Аллея начинается у платформы Яуза Ярославского направления, по которой и получила в название в 1985 году. Прежнее название — улица 6-й километр северной железной дороги, первоначально — улица Шестая верста.
Яузская аллея находится на территории национального парка Лосиный островмежду платформой Яуза Ярославского направления и станцией Белокаменная Московского центрального кольца.
От Яузской аллеи вправо отходят Первый Белокаменный проезд и Белокаменное шоссе, а влево — Абрамцевская просека.