Страница полузащищенная
Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Эта статья о микроорганизмах. Для рода см. Bacterium (род) . Для использования в других целях, см Бактерии (значения) .

Бактерии
Временной диапазон: Архейский или более ранний - настоящее время
EscherichiaColi NIAID.jpg
Микроснимок из кишечной палочки стержней
Научная классификация е
Домен:Бактерии
Woese , Kandler & Wheelis , 1990 [1]
Phyla
Синонимы
Eubacteria Woese & Fox, 1977 [3]

Бактерии ( / б æ к т ɪər я ə / ( слушать ) ; нарицательная бактерия , единственное число бактерии ) представляет собой тип биологической клетки . Они представляют собой большой домен из прокариотических микроорганизмов . Обычно в длину несколько микрометров , бактерии имеют множество форм , от сфер до палочек и спиралей . Бактерии были одними из первых форм жизни, появившихся на Земле, и присутствуют в большинстве мест его обитания . Бактерии населяют почву, воду, кислые горячие источники , радиоактивные отходы , [4] и глубокую биосферу из земной коры . Бактерии также живут в симбиотических и паразитарных отношениях с растениями и животными. Большинство бактерий не охарактеризовано, и только около 27 процентов бактериальных типов имеют виды, которые можно выращивать в лаборатории. [5] Изучение бактерий известно как бактериология , раздел микробиологии .

Почти все животные в своем выживании зависят от бактерий, поскольку только бактерии и некоторые археи обладают генами и ферментами, необходимыми для синтеза витамина B 12 , также известного как кобаламин , и обеспечения его через пищевую цепочку. Витамин B 12 - это водорастворимый витамин, который участвует в метаболизме каждой клетки человеческого тела. Он является кофактором в синтезе ДНК , а также в метаболизме жирных кислот и аминокислот . Это особенно важно для нормального функционирования нервной системы.через его роль в синтезе миелина . [6] [7] [8] [9] Обычно в грамме почвы содержится 40 миллионов бактериальных клеток и миллион бактериальных клеток в миллилитре пресной воды . На Земле насчитывается примерно 5 × 10 30 бактерий [10], образующих биомассу, которую превышают только растения. [11] Бактерии жизненно важны на многих этапах жизненного цикла питательных веществ, поскольку они рециркулируют питательные вещества, такие как фиксация азота из атмосферы . Питательная цикл включает в разложение потрупы ; Бактерии ответственны за стадию гниения в этом процессе. [12] В биологических сообществах, окружающих гидротермальные источники и холодные выходы , экстремофильные бактерии обеспечивают питательными веществами, необходимыми для поддержания жизни, превращая растворенные соединения, такие как сероводород и метан , в энергию.

У людей и большинства животных наибольшее количество бактерий существует в кишечнике и большое их количество на коже . [13] Подавляющее большинство бактерий в организме обезвреживаются защитными эффектами иммунной системы , хотя многие из них полезны , особенно в отношении кишечной флоры. Однако некоторые виды бактерий являются патогенными и вызывают инфекционные заболевания , в том числе холеру , сифилис , сибирскую язву , проказу и бубонную чуму . Наиболее частыми смертельными бактериальными заболеваниями являются респираторные инфекции . Только туберкулез убивает около 2 миллионов человек в год, в основном в странах Африки к югу от Сахары . [14] Антибиотики используются для лечения бактериальных инфекций, а также в сельском хозяйстве, что делает устойчивость к антибиотикам растущей проблемой. В промышленности бактерии играют важную роль в очистке сточных вод и разложении разливов нефти , производстве сыра и йогурта путем ферментации , извлечении золота, палладия, меди и других металлов в горнодобывающем секторе [15], а также в биотехнологиях , и производство антибиотиков и других химикатов.[16]

Когда-то считавшиеся растениями, составляющими класс Schizomycetes («грибы деления»), теперь бактерии классифицируются как прокариоты . В отличие от клеток животных и других эукариот , бактериальные клетки не содержат ядра и редко содержат мембраносвязанные органеллы . Хотя термин « бактерии» традиционно включает всех прокариот, научная классификация изменилась после открытия в 1990-х годах, что прокариоты состоят из двух очень разных групп организмов, которые произошли от древнего общего предка . Эти эволюционные области называютсяБактерии и археи . [1]

Этимология

Слово бактерия это множественное число от Новых латинской бактерии , которая является latinisation от греческого βακτήριον ( bakterion ), [17] уменьшительное βακτηρία ( bakteria ), что означает «персонал, трость», [18] , потому что первый , кто быть обнаруженными были стержневидными . [19] [20]

Происхождение и ранняя эволюция

Основная статья: Эволюция бактерий
Дополнительная информация: самые ранние известные формы жизни , эволюционная история жизни и хронология эволюции.

Предками современных бактерий были одноклеточные микроорганизмы, которые были первыми формами жизни, появившимися на Земле около 4 миллиардов лет назад. Около 3 миллиардов лет большинство организмов были микроскопическими, а бактерии и археи были доминирующими формами жизни. [21] [22] Хотя бактериальные окаменелости существуют, такие как строматолиты , их отсутствие отличительной морфологии не позволяет использовать их для изучения истории бактериальной эволюции или определения времени происхождения определенного вида бактерий. Однако последовательности генов можно использовать для реконструкции бактериальной филогении , и эти исследования показывают, что бактерии первыми отошли от архейной / эукариотической линии.[23] последний общий предок бактерий и архей, вероятно, гипертермофилы , который жил около 2,5 млрд 3200000000 лет назад. [24] [25] Первые живые существа на суше могли быть бактериями около 3,22 миллиарда лет назад. [26]

Бактерии также участвовали во втором великом эволюционном расхождении архей и эукариот. Здесь эукариоты возникли в результате вступления древних бактерий в эндосимбиотические ассоциации с предками эукариотических клеток, которые, возможно, сами были связаны с археями . [27] [28] Это включало поглощение протоэукариотическими клетками симбионтов альфа-протеобактерий с образованием митохондрий или гидрогеносом , которые до сих пор встречаются у всех известных эукарий (иногда в сильно восстановленной форме , например, у древних «амитохондриальных» простейших). Позже некоторые эукариоты, которые уже содержали митохондрии, также поглотилиорганизмы, подобные цианобактериям , приводящие к образованию хлоропластов в водорослях и растениях. Это называется первичным эндосимбиозом . [29] [30]

Морфология

Дополнительная информация: Структура бактериальной клетки § Морфология клетки
Бактерии обладают множеством морфологий и структур клеток.

Бактерии обладают широким разнообразием форм и размеров, называемых морфологиями . Бактериальные клетки составляют примерно одну десятую размера эукариотических клеток и обычно имеют длину 0,5–5  мкм . Однако некоторые виды видны невооруженным глазом - например, Thiomargarita namibiensis имеет длину до полумиллиметра [31], а Epulopiscium fishelsoni достигает 0,7 мм. [32] Среди самых маленьких бактерий - представители рода Mycoplasma , размер которых составляет всего 0,3 микрометра, что меньше размера самых крупных вирусов . [33] Некоторые бактерии могут быть еще меньше, но эти ультрамикробактериинедостаточно изучены. [34]

Большинство виды бактерий являются либо сферическими, называются кокки ( единственным число кокков , от греческого kókkos , зерно, семена), или в форме стерженьков, называемые бацилл ( поет . Бацилла, от латинского baculus , палка). [35] Некоторые бактерии, называемые вибрионами , имеют форму слегка изогнутых стержней или запятую; другие могут быть спиралевидными, называемыми спириллами , или плотно свернутыми, называемыми спирохетами . Было описано небольшое количество других необычных форм, таких как звездообразные бактерии. [36] Такое разнообразие форм определяется клеточной стенкой бактерий.и цитоскелет , и это важно, поскольку оно может влиять на способность бактерий усваивать питательные вещества, прикрепляться к поверхностям, плавать в жидкостях и спасаться от хищников . [37] [38]

Диапазон размеров, показанный прокариотами , относительно размеров других организмов и биомолекул .

Многие виды бактерий существуют просто как отдельные клетки, другие связываются по характерным образцам: Neisseria образуют диплоиды (пары), Streptococcus образуют цепочки, а Staphylococcus объединяются в группы «гроздья винограда». Бактерии могут также группы с образованием более крупных многоклеточных структур, таких как удлиненных волокон из Actinobacteria , агрегатов миксобактерий , и комплекс гифы Streptomyces . [39] Эти многоклеточные структуры часто можно увидеть только в определенных условиях. Например, при недостатке аминокислот миксобактерии обнаруживают окружающие клетки в процессе, известном какquorum , мигрируют друг к другу и собираются, образуя плодовые тела длиной до 500 микрометров, содержащие примерно 100 000 бактериальных клеток. [40] В этих плодовых телах бактерии выполняют отдельные задачи; например, примерно одна из десяти клеток мигрирует к верхушке плодового тела и дифференцируется в специальное состояние покоя, называемое миксоспорой, которое более устойчиво к высыханию и другим неблагоприятным условиям окружающей среды. [41]

Бактерии часто прикрепляются к поверхностям и образуют плотные скопления, называемые биопленками , и более крупные образования, известные как микробные маты . Эти биопленки и маты могут иметь толщину от нескольких микрометров до полуметра в глубину и могут содержать несколько видов бактерий, протистов и архей . Бактерии, живущие в биопленках, демонстрируют сложное расположение клеток и внеклеточных компонентов, образуя вторичные структуры, такие как микроколонии , через которые существуют сети каналов, обеспечивающие лучшую диффузию питательных веществ. [42] [43] В естественной среде, такой как почва или поверхности растений, большинство бактерий связано с поверхностями в биопленках.[44] Биопленки также важны в медицине, поскольку эти структуры часто присутствуют во время хронических бактериальных инфекций или при инфекциях имплантированных медицинских устройств , а бактерии, защищенные внутри биопленок, гораздо труднее убить, чем отдельные изолированные бактерии. [45]

Ячеистая структура

Дополнительная информация: Структура бактериальной клетки
Структура и состав типичной грамположительной бактериальной клетки (видно по тому факту, что присутствует только одна клеточная мембрана).

Внутриклеточные структуры

Бактериальная клетка окружена клеточной мембраной , состоящей в основном из фосфолипидов . Эта мембрана охватывает содержимое клетки и действует как барьер для удерживания питательных веществ, белков и других важных компонентов цитоплазмы внутри клетки. [46] В отличие от эукариотических клеток , бактерии обычно не имеют крупных мембраносвязанных структур в их цитоплазме, таких как ядро , митохондрии , хлоропласты и другие органеллы, присутствующие в эукариотических клетках. [47]Однако у некоторых бактерий есть связанные с белками органеллы в цитоплазме, которые разделяют аспекты бактериального метаболизма [48] [49], такие как карбоксисома . [50] Кроме того, бактерии имеют многокомпонентный цитоскелет, который контролирует локализацию белков и нуклеиновых кислот в клетке и управляет процессом деления клетки . [51] [52] [53]

Многие важные биохимические реакции, такие как выработка энергии, происходят из-за градиентов концентрации на мембранах, создавая разность потенциалов, аналогичную батарее. Общее отсутствие внутренних мембран у бактерий означает, что эти реакции, такие как перенос электронов , происходят через клеточную мембрану между цитоплазмой и внешней частью клетки или периплазмы . [54] Однако у многих фотосинтезирующих бактерий плазматическая мембрана сильно сложена и заполняет большую часть клетки слоями собирающей свет мембраны. [55] Эти легкие сбора комплексы могут даже образовывать липиды закрытых структур , называемые хлоросомы взеленые серные бактерии . [56]

Электронно - микроскопический снимок из Halothiobacillus neapolitanus клеток с карбоксисомой внутри, со стрелками , освещающих видимые карбоксисомы. Шкала показывает 100 нм.

