Ю -Ги-О! В сериале представлен обширный состав персонажей, созданных Кадзуки Такахаши . Действие сериала происходит в вымышленном городе Японии под названием Домино-Сити, откуда родом большинство персонажей, появляющихся в сериале. Многие элементы сюжета также находятся под влиянием Египта и египетской мифологии , поэтому в истории также появляются египетские персонажи.
Оригинальная манга Yu-Gi-Oh! рассказывает историю Юги Муто, робкого мальчика, который любит всевозможные игры, но над ним часто издеваются. Однажды он решает древний артефакт, известный как «Загадка тысячелетия», в результате чего в его тело вселяется таинственный дух с личностью игрока. С этого момента, когда Юги или одному из его друзей угрожают те, в чьих сердцах тьма, этот «Тёмный Юги» показывает себя и бросает им вызов в опасной «Тёмной игре» (闇のゲーム Yami no Gēmu; Игра теней в английские СМИ), которые раскрывают истинную природу чьего-либо сердца, проигравшие в этих состязаниях часто подвергаются мрачному наказанию, называемому «Игрой Штрафников». По ходу сериала Юги и его друзья (Кацуя Джонучи, Анзу Мазаки, Хирото Хонда, а позже и Ре Бакура) узнают, что этот другой Юги внутри его головоломки на самом деле является духом безымянного фараона из египетских времен, который потерял свои воспоминания. Пытаясь помочь фараону вернуть воспоминания, Юги и его товарищи проходят через множество испытаний, рискуя жизнью против других, владеющих таинственными предметами тысячелетия и темной силой Игр теней.
Японские имена в западном порядке (имя перед фамилией) и английские названия манги указаны первыми, а английские названия аниме — вторыми, если это применимо.
Во время сюжетной арки «Мир тысячелетия» Дарк Юги отправляется в свои потерянные воспоминания и встречает старых знакомых из Древнего Египта в качестве неигровых персонажей (неигровых персонажей) в лучшей настольной ролевой игре Дарк Бакуры, Shadow RPG (闇のＲ・Ｐ・Ｇ , Yami no Ā Pī Jī ) , кампания, основанная на прошлом.
Шесть Верховных Жрецов (六神官, Року Синкан ) защищают семь Предметов Тысячелетия своей жизнью и должны поклясться в вечной верности фараону Атему (выступающему в качестве игрового персонажа Темного Юги, духа Атема в наше время). В эпоху, когда Игры Теней использовались для определения судьбы человека, эти Жрецы использовали Предметы Тысячелетия и колдовство, чтобы вытащить и запечатать человеческие души ( Ка ), которые принимают форму Духов Монстров, в каменные плиты для ведения битвы; обычно от преступников и тех, кто ворует из гробниц фараонов. В ролевой игре здоровье и магия каждого персонажа обозначались его Ba Gauge.