Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
BRENDA (Комплексная информационная система по ферментам)
Содержание
Описаниемолекулярная и биохимическая информация о ферментах, которые были классифицированы IUBMB
Контакт
Исследовательский центрТехнический университет Брауншвейга, кафедра биохимии и биоинформатики
Первичное цитированиеPMID  21062828
Дата выпуска1987 г.
Доступ
Веб-сайтhttp://www.brenda-enzymes.org
Скачать URLформа
URL-адрес веб-службымыло

BRENDA ( Комплексная информационная система по ферментам ) - это информационная система, представляющая собой одно из наиболее полных хранилищ ферментов . Это электронный ресурс, содержащий молекулярную и биохимическую информацию о ферментах, классифицированных IUBMB . Каждый классифицированный фермент характеризуется катализированной биохимической реакцией . Кинетические свойства соответствующих реагентов (то есть субстратов и продуктов) подробно описаны. BRENDA содержит данные по ферментам, вручную извлеченные из первичной научной литературы, и дополнительные данные, полученные с помощью методов автоматического поиска информации, таких как анализ текста . Он предоставляет пользовательский веб- интерфейс, который обеспечивает удобный и изощренный доступ к данным.

История [ править ]

BRENDA была основана в 1987 году в бывшем Немецком исследовательском центре биотехнологии (ныне Центр исследования инфекций им. Гельмгольца) в Брауншвейге и первоначально была опубликована в виде серии книг. Первоначально его название было аббревиатурой от базы данных ферментов Брауншвейга . С 1996 по 2007 год BRENDA находилась в Кельнском университете . Там BRENDA превратилась в общедоступную информационную систему по ферментам. [1] В 2007 году BRENDA вернулась в Брауншвейг . В настоящее время BRENDA поддерживается и развивается на кафедре биоинформатики и биохимии Технического университета Брауншвейга .

Обновления [ править ]

Основное обновление данных в BRENDA выполняется два раза в год. Помимо обновления содержания, в базу данных BRENDA также включены улучшения пользовательского интерфейса.

Содержание и особенности [ править ]

База данных:

База данных содержит более 40 полей данных с информацией по ферментам по более чем 7000 номеров ЕС , которые классифицируются в соответствии с IUBMB . Различные поля данных охватывают информацию о номенклатуре фермента, реакции и специфичности, структуре фермента , выделении и приготовлении, стабильности фермента, кинетических параметрах, таких как значение Km и число оборотов , встречаемости и локализации, мутантах и ​​сконструированных ферментах, применении ферментов и лигандов. связанные данные. В настоящее время BRENDA содержит аннотированные вручную данные из более чем 140 000 различных научных статей . Каждая запись фермента четко связана по крайней мере с одной литературной ссылкой на его исходный организм.и, если возможно, к белковой последовательности фермента. [1] Важную часть BRENDA представляют более 110 000 ферментных лигандов, которые доступны по своим названиям, синонимам или по химической структуре. Термин «лиганд» используется в этом контексте для всех низкомолекулярных соединений, которые взаимодействуют с ферментами. К ним относятся не только метаболиты первичного метаболизма, ко-субстраты или кофакторы, но также ингибиторы ферментов или ионы металлов. Происхождение этих молекул варьируется от природных антибиотиков до синтетических соединений, которые были синтезированы для разработки лекарств или пестицидов. Кроме того, перекрестные ссылки на внешние информационные ресурсы, такие как базы данных последовательностей и 3D-структур , а такжебиомедицинские онтологии .

Расширения:

С 2006 года данные в BRENDA дополняются информацией, извлеченной из научной литературы с помощью метода интеллектуального анализа текста на основе совпадения . Для этого были введены четыре репозитория для анализа текста: FRENDA (Full Reference ENzyme DAta), AMENDA (Автоматический анализ фермента DAta), DRENDA (DAtabase с информацией о ферментах, связанных с заболеваниями) и KENDA (Kinetic ENzyme DAta). Эти результаты интеллектуального анализа текста были получены из названий и аннотаций всех статей в литературной базе данных PubMed . [1] [2] [3]

Доступ к данным:

Есть несколько инструментов для получения доступа к данным в BRENDA. Некоторые из них перечислены здесь.

  • Несколько различных форм запроса (например, быстрый и расширенный поиск)
  • Браузер дерева EC
  • Браузер дерева таксономии
  • Онтологии для различных биологических доменов (например, тканевая онтология BRENDA , генная онтология )
  • Тезаурус для лигандов имен
  • Система поиска химических субструктур для лигандных структур
  • Интерфейс SOAP

Доступность [ править ]

Использование BRENDA бесплатно. Кроме того, FRENDA и AMENDA бесплатны для некоммерческих пользователей. Коммерческие пользователи нуждаются в лицензии на эти базы данных через BIOBASE.