Бактерии не имеют мембраносвязанное ядро, и их генетический материал , как правило , одна круговая бактериальная хромосома из ДНК находится в цитоплазме в неправильной форме тела называется нуклеоидом . [57] Нуклеоид содержит хромосому со связанными с ней белками и РНК . Как и все другие организмы , бактерии содержат рибосомы для производства белков, но структура бактериальной рибосомы отличается от таковой у эукариот и архей . [58]

Некоторые бактерии производят внутриклеточные гранулы для хранения питательных веществ, такие как гликоген , [59] полифосфат , [60] сера [61] или полигидроксиалканоаты . [62] Бактерии, такие как фотосинтезирующие цианобактерии , производят внутренние газовые вакуоли , которые они используют для регулирования своей плавучести, позволяя им перемещаться вверх или вниз в слои воды с различной интенсивностью света и уровнями питательных веществ. [63]

Внеклеточные структуры

Дополнительная информация: конверт клетки

Вокруг клеточной мембраны находится клеточная стенка . Стенки бактериальных клеток состоят из пептидогликана (также называемого муреином), который состоит из цепей полисахаридов, сшитых пептидами, содержащими D- аминокислоты . [64] Стенки бактериальных клеток отличаются от клеточных стенок растений и грибов , которые состоят из целлюлозы и хитина соответственно. [65] Клеточная стенка бактерий также отличается от таковой у архей, которые не содержат пептидогликан. Клеточная стенка необходима для выживания многих бактерий, а антибиотик пенициллин(вырабатывается грибком Penicillium ) может убивать бактерии, подавляя стадию синтеза пептидогликана. [65]

Вообще говоря, у бактерий есть два разных типа клеточной стенки, которые подразделяют бактерии на грамположительные и грамотрицательные . Названия образованы из-за реакции клеток на окрашивание по Граму , давний тест для классификации видов бактерий. [66]

Грамположительные бактерии обладают толстой клеточной стенкой, содержащей множество слоев пептидогликана и тейхоевой кислоты . Напротив, грамотрицательные бактерии имеют относительно тонкую клеточную стенку, состоящую из нескольких слоев пептидогликана, окруженных второй липидной мембраной, содержащей липополисахариды и липопротеины . Большинство бактерий имеют грамотрицательную клеточную стенку, и только Firmicutes и Actinobacteria (ранее известные как грамположительные бактерии с низким G + C и высоким G + C соответственно) имеют альтернативное грамположительное расположение. [67] Эти различия в структуре могут вызывать различия в чувствительности к антибиотикам; например, ванкомицинможет убивать только грамположительные бактерии и неэффективен против грамотрицательных патогенов , таких как Haemophilus influenzae или Pseudomonas aeruginosa . [68] Некоторые бактерии имеют структуры клеточной стенки, которые не являются ни классически грамположительными, ни грамотрицательными. Сюда входят клинически важные бактерии, такие как микобактерии, которые имеют толстую клеточную стенку пептидогликана, как у грамположительных бактерий, но также и второй внешний слой липидов. [69]

У многих бактерий S-слой из жестко расположенных белковых молекул покрывает внешнюю часть клетки. [70] Этот слой обеспечивает химическую и физическую защиту поверхности клетки и может действовать как диффузионный барьер для макромолекул . S-слои выполняют разнообразные, но в основном плохо изученные функции, но, как известно, они действуют как факторы вирулентности у Campylobacter и содержат поверхностные ферменты у Bacillus stearothermophilus . [71]

Электронная микрофотография Helicobacter pylori , на которой видны множественные жгутики на поверхности клетки

Жгутики представляют собой жесткие белковые структуры диаметром около 20 нанометров и длиной до 20 микрометров, которые используются для подвижности . Жгутики двигаются за счет энергии, высвобождаемой при переносе ионов по электрохимическому градиенту через клеточную мембрану. [72]

Фимбрии (иногда называемые « прикрепляющими пили ») представляют собой тонкие белковые нити, обычно диаметром 2–10 нанометров и длиной до нескольких микрометров. Они распределены по поверхности клетки и напоминают тонкие волоски под электронным микроскопом . Считается, что фимбрии участвуют в прикреплении к твердым поверхностям или другим клеткам и необходимы для вирулентности некоторых бактериальных патогенов. [73] Пили ( ед . Пилус) - это клеточные придатки, немного больше, чем фимбрии, которые могут передавать генетический материал между бактериальными клетками в процессе, называемом конъюгацией, где они называются конъюгационными пилями.или половые пили (см. генетику бактерий ниже). [74] Они также могут генерировать движение там, где их называют пилями IV типа . [75]

Гликокаликс вырабатывается многими бактериями для окружения своих клеток и различается по структурной сложности: от неорганизованного слоя слизи из внеклеточных полимерных веществ до высоко структурированной капсулы . Эти структуры могут защищать клетки от поглощения эукариотическими клетками, такими как макрофаги (часть иммунной системы человека ). [76] Они также могут действовать как антигены и участвовать в распознавании клеток, а также способствовать прикреплению к поверхностям и образованию биопленок. [77]

Сборка этих внеклеточных структур зависит от систем секреции бактерий . Они переносят белки из цитоплазмы в периплазму или в окружающую среду вокруг клетки. Известно много типов систем секреции, и эти структуры часто важны для вирулентности патогенов, поэтому интенсивно изучаются. [78]

Эндоспоры

Дополнительная информация: Эндоспора
Bacillus anthracis (окрашен в фиолетовый цвет), растущий в спинномозговой жидкости

Определенные роды грамположительных бактерий, такие как Bacillus , Clostridium , Sporohalobacter , Anaerobacter и Heliobacterium , могут образовывать высокоустойчивые спящие структуры, называемые эндоспорами . [79] Эндоспоры развиваются в цитоплазме клетки; обычно в каждой клетке развивается одна эндоспора. [80] Каждая эндоспора содержит ядро ​​из ДНК и рибосомы, окруженные слоем коры и защищенные многослойной жесткой оболочкой, состоящей из пептидогликана и различных белков. [80]

Эндоспоры не обнаруживают метаболизма и могут выдерживать экстремальные физические и химические нагрузки, такие как высокие уровни ультрафиолетового света , гамма-излучения , моющих и дезинфицирующих средств , тепла, замораживания, давления и высыхания . [81] В этом состоянии покоя эти организмы могут оставаться жизнеспособными в течение миллионов лет [82] [83] [84], а эндоспоры даже позволяют бактериям выжить под воздействием вакуума и радиации в космосе, возможно, бактерии могут распространяться по всему телу. Вселенная от космической пыли , метеороиды ,астероиды , кометы , планетоиды или с помощью направленной панспермии . [85] [86] Эндоспорообразующие бактерии также могут вызывать заболевание: например, сибирская язва может заразиться при вдыхании эндоспор Bacillus anthracis , а заражение глубоких колотых ран эндоспорами Clostridium tetani вызывает столбняк . [87]

Метаболизм

Дополнительная информация: Микробный метаболизм

Бактерии проявляют чрезвычайно широкий спектр метаболических типов. [88] Распределение метаболических признаков внутри группы бактерий традиционно использовалось для определения их таксономии , но эти признаки часто не соответствуют современным генетическим классификациям. [89] Бактериальный метаболизм подразделяется на группы питания на основе трех основных критериев: источник энергии , используемые доноры электронов и источник углерода, используемый для роста. [90]

Бактерии либо получают энергию от света с помощью фотосинтеза (так называемая фототрофия ), либо путем расщепления химических соединений с помощью окисления (так называемая хемотрофия ). [91] Хемотрофы используют химические соединения в качестве источника энергии, передавая электроны от данного донора электронов к конечному акцептору электронов в окислительно-восстановительной реакции . Эта реакция высвобождает энергию, которая может быть использована для метаболизма. Хемотрофы далее делятся по типам соединений, которые они используют для переноса электронов. Бактерии, использующие в качестве источников электронов неорганические соединения, такие как водород, окись углерода или аммиак.называются литотрофами , а те, которые используют органические соединения, называются органотрофами . [91] Соединения, используемые для получения электронов, также используются для классификации бактерий: аэробные организмы используют кислород в качестве конечного акцептора электронов, в то время как анаэробные организмы используют другие соединения, такие как нитрат , сульфат или диоксид углерода. [91]

Многие бактерии получают углерод из другого органического углерода , что называется гетеротрофией . Другие, такие как цианобактерии и некоторые пурпурные бактерии, являются автотрофными , что означает, что они получают клеточный углерод путем фиксации диоксида углерода . [92] В необычных обстоятельствах метан может использоваться метанотрофными бактериями как источник электронов и субстрат для углеродного анаболизма . [93]

Типы питания в метаболизме бактерий
Тип питанияИсточник энергииИсточник углеродаПримеры
 Фототрофы Солнечный свет Органические соединения (фотогетеротрофы) или фиксация углерода (фотоавтотрофы) Цианобактерии , зеленые серные бактерии , хлорофлекси или пурпурные бактерии 
 ЛитотрофыНеорганические соединения Органические соединения (литоагетеротрофы) или фиксация углерода (литоавтотрофы) Термодесульфобактерии , Hydrogenophilaceae или Nitrospirae 
 ОрганотрофыОрганические соединения Органические соединения (хемогетеротрофы) или фиксация углерода (хемоавтотрофы)   Bacillus , Clostridium или Enterobacteriaceae 

Во многих отношениях метаболизм бактерий обеспечивает свойства, полезные для экологической стабильности и для человеческого общества. Одним из примеров является то, что некоторые бактерии обладают способностью связывать газообразный азот с помощью фермента нитрогеназы . Это экологически важное свойство можно найти у бактерий большинства метаболических типов, перечисленных выше. [94] Это приводит к экологически важным процессам денитрификации , сульфатредукции и ацетогенеза соответственно. [95] [96] Бактериальные метаболические процессы также важны в биологической реакции на загрязнение ; например, сульфатредуцирующие бактериив значительной степени ответственны за производство высокотоксичных форм ртути ( метил- и диметилртути ) в окружающей среде. [97] Не респираторные анаэробы используют ферментацию для выработки энергии и снижения мощности, выделяя побочные продукты метаболизма (такие как этанол при пивоварении) в качестве отходов. Факультативные анаэробы могут переключаться между ферментацией и различными концевыми акцепторами электронов в зависимости от условий окружающей среды, в которых они находятся. [98]

