Уезд Хуайнин был создан ещё в эпоху империи Восточная Цзинь (в начале V века). Во времена империи Тан уезд был в 622 году расформирован, но в 624 году был создан вновь. После образования в эпоху империи Сун в 1195 году Аньцинской управы уезд был подчинён ей, и оставался в её составе вплоть до ликвидации управ после Синьхайской революции 1911 года.
В 1949 году из уезда Хуайнин был выделен город Аньцин; тогда же был создан Специальный район Аньцин (安庆专区) и уезд вошёл в его состав. В 1959 году уезды Хуайнин и Ванцзян были объединены в уезд Хуайван (怀望县), но в 1962 году воссозданы. В 1970 году Специальный район Аньцин был переименован в Округ Аньцин (安庆地区). В 1988 году округ Аньцин был преобразован в городской округ.