После Xenosaga I все модели персонажей были переработаны для Xenosaga II . [1] [2] все они были радикально изменены. Дизайн МОМО и младшего стал «...выше, стройнее и менее детским» [1] , в результате чего МОМО выглядело немного старше. Шион теряет очки и меняет гардероб, а КОС-МОС окрашивает волосы синими прядями. [2] Когда первые два эпизода Xenosaga были переделаны в Xenosaga I+II для Nintendo DS, они были изменены на двухмерную компьютерную графику со спрайтами [3] и диалоговыми последовательностями в стилевизуального романа .
Действие сцены Xenosaga: Pied Piper происходит в TC 4667, за 100 лет до событий Xenosaga Episode I. Прежде чем стать Зиккуратом 8, Ян Зауэр был капитаном 1875-го отряда специальных операций Федерального полицейского управления. Он и его отряд были отправлены на планету Абраксас (позже переименованную в Михтам) для расследования убийств в UMN. Эти террористические акты были совершены замаскированным человеком под хакерским псевдонимом «Вояджер».
Зауэр еще больше вмешался в судьбу Зохара, когда встретил вдову Шарон Розас и ее сына Хоакина. Ян Зауэр и Шэрон завязали отношения, которые привели к браку.
С помощью его команды и медицинских знаний Шэрон расследование Зауэра приближается к источнику финансирования убийств "Вояджера". Оказывается, это Дмитрий Юрьев, который быстро использует свои связи в правительстве, чтобы отстранить Зауэра и его команду от расследования. Это не останавливает Зауэра даже после того, как он и некоторые его подчиненные арестованы.
Лишь после смерти одного из своих подчиненных, Михаила Ортмана, Зауэр обнаруживает, что другой член его команды, Эрих Вебер, является «Вояджером». Эрих частично объясняет свою связь с U-DO, прежде чем его псевдоним «Вояджер» вступит во владение и заманит Зауэра стать свидетелем смерти его жены и сына. В этот момент «Вояджер» становится « Черным Заветом» , и Зауэр ничего не может сделать, чтобы предотвратить гибель своей семьи. Черный Завет предъявил Зауэру ультиматум: либо быть убитым и поглотить его душу «Вояджером», либо присоединиться к нему (как еще один Завет) и жить вечно. Зауэр отказался от обеих судеб и решил покончить жизнь самоубийством.
Свидетелями событий, приведших к его смерти, были Мелисса Ортус и Лактис. Через два года после самоубийства он был активирован как киборг Зиккурат 8, а примерно 100 лет спустя разворачиваются события первого эпизода Ксеносаги .