Рост и размножение

Многие бактерии размножаются посредством бинарного деления , которое на этом изображении сравнивается с митозом и мейозом .
Дополнительная информация: рост бактерий

В отличие от многоклеточных организмов, увеличение размера клеток ( рост клеток ) и размножение путем деления клеток тесно связаны у одноклеточных организмов. Бактерии вырастают до фиксированного размера, а затем размножаются посредством бинарного деления - формы бесполого размножения . [99] В оптимальных условиях бактерии могут расти и делиться чрезвычайно быстро, а популяции бактерий могут удваиваться каждые 9,8 минут. [100] При делении клеток образуются две идентичные дочерние клетки клона . Некоторые бактерии, продолжая размножаться бесполым путем, образуют более сложные репродуктивные структуры, которые помогают рассеивать вновь образованные дочерние клетки. Примеры включают формирование плодового телаМиксобактерии иобразованиевоздушных гиф Streptomyces или почкование. При почковании клетка образует выступ, который отрывается и производит дочернюю клетку. [101]

Колония Escherichia coli [102]

В лаборатории бактерии обычно выращивают на твердых или жидких средах. Твердые питательные среды , такие как чашки с агаром , используются для выделения чистых культур бактериального штамма. Однако жидкие питательные среды используются, когда требуется измерение роста или больших объемов клеток. Рост в перемешиваемых жидких средах происходит в виде однородной клеточной суспензии, благодаря чему культуры легко разделяются и переносятся, хотя выделение отдельных бактерий из жидких сред затруднено. Использование селективных сред (среды с добавлением или недостатком определенных питательных веществ или с добавлением антибиотиков) может помочь идентифицировать определенные организмы. [103]

Большинство лабораторных методов выращивания бактерий используют высокие уровни питательных веществ для быстрого и дешевого производства большого количества клеток. Однако в естественной среде количество питательных веществ ограничено, а это означает, что бактерии не могут продолжать размножаться бесконечно. Это ограничение питательных веществ привело к развитию различных стратегий роста (см. Теорию выбора r / K ). Некоторые организмы могут расти очень быстро, когда становятся доступными питательные вещества, например, в результате цветения водорослей (и цианобактерий), которые часто происходят в озерах летом. [104] Другие организмы имеют приспособление для жестких условий эксплуатации, таких как производство нескольких антибиотиков пути Streptomyces , которые ингибируют рост конкурирующих микроорганизмов.[105] В природе многие организмы живут в сообществах (например, в биопленках ), что может способствовать увеличению поступления питательных веществ и защите от стрессов окружающей среды. [44] Эти отношения могут иметь важное значение для роста конкретного организма или группы организмов ( синтрофия ). [106]

Бактериальный рост проходит в четыре фазы. Когда популяция бактерий впервые попадает в среду с высоким содержанием питательных веществ, которая позволяет расти, клеткам необходимо адаптироваться к новой среде. Первая фаза роста - это лаг-фаза , период медленного роста, когда клетки адаптируются к среде с высоким содержанием питательных веществ и готовятся к быстрому росту. В лаг-фазе наблюдается высокая скорость биосинтеза, поскольку вырабатываются белки, необходимые для быстрого роста. [107] [108] Вторая фаза роста - это логарифмическая фаза , также известная как экспоненциальная фаза. Фаза журнала отмечена быстрым экспоненциальным ростом . Скорость, с которой клетки растут во время этой фазы, известна как скорость роста ( k), а время, необходимое для удвоения клеток, известно как время генерации ( g ). Во время логарифмической фазы питательные вещества метаболизируются с максимальной скоростью, пока одно из питательных веществ не истощится и не начнет ограничивать рост. Третья фаза роста - стационарная, она вызвана истощением питательных веществ. Клетки снижают свою метаболическую активность и потребляют несущественные клеточные белки. Стационарная фаза - это переход от быстрого роста к состоянию стрессовой реакции, когда наблюдается повышенная экспрессия генов, участвующих в репарации ДНК , метаболизме антиоксидантов и транспорте питательных веществ . [109] Заключительная фаза - фаза смерти.где у бактерий заканчиваются питательные вещества и они умирают. [110]

Генетика

Основная статья: Бактериальная генетика

Большинство бактерий имеют одну круговую хромосому , которая может варьироваться по размеру от только 160 000 пар оснований в первичных эндосимбиотических бактерий Carsonella ruddii , [111] на 12200000 пар оснований (12.2 МВР) в почвенные бактерии Sorangium cellulosum . [112] Есть много исключений из этого, например, некоторые виды Streptomyces и Borrelia содержат одну линейную хромосому, [113] [114] в то время как некоторые виды Vibrio содержат более одной хромосомы. [115] Бактерии также могут содержать плазмиды., небольшие внехромосомные молекулы ДНК, которые могут содержать гены для различных полезных функций, таких как устойчивость к антибиотикам , метаболические возможности или различные факторы вирулентности . [116]

Геномы бактерий обычно кодируют от нескольких сотен до нескольких тысяч генов. Гены в бактериальных геномах обычно представляют собой один непрерывный участок ДНК, и, хотя у бактерий действительно существует несколько различных типов интронов , они встречаются гораздо реже, чем у эукариот. [117]

Бактерии, как бесполые организмы, наследуют идентичную копию генома родителей и являются клональными . Однако все бактерии могут развиваться путем отбора изменений в ДНК их генетического материала, вызванных генетической рекомбинацией или мутациями . Мутации происходят из-за ошибок, сделанных во время репликации ДНК или из-за воздействия мутагенов . Скорость мутаций широко варьируется среди разных видов бактерий и даже среди разных клонов одного вида бактерий. [118] Генетические изменения в бактериальных геномах происходят либо из-за случайной мутации во время репликации, либо из-за «стресс-направленной мутации», когда гены, вовлеченные в определенный процесс, ограничивающий рост, имеют повышенную скорость мутаций. [119]

Некоторые бактерии также переносят генетический материал между клетками. Это может происходить тремя основными способами. Во-первых, бактерии могут поглощать экзогенную ДНК из окружающей среды в процессе, называемом трансформацией . [120] Многие бактерии могут естественным образом поглощать ДНК из окружающей среды, в то время как другие должны быть химически изменены, чтобы побудить их поглощать ДНК. [121] Развитие компетентности в природе обычно связано со стрессовыми условиями окружающей среды и, по-видимому, является адаптацией для облегчения восстановления повреждений ДНК в реципиентных клетках. [122] Второй способ передачи генетического материала бактериями - это трансдукция , когда интеграция бактериофагавводит чужеродную ДНК в хромосому. Многие виды бактериофага EXIST, некоторые просто заражают и лизировать их хозяев бактерий, в то время как другие вставки в бактериальную хромосому. [123] Бактерии противостоят фаговой инфекции с помощью систем рестрикционной модификации , разрушающих чужеродную ДНК, [124] и системы, которая использует последовательности CRISPR для сохранения фрагментов геномов фага, с которыми бактерии контактировали в прошлом, что позволяет им блокировать репликацию вируса посредством РНК-интерференции . [125] [126] Третий метод переноса гена - конъюгация., посредством чего ДНК передается через прямой контакт с клеткой. В обычных обстоятельствах трансдукция, конъюгация и трансформация включают перенос ДНК между отдельными бактериями одного и того же вида, но иногда перенос может происходить между особями разных видов бактерий, и это может иметь значительные последствия, такие как перенос устойчивости к антибиотикам. [127] [128] В таких случаях получение генов от других бактерий или окружающей среды называется горизонтальным переносом генов и может быть обычным явлением в естественных условиях. [129]

Поведение

Движение

Дополнительная информация: хемотаксис , жгутик и пили
Просвечивающая электронная микрофотография Desulfovibrio vulgaris, на которой виден единственный жгутик на одном конце клетки. Шкала имеет длину 0,5 микрометра.

Многие бактерии подвижны (способны двигаться сами) и делают это с помощью множества механизмов. Наиболее изученными из них являются жгутики , длинные волокна, которые вращаются двигателем у основания для создания движения, напоминающего пропеллер. [130] Жгутик бактерий состоит примерно из 20 белков, и еще примерно 30 белков необходимы для его регуляции и сборки. [130] Жгутик представляет собой вращающуюся структуру, приводимую в движение реверсивным двигателем в основании, который использует электрохимический градиент через мембрану для получения энергии. [131]

Различное расположение жгутиков бактерий: A-однообразный; B-лофотрихозный; C-амфитриховый; D-перитрихий

Бактерии могут по-разному использовать жгутики для создания различных движений. Многие бактерии (например, кишечная палочка ) имеют два различных режима движения: движение вперед (плавание) и акробатическое движение. Кувырок позволяет им переориентироваться и превращает их движение в трехмерное случайное блуждание . [132] Виды бактерий различаются по количеству и расположению жгутиков на поверхности; у некоторых есть один жгутик ( монотриховый ), жгутик на каждом конце ( амфитриховидный ), скопления жгутиков на полюсах клетки ( лофотрихозные ), а у других жгутики распределены по всей поверхности клетки ( перитрихозные).). Жгутики уникальной группы бактерий, спирохет , находятся между двумя мембранами в периплазматическом пространстве. У них характерное спиралевидное тело, которое вращается при движении. [130]

Два другого типа бактериального движения называется подергиванием моторики , которая опирается на структуру , называемого типа IV пилус , [133] и скользит моторику , который использует другие механизмы. При подергивании подвижности палочковидный пилус выходит из клетки, связывает некоторый субстрат, а затем втягивается, вытягивая клетку вперед. [134]

Подвижные бактерии привлекаются или отталкиваются определенными стимулами поведения, называемыми налогами : к ним относятся хемотаксис , фототаксис , энергетическое такси и магнитотаксис . [135] [136] [137] В одной специфической группе, миксобактериях , отдельные бактерии движутся вместе, чтобы сформировать волны клеток, которые затем дифференцируются, чтобы сформировать плодовые тела, содержащие споры. [41] В миксобактерии двигаться только тогда , когда на твердых поверхностях, в отличие от кишечной палочки , которая является подвижны в жидких или твердых средах. [138]

Некоторые виды Listeria и Shigella перемещаются внутри клеток-хозяев, узурпируя цитоскелет , который обычно используется для перемещения органелл внутри клетки. Способствуя актина полимеризации на одном полюсе их клеток, они могут образовывать своего рода хвост , который толкает их через цитоплазму клетки-хозяина. [139]

Коммуникация

Смотрите также: Прокариот § Социальность

У некоторых бактерий есть химические системы, излучающие свет. Эта биолюминесценция часто возникает у бактерий, которые живут вместе с рыбами, и свет, вероятно, служит для привлечения рыб или других крупных животных. [140]

Бактерии часто функционируют как многоклеточные агрегаты, известные как биопленки , обмениваясь множеством молекулярных сигналов для межклеточной коммуникации и участвуя в скоординированном многоклеточном поведении. [141] [142]

