В 1791 году императрица Екатерина II подписала указ «О предоставлении Московскому университету права давать докторскую степень обучившимся в оном врачебной науке». Первым доктором медицины в Московском университете стал Ф. И. Барсук-Моисеев (1794).
В Российской империи система учёных степеней по всем отраслям наук была законодательно оформлена в 1803 году, в соответствии с «Предварительными правилами народного просвещения», утверждёнными императором Александром I. Введённая государством система, получила трёхступенчатую, иерархическую структуру («кандидат–магистр–доктор»), в которой учёная степень «доктор наук» являлась высшей учёной степенью. В таком виде система учёных степеней в России продолжала существовать (с некоторыми непринципиальными коррективами) вплоть до 1918 года. Эта система отличаясь от системы принятой в XIX веке в большинстве европейских университетов с единственной учёной степенью («доктор»)[1].
Право «давать учёные степени или достоинства» предоставлялось Советам факультетов университетов Российской империи[2]. Процедура экзамена целиком находилась в руках факультетских профессоров (точнее, организовывавшего экзамен декана), без всякого контроля сверху, например со стороны ректора[3].
Порядок возведения в степени был подробно изложен в Университетском уставе 1804 года, где этому была посвящена целая глава. Для докторской (чин 8-го класса — коллежский асессор) и для магистерской (9-го класса по Табели о рангах) учёных степеней этапы процедуры были совершенно одинаковыми: вначале публичный экзамен в присутствии профессоров факультета, потом чтение на факультете публичных лекций и защита диссертации (различия между магистром и доктором выражались лишь в количестве вопросов на экзамене и количестве публичных лекций). Правила, изложенные в уставе распространялись на Московский, Казанский и Харьковский университеты (от них отличались, хотя и незначительно, аналогичные требования Устава Дерптского университета 1803 года).
C начала XIX века полная ученая карьера выпускника российского университета для достижения им должности профессора требовала, в отличие от европейских университетов того же времени, последовательной защиты двух диссертаций — магистерской и докторской. Эта норма сформировалась уже в Московском университете последней трети XVIII века, где траектория также была двухступенчатой: сначала необходимо было стать магистром, а уже потом — профессором[4].