Род ведёт своё начало от литвина, бывшего органиста лютеранской церкви в Москве, и с 1713 года майора, Ивана Ягужинского.
Второму сыну последнего, Павлу Ивановичу Ягужинскому, с нисходящим его потомством, пожаловано было Высочайшим указом от 19 (30) января 1731 года графское Российской империи достоинство. Его сын генерал-поручик граф Сергей Павлович Ягужинский (1731—1806) разорился и умер, не оставив мужского потомства.
Делопроизводство по составлению графского диплома велось в Коллегии иностранных дел в 1735 году и было прекращено в связи со смертью графа Павла Ивановича Ягужинского 17 апреля 1736 года.