Общие преимущества многоклеточного сотрудничества включают клеточное разделение труда, доступ к ресурсам, которые не могут эффективно использоваться отдельными клетками, коллективную защиту от антагонистов и оптимизацию выживания популяции за счет дифференциации на отдельные типы клеток. [141] Например, бактерии в биопленках могут иметь более чем в 500 раз повышенную устойчивость к антибактериальным агентам, чем отдельные «планктонные» бактерии того же вида. [142]

Один из типов межклеточной коммуникации с помощью молекулярного сигнала называется зондированием кворума , который служит для определения того, существует ли плотность местного населения, достаточно высокая, чтобы можно было вкладывать средства в процессы, которые будут успешными только при большом количестве подобных Организмы ведут себя аналогично, выделяя пищеварительные ферменты или излучая свет. [143] [144]

Чувствительность кворума позволяет бактериям координировать экспрессию генов и дает им возможность производить, высвобождать и обнаруживать аутоиндукторы или феромоны, которые накапливаются с ростом популяции клеток. [145]

Классификация и идентификация

Основная статья: Бактериальная таксономия
Дополнительная информация: научная классификация , систематика , бактериальный тип и клиническая патология.
Streptococcus mutans визуализируется окрашиванием по Граму.
Филогенетическое древо, показывающее разнообразие бактерий по сравнению с другими организмами. Здесь бактерии представлены тремя основными супергруппами: ультрамикробактериями CPR , Terrabacteria и Gracilicutes согласно последним геномным анализам (2019). [146]

Классификация направлена ​​на описание разнообразия видов бактерий путем наименования и группировки организмов на основе сходства. Бактерии можно классифицировать на основе клеточной структуры, клеточного метаболизма или различий в клеточных компонентах, таких как ДНК , жирные кислоты , пигменты, антигены и хиноны . [103] Хотя эти схемы позволили идентифицировать и классифицировать бактериальные штаммы, было неясно, представляют ли эти различия различия между разными видами или между штаммами одного и того же вида. Эта неопределенность была связана с отсутствием отличительных структур у большинства бактерий, а также с латеральным переносом генов.между неродственными видами. [147] Из-за латерального переноса генов некоторые близкородственные бактерии могут иметь очень различную морфологию и метаболизм. Чтобы преодолеть эту неопределенность, современная классификация бактерий делает упор на молекулярную систематику с использованием генетических методов, таких как определение соотношения гуанин- цитозин , гибридизация геном-геном, а также секвенирование генов, которые не подверглись обширному латеральному переносу генов, таких как ген рРНК . [148] Классификация бактерий определяется публикациями в Международном журнале систематической бактериологии [149] и Руководстве по систематической бактериологии Берджи. [150]Международный комитет по систематической бактериологии (ICSB) поддерживает международные правила именования бактерий и таксономических категорий и для ранжирования их в Международном кодексе номенклатуры бактерий . [151]

Термин «бактерии» традиционно применялся ко всем микроскопическим одноклеточным прокариотам. Однако молекулярная систематика показала, что прокариотическая жизнь состоит из двух отдельных доменов , первоначально называвшихся эубактериями и архебактериями , но теперь называемых бактериями и архей, которые развились независимо от общего древнего предка. [1] Археи и эукариоты более тесно связаны друг с другом, чем с бактериями. Эти два домена, наряду с Eukarya, являются основой трехдоменной системы , которая в настоящее время является наиболее широко используемой системой классификации в микробиологии. [152]Однако из-за относительно недавнего внедрения молекулярной систематики и быстрого увеличения числа доступных последовательностей генома классификация бактерий остается постоянно меняющейся и расширяющейся областью. [153] [154] Например, Кавалье-Смит утверждал, что археи и эукариоты произошли от грамположительных бактерий. [155]

Идентификация бактерий в лаборатории особенно актуальна в медицине , где правильное лечение определяется видом бактерий, вызывающих инфекцию. Следовательно, необходимость выявления патогенов человека стала основным стимулом для разработки методов идентификации бактерий. [156]

Грам , разработанный в 1884 годе Hans Christian Gram , характеризует бактерию , основанную на структурных характеристиках их клеточных стенок. [66] Толстые слои пептидогликана в «грамположительной» клеточной стенке окрашиваются в фиолетовый цвет, в то время как тонкая «грамотрицательная» клеточная стенка выглядит розовой. Комбинируя морфологию и окрашивание по Граму, большинство бактерий можно классифицировать как принадлежащие к одной из четырех групп (грамположительные кокки, грамположительные палочки, грамотрицательные кокки и грамотрицательные палочки). Некоторые организмы лучше всего идентифицируются с помощью красителей, отличных от окраски по Граму, в частности, микобактерии или Nocardia , которые проявляют кислотостойкость по методу Циля – Нильсена или аналогичным красителям. [157]Возможно, потребуется идентифицировать другие организмы по их росту в специальных средах или другими методами, например серологией . [158]

Культура метода разработана , чтобы способствовать росту и идентификации конкретных бактерий, в то время ограничивая рост других бактерий в образце. Часто эти методы предназначены для конкретных образцов; например, образец мокроты обрабатывается для выявления организмов, вызывающих пневмонию , а образцы стула культивируются на селективных средах для выявления организмов, вызывающих диарею , при одновременном предотвращении роста непатогенных бактерий. Обычно стерильные образцы, такие как кровь , моча или спинномозговая жидкость , культивируют в условиях, предназначенных для выращивания всех возможных организмов. [103][159] После выделения патогенного организма его можно дополнительно охарактеризовать по его морфологии, типам роста (например, аэробный или анаэробный рост), типам гемолиза и окрашиванию. [160]

Как и в случае классификации бактерий, для идентификации бактерий все чаще используются молекулярные методы. Диагностика с использованием инструментов на основе ДНК, таких как полимеразная цепная реакция , становится все более популярной из-за их специфичности и скорости по сравнению с методами, основанными на культуре. [161] Эти методы также позволяют обнаруживать и идентифицировать « жизнеспособные, но не культивируемые » клетки, которые метаболически активны, но не деляются . [162] Однако даже при использовании этих улучшенных методов общее количество видов бактерий неизвестно и даже не может быть оценено с какой-либо достоверностью. Согласно настоящей классификации, известно немногим менее 9300 видов прокариот, включая бактерии и археи; [163]но попытки оценить истинное количество бактериального разнообразия варьировались от 10 7 до 10 9 всех видов - и даже эти разнообразные оценки могут отличаться на много порядков. [164] [165]

Взаимодействие с другими организмами

Обзор бактериальных инфекций и основных затронутых видов. [166]
Дополнительная информация: Микробы в человеческой культуре

Несмотря на кажущуюся простоту, бактерии могут образовывать сложные ассоциации с другими организмами. Эти симбиотические ассоциации можно разделить на паразитизм , мутуализм и комменсализм . Из-за своего небольшого размера комменсальные бактерии распространены повсеместно и растут на животных и растениях точно так же, как они будут расти на любой другой поверхности. Однако их рост может быть увеличен за счет тепла и пота , а большие популяции этих организмов у людей являются причиной запаха тела . [167]

Хищники

Некоторые виды бактерий убивают, а затем поглощают другие микроорганизмы, эти виды называются хищными бактериями . [168] К ним относятся такие организмы, как Myxococcus xanthus , которые образуют скопления клеток, которые убивают и переваривают любые бактерии, с которыми они сталкиваются. [169] Другие бактериальные хищники либо прикрепляются к своей добыче, чтобы переваривать ее и поглощать питательные вещества, такие как Vampirovibrio chlorellavorus , [170], либо вторгаются в другую клетку и размножаются внутри цитозоля, например, Daptobacter . [171] Считается, что эти хищные бактерии произошли от сапрофагов.которые поглотили мертвые микроорганизмы с помощью приспособлений, которые позволили им захватить и убить другие организмы. [172]

Мутуалисты

Некоторые бактерии образуют тесные пространственные ассоциации, которые необходимы для их выживания. Одна такая мутуалистическая ассоциация, называемая межвидовым переносом водорода, происходит между кластерами анаэробных бактерий, которые потребляют органические кислоты , такие как масляная кислота или пропионовая кислота , и производят водород , и метаногенными археями, потребляющими водород. [173] Бактерии в этой ассоциации не могут потреблять органические кислоты, так как в результате этой реакции образуется водород, который накапливается в их окружении. Только тесная связь с потребляющими водород археями поддерживает концентрацию водорода на достаточно низком уровне, чтобы бактерии могли расти. [174]

В почве микроорганизмы, обитающие в ризосфере (зоне, которая включает поверхность корня и почву, которая прилипает к корню после легкого встряхивания), осуществляют фиксацию азота , превращая газообразный азот в азотистые соединения. [175] Это служит для обеспечения легко усваиваемой формы азота для многих растений, которые сами не могут связывать азот. Многие другие бактерии встречаются как симбионты у людей и других организмов. Так , например, присутствие более чем 1000 видов бактерий в нормальной человеческой кишечной флоре этого кишечника может способствовать кишкам иммунитета, синтезируют витамины , такие как фолиевая кислота, витамин К и биотин , превращают сахара в молочную кислоту (см. Lactobacillus ), а также ферментируют сложные неперевариваемые углеводы . [176] [177] [178] Присутствие этой кишечной флоры также подавляет рост потенциально патогенных бактерий (обычно посредством конкурентного исключения ), и эти полезные бактерии, следовательно, продаются в качестве пробиотических пищевых добавок . [179]

Патогены

Основная статья: Патогенные бактерии
Микрофотография с помощью сканирующего электронного микроскопа с усилением цвета, показывающая, что Salmonella typhimurium (красный) вторгается в культивированные клетки человека

Если бактерии образуют паразитарную ассоциацию с другими организмами, они классифицируются как патогены. Патогенные бактерии являются основной причиной смерти и болезней человека и вызывают такие инфекции, как столбняк (вызываемый Clostridium tetani ), брюшной тиф , дифтерия , сифилис , холера , болезни пищевого происхождения , проказа (вызываемая Micobacterium leprae) и туберкулез (вызываемая Mycobacterium tuberculosis ). Патогенная причина известного медицинского заболевания может быть обнаружена только через много лет, как это было в случае с Helicobacter pylori иязвенная болезнь . Бактериальные заболевания также играют важную роль в сельском хозяйстве , с бактерий , вызывающих пятнистость листьев , бактериальный ожог и поникает в растениях, а также Johne болезнь , мастит , сальмонеллез и сибирской язвы сельскохозяйственных животных. [180]

