Амнистия, как мера органов верховной власти, предусматривающая смягчение наказания или освобождение от наказания лиц, осуждённых за преступления, а также прекращение уголовного преследования, неоднократно применялась в Российской Империи, СССР и Российской Федерации.
Император Александр II объявил амнистию декабристам, петрашевцам и участникам польского восстания 1831 года.
6 мая 1868 года в Царском Селе Великая княгиня Мария Федоровна родила первенца Николая Александровича. По случаю рождения внука, император Александр II объявил амнистию
В связи с победой в Русско-турецкой войне объявлена амнистия осуждённым за мелкие преступления; ряду политических заключённых (в частности, осуждённым по процессу 193-х) тюремное заключение или каторга заменялась ссылкой.
В августе 1904 года был объявлен манифест по случаю рождения престолонаследника цесаревича Алексея Николаевича. Этот манифест давал амнистию многим политическим ссыльным и эмигрантам: освобождение несовершеннолетних, а также тех, кому оставалось до окончания срока не более года. Остальным ссыльным срок сокращался на треть.
21 октября (3 ноября) 1905 года была объявлена амнистия за политические преступления. По этому указу освобождались лица, отбывающие наказания за преступления десятилетней давности. По некоторым статьям срок наказания был сокращён наполовину. Присужденным к бессрочной каторге или смертной казни устанавливалось наказание 15 лет каторжных работ. Полностью амнистированы лица, принимавшие участие в стачках, а также осуждённые за переход из православия в другие религии; однако, с юридической точки зрения здесь идёт речь о декриминализации этих уголовных статей.