Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Анатомография
Анатомический логотип.Снимок экрана анатомографии
Доступно вАнглийский или японский
ВладелецЦентр баз данных по наукам о жизни
СозданоКосаку Окубо
URLlifesciencedb.jp/bp3d
КоммерческийНет
Запущен2009-02-09 [1]
Текущее состояниеАктивный
Лицензия на контентCC-BY-SA icon.svg
CC-BY-SA 2.1-ja [2]
Клип дает обзор функций сервера анатомографии.

Анатомография - это интерактивный веб-сайт, который поддерживает создание анатомических схем и анимаций человеческого тела . Веб-сайт анатомографии поддерживается некоммерческим исследовательским институтом DBCLS (Центр баз данных для наук о жизни), расположенным при Токийском университете . Анатомические диаграммы, созданные с помощью Anatomography, и данные трехмерных полигонов, используемые на веб-сайте (называемом BodyParts3D), находятся в свободном доступе по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike . [2]

Описание [ править ]

Анатомография была запущена 9 февраля 2009 года [1] основателем и главным директором Косаку Окубо (大 久保 公 策), профессором банка данных ДНК Японии в Национальном институте генетики .

Данные полигонов человеческого тела, используемые на сайте, называются " BodyParts3D ". [3] Данные полигонов BodyParts3D извлекаются из изображений МРТ всего тела . Набор изображений МРТ, на котором основан BodyParts3D, называется «ТАРО». Таро - это обычное имя для мужчин в японском, а Джон в английском. TARO - это набор данных вокселей размером 2 мм * 2 мм * 2 мм человеческого мужчины, созданный Национальным институтом информационных и коммуникационных технологий . [4] TARO был опубликован в свободном доступе в ноябре 2004 г. [5] [6]

Процесс построения BodyParts3D выглядит следующим образом. [3]

  • Фаза 1: Дополнительные анатомические сегменты были введены в исходные данные TARO.
  • Фаза 2: Затем недостающие детали были дополнены, а размытые контуры были уточнены с помощью программы 3D-редактирования с использованием учебников, атласов [7] и макетов медицинских иллюстраторов.
  • Фаза 3: Дальнейшая сегментация и модификация данных будут продолжены в сотрудничестве с клиническими исследователями до тех пор, пока не будет достигнут достаточный охват концепции.

Данные полигона BodyParts3D распространяются в формате файла OBJ . Размер всего файла данных составляет 127 МБ (уменьшенные полигоны) и 521 МБ (высокое качество) в версии 3.0. [8] Количество частей тела (органов), зарегистрированных в BodyParts3D, составляет 1523 по состоянию на версию 3.0. [7]

Лицензия [ править ]

Изображения , полученные с помощью Anatomography и данных многоугольников , включенных в BodyParts3D лицензированы под лицензией Creative Commons , [2] в надежде на расширение использования и демократизации медицинских знаний. [9]

Финансирование [ править ]

Проект BodyParts3D / Anatomography финансировалась МПКСНТ (японский Министерство образования, культуры, спорта, науки и техники ) от FY 2007 в 2010 финансовом году. [10] [11] По состоянию на 2011 финансовый год проект финансировался JST ( Японское агентство по науке и технологиям ). [11]

Прием [ править ]

Диаграммы от Anatomography используется, например, в канадском науке телешоу Le код Chastenay , [12] Интернет - энциклопедии Wikipedia, а лекционный материал в университетах, и в другом местах для обмена знаний. [9] Что касается использования анатомии на таких веб-сайтах, как Wikipedia и Wikimedia Commons, разработчики говорят, что «распространение использования анонимными пользователями на таких сайтах, как Wikipedia и Wikimedia Commons - это то, чего мы ожидали». [9]

Технические характеристики [ править ]

Проект BodyParts3D / Anatomography использует Основную модель анатомии (FMA). FMA - это анатомическая онтология с открытым исходным кодом, разработанная и поддерживаемая Группой структурной информатики Вашингтонского университета . В BodyParts3D каждая часть тела управляется идентификатором FMA (FMAID), определенным FMA. Например, позвоночный столб зарегистрирован как FMA13478 , височная доля - как FMA61825 и так далее.

История версий [ править ]

  • Версия 1.0 (9 февраля 2009 г.) [1]
  • Версия 2.0 (28 апреля 2010 г.) [13] Общее количество частей тела - 1324. [14]
  • Версия 3.0 (20 июня 2011 г.) Общее количество частей тела - 1523. [7]
  • Версия 4.0 (16 мая 2013 г.) [15]

Подобные услуги [ править ]

  • Zygote Body - бесплатный веб-сервис, предоставляемый Zygote Media Group, расположенной в Американ-Форке, штат Юта, США. Zygote Body был запущен как Google Body 15 декабря 2010 года. Полигональные данные, используемые на веб-сайте, являются коммерческим продуктом. По состоянию на октябрь 2012 года цена его данных о многоугольниках всего тела составляла 13 995 долларов. [16]
  • BioDigital Human - Бесплатная веб-служба и коммерческий продукт, предоставляемый компанией BioDigital , Inc., расположенной в Нью-Йорке, Нью-Йорк, США. Книга BioDigital Human была опубликована в 2011 году. В 2013 году веб-сайт получил награду SXSW Interactive.

Другое [ править ]

Несколько видео учебника по использованию Anatomography доступны на YouTube , [17] см внешних ссылок .

Дополнительные изображения [ править ]

  • Кости и мышцы.

  • Сердце и его кровеносные сосуды .

  • Череп и глазные яблоки.

  • Головной мозг и лобная доля .

  • 3D-печать данных костей стопы BodyParts3D.