Каждый вид патогена имеет характерный спектр взаимодействий со своим хозяином- человеком . Некоторые организмы, такие как стафилококк или стрептококк , могут вызывать кожные инфекции, пневмонию , менингит и даже тяжелый сепсис - системную воспалительную реакцию, вызывающую шок , массивное расширение сосудов и смерть. [181] Тем не менее, эти организмы также являются частью нормальной человеческой флоры и обычно существуют на коже или в носу, не вызывая никаких заболеваний. Другие организмы неизменно вызывают болезни у людей, например, риккетсии., которые являются облигатными внутриклеточными паразитами, способными расти и размножаться только в клетках других организмов. Один вид Rickettsia вызывает сыпной тиф , а другой - пятнистую лихорадку Скалистых гор . Хламидиоз , другой тип облигатных внутриклеточных паразитов, содержит виды, которые могут вызывать пневмонию или инфекцию мочевыводящих путей и могут быть вовлечены в ишемическую болезнь сердца . [182] Наконец, некоторые виды, такие как Pseudomonas aeruginosa , Burkholderia cenocepacia и Mycobacterium avium , являются условно-патогенными микроорганизмами.и вызывают заболевание, главным образом, у людей, страдающих иммуносупрессией или муковисцидозом . [183] [184]

Бактериальные инфекции можно лечить антибиотиками , которые классифицируются как бактерицидные, если они убивают бактерии, или как бактериостатические, если они просто предотвращают рост бактерий. Существует много типов антибиотиков, и каждый класс ингибирует процесс, который у патогена отличается от того, который обнаруживается у хозяина. Примером того, как антибиотики вызывают избирательную токсичность, являются хлорамфеникол и пуромицин , которые ингибируют бактериальную рибосому , но не структурно отличающиеся рибосомы эукариот. [185] Антибиотики используются как при лечении болезней человека, так и в интенсивном земледелии.для стимулирования роста животных, где они могут способствовать быстрому развитию устойчивости к антибиотикам в популяциях бактерий. [186] Инфекции можно предотвратить с помощью антисептических мер, таких как стерилизация кожи перед прокалыванием ее иглой шприца, а также путем надлежащего ухода за постоянными катетерами. Хирургические и стоматологические инструменты также стерилизуются для предотвращения заражения бактериями. Дезинфицирующие средства, такие как отбеливатель , используются для уничтожения бактерий или других патогенов на поверхностях, чтобы предотвратить загрязнение и еще больше снизить риск заражения. [187]

Значение в технологиях и промышленности

Дополнительная информация: Экономическое значение бактерий

Бактерии, часто молочнокислые бактерии , такие как Lactobacillus и Lactococcus , в сочетании с дрожжами и плесенью , тысячелетиями использовались для приготовления ферментированных продуктов, таких как сыр , соленые огурцы , соевый соус , квашеная капуста , уксус , вино и йогурт. . [188] [189]

Способность бактерий разлагать различные органические соединения примечательна и использовалась при переработке отходов и биоремедиации . Бактерии, способные переваривать углеводороды в нефти , часто используются для очистки разливов нефти . [190] Удобрения были добавлены на некоторые пляжи в проливе Принца Уильяма в попытке стимулировать рост этих естественных бактерий после разлива нефти Exxon Valdez в 1989 году . Эти усилия были эффективны на пляжах, которые не были слишком сильно залиты маслом. Бактерии также используются для биоремедиации промышленных токсичных отходов . [191]В химической промышленности бактерии играют наиболее важную роль в производстве энантиомерно чистых химикатов для использования в качестве фармацевтических препаратов или агрохимикатов . [192]

Бактерии также могут использоваться вместо пестицидов при биологической борьбе с вредителями . Обычно это Bacillus thuringiensis (также называемый BT), грамположительная почвенная бактерия. Подвид этой бактерии используется в качестве чешуекрылых -специфических инсектицидов под торговыми названиями , такие как Dipel и Thuricide. [193] Из-за своей специфичности эти пестициды считаются экологически безвредными , практически не влияющими на людей, дикую природу , опылителей и большинство других полезных насекомых . [194] [195]

Благодаря своей способности быстро расти и относительной легкости, с которой ими можно манипулировать, бактерии являются рабочими лошадками в областях молекулярной биологии , генетики и биохимии . Внося мутации в бактериальную ДНК и исследуя полученные фенотипы, ученые могут определить функцию генов, ферментов и метаболических путей у бактерий, а затем применить эти знания к более сложным организмам. [196] Эта цель понимания биохимии клетки достигает своего наиболее сложного выражения в синтезе огромного количества данных кинетики ферментов и экспрессии генов в математические модели.целых организмов. Это достижимо на некоторых хорошо изученных бактериях, и в настоящее время создаются и тестируются модели метаболизма Escherichia coli . [197] [198] Такое понимание бактериального метаболизма и генетики позволяет использовать биотехнологии для биоинженерных бактерий для производства терапевтических белков, таких как инсулин , факторы роста или антитела . [199] [200]

Поскольку они важны для исследований в целом, образцы штаммов бактерий выделяются и хранятся в центрах биологических ресурсов . Это гарантирует доступность штамма для ученых всего мира. [201]

История бактериологии

По истории микробиологии см. Microbiology . Для истории классификации бактерий см. Таксономия бактерий . Для естественной истории бактерий см. Последний универсальный общий предок .
Антони ван Левенгук , первый микробиолог и первый человек, который наблюдал за бактериями с помощью микроскопа .

Бактерии были впервые обнаружены голландским микроскопистом Антони ван Левенгук в 1676 году с помощью однообъективного микроскопа собственной конструкции. [202] Затем он опубликовал свои наблюдения в серии писем Лондонскому королевскому обществу . [203] [204] [205] Бактерии были самым выдающимся микроскопическим открытием Левенгука. Они были на пределе того, что могли разглядеть его простые линзы, и в один из самых поразительных перерывов в истории науки никто больше не видел их больше столетия. [206] Его наблюдения также включали простейших, которых он назвал анималкулами., и его открытия были снова рассмотрены в свете более поздних открытий клеточной теории . [207]

Кристиан Готфрид Эренберг ввел слово «бактерия» в 1828 году. [208] Фактически, его Bacterium был родом, содержащим неспорообразующие палочковидные бактерии [209], в отличие от Bacillus , рода спорообразующих стержней. -образные бактерии, определенные Эренбергом в 1835 г. [210]

Луи Пастер продемонстрировал в 1859 году, что рост микроорганизмов вызывает процесс ферментации , и что этот рост не является результатом спонтанного зарождения ( дрожжи и плесень , обычно связанные с ферментацией, являются не бактериями, а скорее грибами ). Вместе со своим современником Робертом Кохом Пастер был одним из первых защитников микробной теории болезней . [211]

Роберт Кох, пионер медицинской микробиологии, работал с холерой , сибирской язвой и туберкулезом . В своих исследованиях туберкулеза Кох окончательно доказал теорию микробов, за что он получил Нобелевскую премию в 1905 году. [212] В постулатах Коха он изложил критерии для проверки того, является ли организм причиной болезни , и эти постулаты все еще остаются в силе. используется сегодня. [213]

Фердинанд Кон считается основателем бактериологии, изучая бактерии с 1870 года. Кон был первым, кто классифицировал бактерии на основе их морфологии. [214] [215]

Хотя в девятнадцатом веке было известно, что бактерии являются причиной многих заболеваний, эффективных антибактериальных средств лечения не существовало. [216] В 1910 году Пол Эрлих разработал первый антибиотик, заменив красители, избирательно окрашивающие Treponema pallidum - спирохету , вызывающую сифилис, - на соединения, которые избирательно убивали патоген. [217] Эрлих был награжден Нобелевской премией 1908 года за свою работу по иммунологии и первым начал использовать красители для обнаружения и идентификации бактерий, причем его работа легла в основу окраски по Граму и по Цилю-Нильсену .[218]

Важный шаг вперед в изучении бактерий был сделан в 1977 году, когда Карл Вёзе признал, что археи имеют отдельную линию эволюционного происхождения от бактерий. [3] Это новое филогенетическое таксономию зависит от последовательности из 16S рибосомальной РНК , и разделен на две прокариоты эволюционных областей, как часть системы трех доменов . [1]

Смотрите также

  • Бактериотерапия
  • Генетически модифицированные бактерии
  • Список бактериальных заказов
  • Панспермия
  • Инкапсулированные в полисахариды бактерии
  • Психротрофные бактерии
  • Сегросома

