С 1867 года проживал в Вене, где окончил гимназию филологического факультета Венского университета (1887), Академию коммерческих наук (1880).
В 1880 году переехал в Москву, служил приказчиком, затем заведующий московским отделением рижской издательской фирмы «И. Дейбнер».
В 1882 году в соавторстве с П. Ф. Гросманом издал «Путеводитель по Москве» (на немецком языке). В том же году они открыли в Москве (Петровские Линии,13) книжный магазин «Гросман и Кнебель» (продажа художественных изданий и журналов по изобразительному искусству), который имел отделения в Санкт-Петербурге, Варшаве и Киеве.
В 1885 году была открыта платная библиотека для чтения. После смерти Гросмана (1890) И. Н. Кнебель — единоличный владелец фирмы.
В 1894—1895 годах начал издательскую деятельность. Издавал произведения Г. Ибсена, Г. Зудермана, Г. А. Мачтета и других писателей.
В 1890 году стал владельцем книжного магазина Библиотека для чтения. Основоположник издательства книг для детей дошкольного возраста. Подключил к сотрудничеству художника Г. И. Нарбута. Неоднократно принимал участие в книжных выставках.