  • Раскрашивание цветов на данных полигона шейных позвонков , включенных в данные BodyParts3D, с помощью MeshLab .

  • Загружены данные полигона BodyParts3D, отредактированные с помощью Blender .

  • Главный режиссер Косаку Окубо на конференции Токийского университета. [18]

См. Также [ править ]

  • Анатомия человека
  • Открытая наука
  • Открытые данные
  • Science Commons
  • Демократизация знаний

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Примечания к выпуску (на японском языке). DBCLS. Проверено 12 октября 2012.
  2. ^ a b c Часто задаваемые вопросы - кредит. (на японском языке) DBCLS. Проверено 12 октября 2012.
  3. ^ a b Мицухаси, N; Fujieda, K; Тамура, Т; Кавамото, S; Такаги, Т; Окубо, К. (2009). «BodyParts3D: база данных трехмерных структур для анатомических концепций» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (выпуск базы данных): D782–5. DOI : 10.1093 / NAR / gkn613 . PMC  2686534 . PMID  18835852 .
  4. ^ Нагаока, Т; Ватанабэ, S; Сакураи, К; Kunieda, E; Ватанабэ, S; Таки, М; Яманака, Y (2004). «Разработка реалистичных воксельных моделей всего тела с высоким разрешением японских взрослых мужчин и женщин среднего роста и веса и применение моделей для дозиметрии электромагнитного радиочастотного поля». Физика в медицине и биологии . 49 (1): 1–15. DOI : 10.1088 / 0031-9155 / 49/1/001 . PMID 14971769 . 
  5. ^ 日本人 の 数 値 人体 モ デ ル DB 「TARO」 と 「HANAKO」 公開 2004/11/10 (на японском языке). ITMedia. Проверено 12 октября 2012.
  6. ^ 報道 発 表: 日本人 平均 成人 男女 の 数 値 人体 モ デ ル デ ー タ ベ ー 公開 の お 知 ら せ 2004-11-10 (на японском языке). Национальный институт информационных и коммуникационных технологий. Проверено 12 октября 2012.
  7. ^ a b c Примечания к выпуску BodyParts3D (версия 3.0, 2011/6/20) DBCLS. Проверено 15 октября 2012.
  8. ^ Скачать - BodyParts3D DBCLS. Проверено 15 октября 2012.
  9. ^ Б с 三橋信孝,藤枝香,今井紫緒,武藤勇,田村卓郎,川本祥子,高木利久,大久保公策「BodyParts3DとAnatomography:医学での情報共有を「動機付ける」素材」(на японском языке) [ постоянная мёртвая ссылка ]シ ン ポ ジ ウ ム 「イ イ エ ン ス の 未来 へ ～ 10 年 先 の デ ー タ ベ ー ス 考 え る ～」 / Нобутака Мицухаси, Каори Фуодзиэдзэ, Такутоуси Таутоус, Такаутоуси, Такутоуси, Такаутоуси, Такаутоус, Такаутоус, Тело и Шоагиэдзэдзэто, Шоагиэто, Шоагиэто, Шоагиэдзэдэу, Шоэдзэдзэдэ, Шоэдзэто, Шоэдзэдэ, Шоэдзэдэто, Шоэдзэдэ, Шоэдзэдэсэ, Тамайо, Боди Материалы, мотивирующие делиться информацией в медицине »Стендовый доклад на Симпозиуме« К будущему науки о жизни - мышление базы данных 10 лет спустя », состоявшемся в Токийском университете в 2010-10-05. Проверено 12 октября 2012.
  10. ^ BodyParts3D Описание базы данных Архив базы данных наук о жизни. Проверено 19 октября 2012.
  11. ^ a b Часто задаваемые вопросы - О Центре баз данных для наук о жизни (DBCLS). Заархивировано 30 января 2013 г. в Wayback Machine DBCLS. Проверено 19 октября 2012.
  12. ^ 「LE CODE CHASTENAY」 Emission 48 , 2010-01-19 в эфир
  13. ^ Обновления "BodyParts3D / Anatomography", заархивированные 5 июня 2010 г., на Wayback Machine Отправлено 28 апреля 2010 г. DBCLS. Проверено 16 октября 2012.
  14. ^ Замечания к выпуску BodyParts3D (версия 2.0, 28.04.2010) DBCLS. Проверено 15 октября 2012.
  15. ^ «Примечания к выпуску BodyParts3D, v4.0» . Проверено 18 ноября 2015.
  16. ^ Коллекция мужской анатомии 5.0 3Dscience.com. (Zygote Media Group, Inc.). Проверено 19 октября 2012.
  17. ^ Кавано, S; Оно, H; Такаги, Т; Боно, Х (2012). «Учебные видеоролики о ресурсах по биоинформатике: пробная версия онлайн-распространения в Японии под названием TogoTV» . Брифинги по биоинформатике . 13 (2): 258–68. DOI : 10.1093 / нагрудник / bbr039 . PMC 3294242 . PMID 21803786 .  
  18. ^ Конференция «Баланс защиты интеллектуальной собственности и обмена данными в науке», проведенная в Токийском университете, 05.10.2009. Презентация Окубо на японском языке. Архивировано 10 июня 2013 года в Wayback Machine , прямо передлекцией Лоуренса Лессига . Полные видеоролики каждой лекции доступны на странице расписания программ веб-сайта конференции (частично на японском, частично на английском языке). Архивировано 4 февраля 2013 г. на Wayback Machine .

Внешние ссылки [ править ]

  • Анатомография
  • Данные полигона BodyParts3D
  • Введение в BodyParts3D / анатомографию на YouTube
  • Как использовать BodyParts3D / Anatomography 2010 на YouTube
  • Центр баз данных по наукам о жизни