Рекомендации

  1. ^ a b c d Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (июнь 1990 г.). «К естественной системе организмов: предложение о доменах архей, бактерий и эукариев» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576–79. Bibcode : 1990PNAS ... 87.4576W . DOI : 10.1073 / pnas.87.12.4576 . PMC  54159 . PMID  2112744 .
  2. ^ Паван М.Э. и др. (Май 2018). "Предложение по новой классификации глубоко разветвленной бактериальной филогенетической линии: перенос Coprothermobacter proteolyticus и Coprothermobacter platensis к семейству Coprothermobacteraceae nov., В пределах Coprothermobacterales ord. Nov., Coprothermobacteria classis nov. И Coprothermobacterota the phyl. семейство Thermodesulfobiaceae " . Int. J. Syst. Evol. Microbiol . 68 (5): 1627–32. DOI : 10.1099 / ijsem.0.002720 . PMID 29595416 . S2CID 4470260 .  
  3. ^ a b Woese CR, Fox GE (ноябрь 1977 г.). «Филогенетическая структура прокариотического домена: первичные царства» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 74 (11): 5088–90. Bibcode : 1977PNAS ... 74.5088W . DOI : 10.1073 / pnas.74.11.5088 . PMC 432104 . PMID 270744 .  
  4. ^ Фредриксон JK, Zachara JM, Balkwill DL, Кеннеди D, Li SM, Kostandarithes HM, Daly MJ, Ромайн MF, Брокман FJ (июль 2004). «Геомикробиология высокоактивных отложений вадозы, загрязненных ядерными отходами, на участке Хэнфорд, штат Вашингтон» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (7): 4230–41. DOI : 10,1128 / AEM.70.7.4230-4241.2004 . PMC 444790 . PMID 15240306 .  
  5. Перейти ↑ Dudek NK, Sun CL, Burstein D (2017). «Новое микробное разнообразие и функциональный потенциал в оральном микробиоме морских млекопитающих» (PDF) . Текущая биология . 27 (24): 3752–3762. DOI : 10.1016 / j.cub.2017.10.040 . PMID 29153320 . S2CID 43864355 .   
  6. ↑ Fang H, Kang J, Zhang D (январь 2017). «12: обзор и перспективы на будущее» . Фабрики микробных клеток . 16 (1): 15. DOI : 10,1186 / s12934-017-0631-у . PMC 5282855 . PMID 28137297 .  
  7. ^ Мур SJ, Уоррен MJ (июнь 2012). «Анаэробный биосинтез витамина B12». Сделки Биохимического Общества . 40 (3): 581–6. DOI : 10.1042 / BST20120066 . PMID 22616870 . 
  8. ^ Graham RM, Deery E, Уоррен MJ (2009). «18: Витамин B 12 : биосинтез кольца Коррина». В Уоррен MJ, Smith AG (ред.). Рождение, жизнь и смерть тетрапирролов . Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Springer-Verlag. п. 286. DOI : 10.1007 / 978-0-387-78518-9_18 . ISBN 978-0-387-78518-9.
  9. ^ Миллер А, Корь М, Альмогли R, Galboiz Y (июнь 2005 г.). «Витамин B12, демиелинизация, ремиелинизация и восстановление при рассеянном склерозе». Журнал неврологических наук . 233 (1–2): 93–7. DOI : 10.1016 / j.jns.2005.03.009 . PMID 15896807 . S2CID 6269094 .  
  10. ↑ Whitman WB, Coleman DC, Wiebe WJ (июнь 1998 г.). «Прокариоты: невидимое большинство» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (12): 6578–83. Bibcode : 1998PNAS ... 95.6578W . DOI : 10.1073 / pnas.95.12.6578 . PMC 33863 . PMID 9618454 .  
  11. ↑ Bar-On YM, Phillips R, Milo R (июнь 2018 г.). «Распределение биомассы на Земле» (PDF) . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 115 (25): 6506–6511. DOI : 10.1073 / pnas.1711842115 . PMC 6016768 . PMID 29784790 .   
  12. ^ Forbes SL (2008). «Химия разложения в погребальной среде». В Tibbett M, Carter DO (ред.). Анализ почвы в судебной тафономии . CRC Press. С. 203–223. ISBN 978-1-4200-6991-4.
  13. ^ Sears CL (октябрь 2005 г.). «Динамичное партнерство: чествование нашей кишечной флоры». Анаэроб . 11 (5): 247–51. DOI : 10.1016 / j.anaerobe.2005.05.001 . PMID 16701579 . 
  14. ^ "Данные ВОЗ о смертности за 2002 год" . Архивировано 23 октября 2013 года . Проверено 20 января 2007 года .
  15. ^ "Горнорудные бактерии - зеленые химики" . Science Daily . 2 сентября 2010. Архивировано 31 августа 2017 года.
  16. ^ Ishige T, Honda K, Shimizu S (апрель 2005). «Биокатализ всего организма». Текущее мнение в химической биологии . 9 (2): 174–80. DOI : 10.1016 / j.cbpa.2005.02.001 . PMID 15811802 . 
  17. ^ βακτήριον . Лидделл, Генри Джордж ; Скотт, Роберт ; Греко-английский лексикон в проекте Perseus .
  18. ^ βακτηρία  у Лидделла и Скотта .
  19. ↑ bacterium. Архивировано 27 января 2011 года в Wayback Machine в Оксфордских словарях .
  20. ^ Харпер, Дуглас. «бактерии» . Интернет-словарь этимологии .
  21. ^ Schopf JW (июль 1994). «Несопоставимые скорости, разные судьбы: темп и характер эволюции изменились от докембрия к фанерозою» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (15): 6735–42. Bibcode : 1994PNAS ... 91.6735S . DOI : 10.1073 / pnas.91.15.6735 . PMC 44277 . PMID 8041691 .  
  22. Перейти ↑ DeLong EF, Pace NR (август 2001 г.). «Экологическое разнообразие бактерий и архей». Систематическая биология . 50 (4): 470–78. CiteSeerX 10.1.1.321.8828 . DOI : 10.1080 / 106351501750435040 . PMID 12116647 .  
  23. Перейти ↑ Brown JR, Doolittle WF (декабрь 1997 г.). «Археи и переход от прокариот к эукариотам» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 61 (4): 456–502. DOI : 10.1128 / .61.4.456-502.1997 . PMC 232621 . PMID 9409149 .  
  24. ^ Di Giulio M (декабрь 2003). «Универсальный предок и предок бактерий были гипертермофилами». Журнал молекулярной эволюции . 57 (6): 721–30. Bibcode : 2003JMolE..57..721D . DOI : 10.1007 / s00239-003-2522-6 . PMID 14745541 . S2CID 7041325 .  
  25. ^ Battistuzzi FU, feijão A, Hedges SB (ноябрь 2004). «Геномная шкала времени эволюции прокариот: понимание происхождения метаногенеза, фототрофии и колонизации земли» . BMC Evolutionary Biology . 4 : 44. DOI : 10.1186 / 1471-2148-4-44 . PMC 533871 . PMID 15535883 .  
  26. ^ Хоманн, Мартин; и другие. (23 июля 2018 г.). «Микробная жизнь и биогеохимический круговорот на суше 3 220 миллионов лет назад». Природа Геонауки . 11 (9): 665–671. Bibcode : 2018NatGe..11..665H . DOI : 10.1038 / s41561-018-0190-9 . S2CID 134935568 . 
  27. Перейти ↑ Poole AM, Penny D (январь 2007 г.). «Оценка гипотез происхождения эукариот». BioEssays . 29 (1): 74–84. DOI : 10.1002 / bies.20516 . PMID 17187354 . 
  28. ^ Dyall SD, Brown MT, Johnson PJ (апрель 2004). «Древние нашествия: от эндосимбионтов до органелл». Наука . 304 (5668): 253–7. Bibcode : 2004Sci ... 304..253D . DOI : 10.1126 / science.1094884 . PMID 15073369 . S2CID 19424594 .  
  29. ^ Lang BF, Серый MW, Burger G (1999). «Эволюция митохондриального генома и происхождение эукариот». Ежегодный обзор генетики . 33 : 351–97. DOI : 10.1146 / annurev.genet.33.1.351 . PMID 10690412 . 
  30. ↑ McFadden GI (декабрь 1999 г.). «Эндосимбиоз и эволюция растительной клетки». Текущее мнение в биологии растений . 2 (6): 513–19. DOI : 10.1016 / S1369-5266 (99) 00025-4 . PMID 10607659 . 
  31. ^ Schulz HN, Йоргенсен BB (2001). «Большие бактерии». Ежегодный обзор микробиологии . 55 : 105–37. DOI : 10.1146 / annurev.micro.55.1.105 . PMID 11544351 . S2CID 18168018 .  
  32. ^ Уильямс C (2011). «Кого вы простыми называете?». Новый ученый . 211 (2821): 38–41. DOI : 10.1016 / S0262-4079 (11) 61709-0 .
  33. ^ Робертсон Дж, Гомерсалл М, Гилл Р (ноябрь 1975). «Mycoplasma hominis: рост, размножение и выделение мелких жизнеспособных клеток» . Журнал бактериологии . 124 (2): 1007–18. DOI : 10.1128 / JB.124.2.1007-1018.1975 . PMC 235991 . PMID 1102522 .  
  34. ↑ Велимиров Б (2001). "Нанобактерии, ультрамикробактерии и формы голода: поиск мельчайших метаболизирующих бактерий" . Микробы и окружающая среда . 16 (2): 67–77. DOI : 10,1264 / jsme2.2001.67 .
  35. ^ Dusenbery, David B (2009). Жизнь в микромасштабе , стр. 20–25. Издательство Гарвардского университета, Кембридж, Массачусетс ISBN 978-0-674-03116-6 . 
  36. Перейти ↑ Yang DC, Blair KM, Salama NR (март 2016 г.). «Сохранение формы: влияние формы клеток на выживаемость бактерий в различных средах» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 80 (1): 187–203. DOI : 10.1128 / MMBR.00031-15 . PMC 4771367 . PMID 26864431 .  
  37. ^ Cabeen MT, Jacobs-Wagner C (август 2005). «Форма бактериальной клетки». Обзоры природы. Микробиология . 3 (8): 601–10. DOI : 10.1038 / nrmicro1205 . PMID 16012516 . S2CID 23938989 .  
  38. ↑ Молодой К.Д. (сентябрь 2006 г.). «Селективное значение бактериальной формы» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 70 (3): 660–703. DOI : 10.1128 / MMBR.00001-06 . PMC 1594593 . PMID 16959965 .  
  39. ^ Классен D, Розен DE, Кейперс О.П., Søgaard-Андерсен L, ван Везел GP (февраль 2014). «Бактериальные решения для многоклеточности: сказка о биопленках, нитях и плодовых телах» . Обзоры природы. Микробиология . 12 (2): 115–24. DOI : 10.1038 / nrmicro3178 . PMID 24384602 . S2CID 20154495 .  
  40. ^ Shimkets LJ (1999). «Межклеточная передача сигналов во время развития плодовых тел Myxococcus xanthus». Ежегодный обзор микробиологии . 53 : 525–49. DOI : 10.1146 / annurev.micro.53.1.525 . PMID 10547700 . 
  41. ^ а б Кайзер Д. (2004). «Сигнализация у миксобактерий». Ежегодный обзор микробиологии . 58 : 75–98. DOI : 10.1146 / annurev.micro.58.030603.123620 . PMID 15487930 . 
  42. ^ Донлан RM (сентябрь 2002 г.). «Биопленки: микробная жизнь на поверхности» . Возникающие инфекционные заболевания . 8 (9): 881–90. DOI : 10.3201 / eid0809.020063 . PMC 2732559 . PMID 12194761 .  
  43. ^ Бранда СС, Вика S, Фридман л, Kolter R (январь 2005 г.). «Биопленки: новый взгляд на матрицу». Тенденции в микробиологии . 13 (1): 20–26. DOI : 10.1016 / j.tim.2004.11.006 . PMID 15639628 . 
