредитную линию до 550 миллионов, размер долгов холдинга оценивался уже в два миллиарда[8] До процедуры банкротства кредиторы пробовали вернуть деньги через суд — в 2016 г. к издательству было подано исков на 427 млн руб.[9]