Другие базы данных [ править ]

BRENDA предоставляет ссылки на несколько других баз данных, в которых особое внимание уделяется ферменту , например, метаболической функции или структуре фермента . Другие ссылки ведут к онтологической информации о соответствующем гене рассматриваемого фермента . Ссылки на литературу устанавливаются с помощью PubMed . BRENDA ссылается на некоторые дополнительные базы данных и репозитории, такие как:

  • Онтология тканей BRENDA
  • ExPASy
  • Базы данных NCBI (белок, нуклеотид, структура, геном, OMIM , домены
  • Номенклатура ферментов IUBMB
  • КЕГГ
  • База данных PDB (3D информация)
  • PROSITE
  • SCOP
  • CATH
  • ИнтерПро
  • ЧЭБИ
  • Uniprot

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Чанг А., Шеер М., Гроте А., Шомбург I, Шомбург Д. (2008). «BRENDA, AMENDA и FRENDA - информационная система по ферментам: новое содержание и инструменты в 2009 году» . Nucleic Acids Res . 37 (выпуск базы данных): D588-92. DOI : 10.1093 / NAR / gkn820 . PMC 2686525 . PMID 18984617 .  
  2. ^ Schomburg I, Chang A, Placzek S, Söhngen C, Rother M, Lang M, Munaretto C, Ulas S, Stelzer M, Grote A, Scheer M, Schomburg D: « BRENDA в 2013 году: интегрированные реакции, кинетические данные, функция ферментов. данные, улучшенная классификация болезней: новые возможности и содержание в BRENDA », Nucleic Acids Res. , 41 (Проблема с базой данных): D764-D772
  3. ^ Barthelmes Дж, Ебелинг С, Чанг А, Шомбург я, Шомбург D (2006). «BRENDA, AMENDA и FRENDA: информационная система по ферментам в 2007 году» . Nucleic Acids Res . 35 (Проблема с базой данных): D511-4. DOI : 10.1093 / NAR / gkl972 . PMC 1899097 . PMID 17202167 .  

Дальнейшее чтение [ править ]

  • Шеер М., Гроте А., Чанг А., Шомбург I, Мунаретто С., Ротер М., Зенген С., Стельцер М., Тиле Дж., Шомбург Д. (2011). «BRENDA, ферментная информационная система в 2011 году» . Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных): D670–76. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1089 . PMC  3013686 . PMID  21062828 .
  • Чанг А., Шеер М., Гроте А., Шомбург I, Шомбург Д. (2009). «BRENDA, AMENDA и FRENDA - информационная система по ферментам: новое содержание и инструменты в 2009 году» . Nucleic Acids Res . 37 (выпуск базы данных): D588–92. DOI : 10.1093 / NAR / gkn820 . PMC  2686525 . PMID  18984617 .
  • Шомбург Д., Шомбург I, Чанг А. (2006). Справочник по ферментам Springer (2-е изд.). Гейдельберг: Springer.
  • Шомбург I, Чанг А., Эбелинг С., Гремзе М., Хельдт С., Хун Г., Шомбург Д. (2004). «BRENDA, база данных ферментов: обновления и важные новые разработки» . Nucleic Acids Res . 32 (выпуск базы данных): D431–433. DOI : 10.1093 / NAR / gkh081 . PMC  308815 . PMID  14681450 .
  • Фаркья П., Николаев Е.В., Маранас CD (2003). «Обзор базы данных BRENDA». Metab Eng . 5 (2): 71–73. DOI : 10.1016 / S1096-7176 (03) 00008-9 . PMID  12850129 .
  • Schomburg I, Chang A, Hofmann O, Ebeling C, Ehrentreich F, Schomburg D (2002). «BRENDA: ресурс данных по ферментам и метаболической информации]». Trends Biochem Sci . 27 (1): 54–56. DOI : 10.1016 / S0968-0004 (01) 02027-8 . PMID  11796225 .
  • Шомбург I, Чанг А., Шомбург Д. (2002). «BRENDA, ферментные данные и метаболическая информация» . Nucleic Acids Res . 30 (1): 47–49. DOI : 10.1093 / NAR / 30.1.47 . PMC  99121 . PMID  11752250 .
  • Шомбург I, Хофманн О., Бенш С., Чанг А., Шомбург Д. (2000). «Ферментные данные и метаболическая информация: BRENDA, ресурс для исследований в области биологии, биохимии и медицины». Gene Funct Dis . 3 (4): 109–118. DOI : 10.1002 / 1438-826X (200010) 1: 3/4 <109 :: АИД-GNFD109> 3.0.CO; 2-О .

Внешние ссылки [ править ]

  • Официальный сайт BRENDA
  • Номенклатура ферментов
  • Biobase BRENDA - База данных ферментов