  44. ^ a b Дэйви М.Э., О'тул Г.А. (декабрь 2000 г.). «Микробные биопленки: от экологии к молекулярной генетике» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 64 (4): 847–67. DOI : 10.1128 / MMBR.64.4.847-867.2000 . PMC 99016 . PMID 11104821 .  
  45. ^ Donlan RM, Costerton JW (апрель 2002). «Биопленки: механизмы выживания клинически значимых микроорганизмов» . Обзоры клинической микробиологии . 15 (2): 167–93. DOI : 10.1128 / CMR.15.2.167-193.2002 . PMC 118068 . PMID 11932229 .  
  46. ^ Слончевским JL, Фостер JW (2013). Микробиология: развивающаяся наука (Третье изд.). Нью-Йорк: У.В. Нортон. п. 82. ISBN 978-0393123678.
  47. ^ Лодиш H, Берк A, Kaiser CA, Krieger M, Bretscher A, Ploegh H, Амон A, Скотт М. П. (2013). Молекулярная клеточная биология (7-е изд.). WH Freeman. п. 13. ISBN 978-1429234139.
  48. ^ Бобик TA (май 2006). «Полиэдрические органеллы, разделяющие бактериальные метаболические процессы». Прикладная микробиология и биотехнология . 70 (5): 517–25. DOI : 10.1007 / s00253-005-0295-0 . PMID 16525780 . S2CID 8202321 .  
  49. ^ Йетс TO, Kerfeld CA, Heinhorst S, Cannon GC, Шивели JM (сентябрь 2008). «Белковые органеллы в бактериях: карбоксисомы и родственные микрокомпартменты». Обзоры природы. Микробиология . 6 (9): 681–91. DOI : 10.1038 / nrmicro1913 . PMID 18679172 . S2CID 22666203 .  
  50. ^ Kerfeld CA, Sawaya MR, Tanaka S, Nguyen CV, Phillips M, Beeby M, Yeates TO (август 2005). «Белковые структуры, образующие оболочку примитивных бактериальных органелл». Наука . 309 (5736): 936–38. Bibcode : 2005Sci ... 309..936K . CiteSeerX 10.1.1.1026.896 . DOI : 10.1126 / science.1113397 . PMID 16081736 . S2CID 24561197 .   
  51. ^ Гитай Z (март 2005). «Новая биология бактериальных клеток: движущиеся части и субклеточная архитектура». Cell . 120 (5): 577–86. DOI : 10.1016 / j.cell.2005.02.026 . PMID 15766522 . S2CID 8894304 .  
  52. ↑ Shih YL, Rothfield L (сентябрь 2006 г.). «Бактериальный цитоскелет» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 70 (3): 729–54. DOI : 10.1128 / MMBR.00017-06 . PMC 1594594 . PMID 16959967 .  
  53. ↑ Norris V, den Blaauwen T, Cabin-Flaman A, Doi RH, Harshey R, Janniere L, Jimenez-Sanchez A, Jin DJ, Levin PA, Mileykovskaya E, Minsky A, Saier M, Skarstad K (март 2007). «Функциональная систематика бактериальных гиперструктур» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 71 (1): 230–53. DOI : 10.1128 / MMBR.00035-06 . PMC 1847379 . PMID 17347523 .  
  54. ↑ Гарольд FM (июнь 1972 г.). «Сохранение и преобразование энергии бактериальными мембранами» . Бактериологические обзоры . 36 (2): 172–230. DOI : 10.1128 / MMBR.36.2.172-230.1972 . PMC 408323 . PMID 4261111 .  
  55. ^ Bryant DA, Frigaard NU (ноябрь 2006). «Прокариотический фотосинтез и фототрофия в свете». Тенденции в микробиологии . 14 (11): 488–96. DOI : 10.1016 / j.tim.2006.09.001 . PMID 16997562 . 
  56. ^ Psencík Дж, Иконен Т.П., Laurinmäki Р, Merckel МС, Butcher SJ, Serimaa RE, Тума R (август 2004 г.). «Ламеллярная организация пигментов в хлоросомах, светособирающие комплексы зеленых фотосинтезирующих бактерий» . Биофизический журнал . 87 (2): 1165–72. Bibcode : 2004BpJ .... 87.1165P . DOI : 10.1529 / biophysj.104.040956 . PMC 1304455 . PMID 15298919 .  
  57. ^ Thanbichler M, Ван SC, Шапиро L (октябрь 2005). «Бактериальный нуклеоид: высокоорганизованная и динамичная структура» . Журнал клеточной биохимии . 96 (3): 506–21. DOI : 10.1002 / jcb.20519 . PMID 15988757 . S2CID 25355087 .  
  58. ^ Poehlsgaard J, Douthwaite S (ноябрь 2005 г.). «Бактериальная рибосома как мишень для антибиотиков». Обзоры природы. Микробиология . 3 (11): 870–81. DOI : 10.1038 / nrmicro1265 . PMID 16261170 . S2CID 7521924 .  
  59. ↑ Yeo M, Chater K (март 2005 г.). «Взаимодействие метаболизма и дифференцировки гликогена дает представление о биологии развития Streptomyces coelicolor» . Микробиология . 151 (Pt 3): 855–61. DOI : 10.1099 / mic.0.27428-0 . PMID 15758231 . Архивировано 29 сентября 2007 года. 
  60. Перейти ↑ Shiba T, Tsutsumi K, Ishige K, Noguchi T (март 2000 г.). «Неорганические полифосфат и полифосфаткиназа: их новые биологические функции и применения» . Биохимия. Биохимия . 65 (3): 315–23. PMID 10739474 . Архивировано 25 сентября 2006 года. 
  61. ↑ Brune DC (июнь 1995 г.). «Выделение и характеристика белков глобул серы из Chromatium vinosum и Thiocapsa roseopersicina». Архив микробиологии . 163 (6): 391–99. DOI : 10.1007 / BF00272127 . PMID 7575095 . S2CID 22279133 .  
  62. ^ Kadouri Д, Е Jurkevitch, Окна Y, Кастро-Sowinski S (2005). «Экологическое и сельскохозяйственное значение бактериальных полигидроксиалканоатов». Критические обзоры в микробиологии . 31 (2): 55–67. DOI : 10.1080 / 10408410590899228 . PMID 15986831 . S2CID 4098268 .  
  63. ^ Уолсби AE (март 1994). «Газовые пузырьки» . Микробиологические обзоры . 58 (1): 94–144. DOI : 10.1128 / MMBR.58.1.94-144.1994 . PMC 372955 . PMID 8177173 .  
  64. ^ Хейенорта J (март 2001). «Формирование гликановых цепей при синтезе бактериального пептидогликана». Гликобиология . 11 (3): 25R – 36R. DOI : 10.1093 / glycob / 11.3.25R . PMID 11320055 . S2CID 46066256 .  
  65. ^ а б Кох А.Л. (октябрь 2003 г.). «Бактериальная стена как цель для атаки: прошлые, настоящие и будущие исследования» . Обзоры клинической микробиологии . 16 (4): 673–87. DOI : 10.1128 / CMR.16.4.673-687.2003 . PMC 207114 . PMID 14557293 .  
  66. ^ а б Грам, HC (1884). "Über die isolierte Färbung der Schizomyceten in Schnitt- und Trockenpräparaten". Fortschr. Med . 2 : 185–89.
  67. ^ Hugenholtz P (2002). «Изучение прокариотического разнообразия в эпоху генома» . Геномная биология . 3 (2): ОБЗОРЫ0003. DOI : 10.1186 / GB-2002-3-2-reviews0003 . PMC 139013 . PMID 11864374 .  
  68. ^ Walsh FM, Amyes SG (октябрь 2004). «Микробиология и механизмы лекарственной устойчивости полностью резистентных патогенов». Текущее мнение в микробиологии . 7 (5): 439–44. DOI : 10.1016 / j.mib.2004.08.007 . PMID 15451497 . 
  69. ^ Alderwick LJ, Харрисон Дж, Ллойд GS, Береза HL (март 2015). «Клеточная стенка микобактерий - пептидогликан и арабиногалактан» . Перспективы Колд-Спринг-Харбор в медицине . 5 (8): a021113. DOI : 10.1101 / cshperspect.a021113 . PMC 4526729 . PMID 25818664 .  
  70. Перейти ↑ Engelhardt H, Peters J (декабрь 1998 г.). «Структурные исследования поверхностных слоев: основное внимание уделяется стабильности, доменам гомологии поверхностного слоя и взаимодействиям поверхностного слоя и клеточной стенки». Журнал структурной биологии . 124 (2–3): 276–302. DOI : 10,1006 / jsbi.1998.4070 . PMID 10049812 . 
  71. ^ Бевериджа TJ, Pouwels PH, Sára М, Котиранта А, Lounatmaa К, Кари К, Kerosuo Е, Хаапасало М, Egelseer Е.М., Schocher и я, Sleytr УБ, Морелли л, Callegari М.Л., Nomellini ДФ, Бингл WH, Смит Дж, Леибовиц Э, Лемэр М., Мирас И., Саламитоу С., Беген П., Охайон Х., Гунон П., Матушек М., Коваль С.Ф. (июнь 1997 г.). «Функции S-слоев». Обзоры микробиологии FEMS . 20 (1–2): 99–149. DOI : 10.1016 / S0168-6445 (97) 00043-0 . PMID 9276929 . 
  72. Перейти ↑ Kojima S, Blair DF (2004). Жгутиковый мотор бактерий: структура и функция сложной молекулярной машины . Международный обзор цитологии. 233 . С. 93–134. DOI : 10.1016 / S0074-7696 (04) 33003-2 . ISBN 978-0-12-364637-8. PMID  15037363 .
  73. ^ Бичи EH (март 1981). «Бактериальная адгезия: адгезин-рецепторные взаимодействия, опосредующие прикрепление бактерий к поверхности слизистой оболочки». Журнал инфекционных болезней . 143 (3): 325–45. DOI : 10.1093 / infdis / 143.3.325 . PMID 7014727 . 
  74. Перейти ↑ Silverman PM (февраль 1997 г.). «К структурной биологии бактериальной конъюгации» . Молекулярная микробиология . 23 (3): 423–29. DOI : 10.1046 / j.1365-2958.1997.2411604.x . PMID 9044277 . S2CID 24126399 .  
  75. ^ Коста - TR, Фелисберто-Родригиш С, Меир А, Превост М.С., Redzej А, Trokter М, G Ваксман (июнь 2015). «Системы секреции грамотрицательных бактерий: структурные и механистические взгляды». Обзоры природы. Микробиология . 13 (6): 343–59. DOI : 10.1038 / nrmicro3456 . PMID 25978706 . S2CID 8664247 .  
  76. ^ Stokes RW, Норрис-Джонс R, Брукс DE, Бевериджа TJ, Doxsee D, Торсон LM (октябрь 2004). «Богатый гликаном внешний слой клеточной стенки Mycobacterium tuberculosis действует как антифагоцитарная капсула, ограничивая ассоциацию бактерии с макрофагами» . Инфекция и иммунитет . 72 (10): 5676–86. DOI : 10.1128 / IAI.72.10.5676-5686.2004 . PMC 517526 . PMID 15385466 .  
  77. ^ Daffé M, Etienne G (1999). «Капсула Mycobacterium tuberculosis и ее значение для патогенности». Бугорок и болезнь легких . 79 (3): 153–69. DOI : 10.1054 / tuld.1998.0200 . PMID 10656114 . 
  78. ↑ Finlay BB, Falkow S (июнь 1997 г.). «Пересмотр общих тем микробной патогенности» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 61 (2): 136–69. DOI : 10.1128 / .61.2.136-169.1997 . PMC 232605 . PMID 9184008 .  
  79. ^ Nicholson WL, Munakata N, Хорнек G, Мелош, Setlow P (сентябрь 2000). «Устойчивость эндоспор Bacillus к экстремальным земным и внеземным условиям» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 64 (3): 548–72. DOI : 10.1128 / MMBR.64.3.548-572.2000 . PMC 99004 . PMID 10974126 .  
  80. ^ a b McKenney PT, Driks A, Eichenberger P (январь 2013 г.). «Эндоспора Bacillus subtilis: сборка и функции многослойной оболочки». Обзоры природы. Микробиология . 11 (1): 33–44. DOI : 10.1038 / nrmicro2921 . PMID 23202530 . S2CID 205498395 .  
