Экумени́ческий институ́т Боссэ́ (фр. Institut œcuménique de Bossey, англ. Bossey Ecumenical Institute, нем. Ökumenisches Institut Bossey) — негосударственное религиозное учебное заведение экуменической направленности. Расположено в муниципалитете Божи-Боссэ, кантона Во, Швейцария.
Основан по инициативе Генерального секретаря ЦК Всемирного совета церквей Виллема Виссер-Хуфта в октябре 1946 года в поместье Боссе, приобретённом на средства Джона Рокфеллера-младшего. С самого начала задумывался как «лаборатория экуменического движения».
С 1951 года Экуменический институт Боссэ был приписан к факультету протестантской теологии Женевского университета, с 1952 года в Боссэ стали проходить четырёхмесячные курсы по теории и практике экуменизма. Некоторые члены французской экуменической общины Тезе посещали Боссэ с курсами лекций и беседами о христианском единстве.
Работа Экуменического института Боссэ в основном направлена на подготовку кадров для экуменической деятельности, поэтому большое внимание уделяется практическим дисциплинам, «совместной общинной жизни» и молитве. С 2002 года совместно с Женевским университетом Экуменический институт начал осуществлять магистерские и докторские программы.
В 2010 году в связи с финансовыми трудностями Федерация протестантских церквей Швейцарии решила выделить институту 60 000 швейцарских франков (около 44 000 евро).