12 октября 1922 г. командующий войсками Туркестанского фронта издал приказ № 345 о формировании 13 стрелкового корпуса из частей расположенных на территории Бухарской народной республики и Самаркандской области. Управление находилось в г. Новая Бухара. Корпусом руководил Реввоенсовет[1][2],[3][4].
12 октября 1922 г. командующий войсками Туркестанского фронта издал приказ № 1436/575, по которому штаб упраздняемой Бухарской группы войск обращался на формирование управления 13 ск.[1][4].
В июле 1935 г. расформирован. На базе управления корпуса было сформировано управление вновь созданного Уральского военного округа[1][4].
Осенью 1922 г. части 13 ск разгромили несколько басмаческих группировок. Была сорвана попытка Ибрагим-бека объединиться с Данияр-беком. В октябре 1922 г. Ибрагим-беку было нанесено несколько ощутимых ударов, но он в очередной раз сумел укрыться в горах. Некоторые присоединились к Фузайлу Максуму, другие ушли в Ферганскую долину.
«Для проведения операции из состава 13-го стрелкового корпуса был сформирован специальный отряд, который возглавил С. М. Шевцов. Вместе с подразделениями Красной Армии действовали отряды добровольцев, прибывшие из районов Пенджикента, Ура-Тюбе и других мест. Операция началась 18 марта 1923 г. Басмачи оказывали ожесточенное сопротивление. Они жгли мосты через ущелья и реки, разрушали дороги. 2 апреля был освобожден кишлак Обурдон, где располагался дворец бека. Матчинское басмачество перестало существовать. Лишь незначительным группам басмачей удалось пробиться через горные перевалы».[5]
Летом 1923 года командование 13-го стрелкового корпуса приступило к ликвидации третьего очага басмачества, действовавшего на территории Каратегина и Дарваза. Здесь главную опасность представляли басмачи каратегинского бека Фузайл Максума, засевшие в столице Каратегина — городе Гарм. Красная Армия быстро преодолела горные перевалы. 29 августа 1923 г. в ходе короткого боя Гарм был освобожден. Фузайл Максум бежал в Афганистан.