В мае 2001 года произошло сильнейшее наводнение в современной истории Якутии. В результате наводнения сильно пострадал город Ленск, исчезли сёла Бордой (Томпонской улус) и Салдыкель (Ленский улус).
Город Ленск был построен в начале 1960-х годов в пойме реки Лена. По словам специалистов, решение о строительстве города в пойме реки было ошибочным, так как угрожало городу наводнениями.
С 1970 по 1997 годы, частота наводнений в Якутии была минимальной, из-за чего население практически потеряло к ним опаску. В 1990-е финансирование работ по углублению дна рек и укреплению берегов резко сократилось.
По данным Росгидромета, уровень снежного покрова в Сибири в начале 2001 года превысил норму в несколько раз. Температура воздуха зимой во многих районах Якутии достигла отметки −60 градусов. Сильные и продолжительные морозы сделали лёд на реке Лене крепче и толще на 30—50 см выше нормы, что увеличило вероятность заторов на реке. В начале мая разность температур в Иркутской области и Республике Саха (Якутия) достигла 20 градусов, что способствовало накоплению воды в верховьях Лены. Помимо этого 12 мая началось резкое потепление с обильным выпадением осадков
13 мая в Ленском улусе начался ледоход. Скорость ледохода была рекордной, за сутки лёд преодолел 250 километров и наткнулся на остров Батамай, расположенный в 40 километрах от Ленска. В результате у острова образовался гигантский ледяной затор длиной до 80 километров.
До этого, в своей истории Ленск пережил два крупных наводнения в 1966 и 1998 годах. Наводнение 1998 года затопило 95 % города, уровень воды достиг 17 метров. После наводнения была построена насыпная дамба высотой 2,5 метра, которая по замыслу должна была защитить город от реки.