Краевой институт микробиологии и эпидемиологии Юго-Востока РСФСР (1918—1920);
Государственный краевой институт микробиологии и эпидемиологии Юго-Востока России - институт «Микроб» Народного комиссариата здравоохранения РСФСР (1920—1940);
Государственный научно-исследовательский институт микробиологии и эпидемиологии Юго-Востока СССР — институт «Микроб» Министерства здравоохранения СССР (1940—1962);
Всесоюзный научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Министерства здравоохранения СССР (1962—1968);
Всесоюзный ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» (1968—1992);
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Государственного комитета санитарно-эпидемиологического надзора Российской Федерации (1992—1996);
Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Министерства здравоохранения Российской Федерации (1996—2005);
Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Российский научно-исследовательский противочумный институт „Микроб“» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (2005—2010);
Федеральное казённое учреждение здравоохранения «Российский научно-исследовательский противочумный институт „Микроб“» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (2010 — 2022);
«Микроб» — крупнейшее российское научно-исследовательское учреждение, организационно-методический центр по санитарно-эпидемиологической охране территории России от завоза и распространения особо опасных инфекционных болезней. Входит в структуру противочумной службы России.
Полное название центра — Федеральное казённое учреждение науки «Российский научно-исследовательский противочумный институт „Микроб“» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.
Федеральным законом «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения», Положением о государственной санитарно-эпидемиологической службе Российской Федерации (Постановление Правительства Российской Федерации № 554 от 24 июля 2000 года, Приказом министра здравоохранения Российской Федерации № 409 от 22 ноября 2000 года), Приказом руководителя Роспотребнадзора «О мерах по совершенствованию мониторинга за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней» (№ 88 от 17.03.2008) и Уставом Российского противочумного института «Микроб» на институт возложены следующие основные функции:
В состав института входят филиалы — Региональный Центр по мониторингу за возбудителями инфекционных и паразитарных болезней I—II групп патогенности; Центр индикации и диагностики возбудителей опасных инфекционных болезней; Референс-центр по мониторингу за чумой и другими особо опасными бактериальными инфекциями с функцией в рамках ММСП (2005); Национальный центр верификации диагностической деятельности, осуществляющий функции государственной коллекции; Центр по генной диагностике особо опасных инфекционных заболеваний.