  81. ^ Nicholson WL, Фаджардо-Кавазос P, R Rebeil, Slieman Т.А., Riesenman PJ, Закон JF, Xue Y (август 2002). «Бактериальные эндоспоры и их значение в стрессоустойчивости». Антони ван Левенгук . 81 (1–4): 27–32. DOI : 10,1023 / A: 1020561122764 . PMID 12448702 . S2CID 30639022 .  
  82. ^ Vreeland RH, Розенцвейг WD, Пауэрс DW (октябрь 2000). «Выделение галотолерантной бактерии возрастом 250 миллионов лет из первичного кристалла соли». Природа . 407 (6806): 897–900. Bibcode : 2000Natur.407..897V . DOI : 10.1038 / 35038060 . PMID 11057666 . S2CID 9879073 .  
  83. ^ Cano RJ, Borucki MK (май 1995). «Возрождение и идентификация бактериальных спор в доминиканском янтаре возрастом 25-40 миллионов лет». Наука . 268 (5213): 1060–64. Bibcode : 1995Sci ... 268.1060C . DOI : 10.1126 / science.7538699 . PMID 7538699 . 
  84. ^ "Сдвинуть древние бактерии" . BBC News . 7 июня 2001 . Проверено 26 апреля 2020 .
  85. ^ Nicholson WL, Schuerger AC, Setlow P (апрель 2005). «Солнечная УФ-среда и устойчивость к УФ-излучению спор бактерий: соображения по переносу с Земли на Марс в результате естественных процессов и полета человека в космос». Мутационные исследования . 571 (1–2): 249–64. DOI : 10.1016 / j.mrfmmm.2004.10.012 . PMID 15748651 . 
  86. ^ "Колонизировать галактику сложно. Почему бы вместо этого не послать бактерии?" . Экономист . 12 апреля 2018 г. ISSN 0013-0613 . Проверено 26 апреля 2020 . 
  87. ^ Hatheway CL (январь 1990). «Токсигенные клостридии» . Обзоры клинической микробиологии . 3 (1): 66–98. DOI : 10.1128 / CMR.3.1.66 . PMC 358141 . PMID 2404569 .  
  88. ^ Nealson KH (январь 1999). «Поствикингская микробиология: новые подходы, новые данные, новые идеи». Истоки жизни и эволюция биосферы . 29 (1): 73–93. Bibcode : 1999OLEB ... 29 ... 73N . DOI : 10,1023 / A: 1006515817767 . PMID 11536899 . S2CID 12289639 .  
  89. ^ Сюй Дж (июнь 2006 г.). «Микробная экология в эпоху геномики и метагеномики: концепции, инструменты и последние достижения» . Молекулярная экология . 15 (7): 1713–31. DOI : 10.1111 / j.1365-294X.2006.02882.x . PMID 16689892 . S2CID 16374800 .  
  90. ^ Zillig W (декабрь 1991). «Сравнительная биохимия архей и бактерий». Текущее мнение в области генетики и развития . 1 (4): 544–51. DOI : 10.1016 / S0959-437X (05) 80206-0 . PMID 1822288 . 
  91. ^ a b c Слончевский JL, Фостер JW. Микробиология: развивающаяся наука (3-е изд.). WW Norton & Company. С. 491–44.
  92. ^ Hellingwerf KJ, Crielaard W, Hoff WD, Matthijs HC, Mur LR, ван Rotterdam BJ (1994). «Фотобиология бактерий» . Антони ван Левенгук (Представленная рукопись). 65 (4): 331–47. DOI : 10.1007 / BF00872217 . PMID 7832590 . S2CID 23438926 .  
  93. Перейти ↑ Dalton H (июнь 2005 г.). «Лекция Левенгука 2000 года о естественной и неестественной истории метанокисляющих бактерий» . Философские труды Лондонского королевского общества. Серия B, Биологические науки . 360 (1458): 1207–22. DOI : 10.1098 / rstb.2005.1657 . PMC 1569495 . PMID 16147517 .  
  94. ^ Zehr JP Дженкинс BD, Short SM, Steward GF (июль 2003). «Разнообразие генов нитрогеназы и структура микробного сообщества: кросс-системное сравнение». Экологическая микробиология . 5 (7): 539–54. DOI : 10,1046 / j.1462-2920.2003.00451.x . PMID 12823187 . 
  95. ^ Zumft РГ (декабрь 1997). «Клеточная биология и молекулярные основы денитрификации» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 61 (4): 533–616. DOI : 10.1128 / .61.4.533-616.1997 . PMC 232623 . PMID 9409151 .  
  96. ^ Дрейк HL, Daniel SL, Kusel К, Matthies С, Kuhner С, Braus-Stromeyer S (1997). «Ацетогенные бактерии: каковы последствия их разнообразия метаболизма in situ?». BioFactors . 6 (1): 13–24. DOI : 10.1002 / biof.5520060103 . PMID 9233536 . S2CID 25886552 .  
  97. ^ Morel FM, AM Kraepiel, Амио M (1998). «Химический цикл и биоаккумуляция ртути». Ежегодный обзор экологии и систематики . 29 : 543–66. DOI : 10.1146 / annurev.ecolsys.29.1.543 . S2CID 86336987 . 
  98. ^ Lesak I, Kula M, lesak H, Miszalski Z, Strzałka K (август 2019). «Как определить обязательный анаэробиоз? Эволюционный взгляд на систему антиоксидантного ответа и ранние стадии эволюции жизни на Земле» . Свободная радикальная биология и медицина . 140 : 61–73. DOI : 10.1016 / j.freeradbiomed.2019.03.004 . PMID 30862543 . 
  99. Перейти ↑ Koch AL (2002). «Контроль бактериального клеточного цикла путем роста цитоплазмы». Критические обзоры в микробиологии . 28 (1): 61–77. DOI : 10.1080 / 1040-840291046696 . PMID 12003041 . S2CID 11624182 .  
  100. ^ Игона RG (апрель 1962 г.). «Pseudomonas natriegens, морская бактерия с временем генерации менее 10 минут» . Журнал бактериологии . 83 (4): 736–37. DOI : 10.1128 / jb.83.4.736-737.1962 . PMC 279347 . PMID 13888946 .  
  101. ^ Pommerville р. 557
  102. ^ Стюарт EJ, Madden R, Paul G, Taddei F (февраль 2005). «Старение и смерть в организме, размножающемся морфологически симметричным делением» . PLOS Биология . 3 (2): e45. DOI : 10.1371 / journal.pbio.0030045 . PMC 546039 . PMID 15685293 .  
  103. ^ a b c Томсон РБ, Бертрам Х (декабрь 2001 г.). «Лабораторная диагностика инфекций центральной нервной системы». Клиники инфекционных болезней Северной Америки . 15 (4): 1047–71. DOI : 10.1016 / S0891-5520 (05) 70186-0 . PMID 11780267 . 
  104. ^ Paerl HW, Фултон RS, Moisander PH, Dyble J (апрель 2001). «Вредное цветение пресноводных водорослей с акцентом на цианобактерии» . Журнал "Научный мир" . 1 : 76–113. DOI : 10.1100 / tsw.2001.16 . PMC 6083932 . PMID 12805693 .  
  105. ^ Challis GL, Хопвуд DA (ноябрь 2003). «Синергия и непредвиденные обстоятельства как движущие силы для эволюции производства множественных вторичных метаболитов видами Streptomyces» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 Приложение 2 (90002): 14555–61. Bibcode : 2003PNAS..10014555C . DOI : 10.1073 / pnas.1934677100 . PMC 304118 . PMID 12970466 .  
  106. ^ Kooijman SA, оже P, Poggiale JC, Kooi BW (август 2003). «Количественные этапы симбиогенеза и эволюции гомеостаза». Биологические обзоры Кембриджского философского общества . 78 (3): 435–63. DOI : 10.1017 / S1464793102006127 . PMID 14558592 . S2CID 41072709 .  
  107. ^ Бертран RL (2019). «Фаза задержки - это динамичный, организованный, адаптивный и развивающийся период, который готовит бактерии к делению клеток» . Журнал бактериологии . 201 (7): e00697-18. DOI : 10.1128 / JB.00697-18 . PMC 6416914 . PMID 30642990 .  CS1 maint: использует параметр авторов ( ссылка )
  108. ^ Prats C, López D, Giró A, Ferrer J, Valls J (август 2006). «Индивидуальное моделирование бактериальных культур для изучения микроскопических причин лаг-фазы». Журнал теоретической биологии . 241 (4): 939–53. DOI : 10.1016 / j.jtbi.2006.01.029 . PMID 16524598 . 
  109. Перейти ↑ Hecker M, Völker U (2001). Общая стрессовая реакция Bacillus subtilis и других бактерий . Успехи микробной физиологии. 44 . С. 35–91. DOI : 10.1016 / S0065-2911 (01) 44011-2 . ISBN 978-0-12-027744-5. PMID  11407115 .
  110. ^ Слончевским JL, Фостер JW. Микробиология: развивающаяся наука (3-е изд.). WW Norton & Company. п. 143.
  111. ^ Nakabachi A, Ямашита A, Toh H, Ishikawa H, Данбар HE, Moran Н.А., Хаттори M (октябрь 2006). "160-килобазный геном бактериального эндосимбионта Carsonella". Наука . 314 (5797): 267. DOI : 10.1126 / science.1134196 . PMID 17038615 . S2CID 44570539 .  
  112. ^ Pradella S, Hans А, Spröer С, Рейхенбах Н, Герт К, Бейер S (декабрь 2002 г.). «Характеристика, размер генома и генетические манипуляции миксобактерии Sorangium cellulosum So ce56». Архив микробиологии . 178 (6): 484–92. DOI : 10.1007 / s00203-002-0479-2 . PMID 12420170 . S2CID 21023021 .  
  113. ^ Хиннебуш J, K Тилли (декабрь 1993). «Линейные плазмиды и хромосомы у бактерий» . Молекулярная микробиология . 10 (5): 917–22. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.1993.tb00963.x . PMID 7934868 . S2CID 23852021 .  
  114. ↑ Lin YS, Kieser HM, Hopwood DA, Chen CW (декабрь 1993 г.). «Хромосомная ДНК Streptomyces lividans 66 линейна». Молекулярная микробиология . 10 (5): 923–33. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.1993.tb00964.x . PMID 7934869 . S2CID 8536066 .  
  115. ^ Val ME, Soler-Bistué A, Бленд MJ, Мазель D (декабрь 2014). «Управление множественными геномами: модель Vibrio cholerae» . Текущее мнение в микробиологии . 22 : 120–26. DOI : 10.1016 / j.mib.2014.10.003 . PMID 25460805 . 
  116. ^ Кадо CI (октябрь 2014). Исторические события, положившие начало плазмидной биологии . Спектр микробиологии . 2 . п. 3. DOI : 10.1128 / microbiolspec.PLAS-0019-2013 . ISBN 9781555818975. PMID  26104369 .
  117. ↑ Belfort M, Reaban ME, Coetzee T, Dalgaard JZ (июль 1995 г.). «Прокариотические интроны и интеины: совокупность форм и функций» . Журнал бактериологии . 177 (14): 3897–903. DOI : 10.1128 / jb.177.14.3897-3903.1995 . PMC 177115 . PMID 7608058 .  
  118. ^ Denamur E, Matic I (май 2006 г.). «Эволюция скорости мутаций у бактерий» . Молекулярная микробиология . 60 (4): 820–27. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2006.05150.x . PMID 16677295 . S2CID 20713095 .  
  119. ^ Райт BE (май 2004 г.). «Стресс-ориентированные адаптивные мутации и эволюция» . Молекулярная микробиология . 52 (3): 643–50. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2004.04012.x . PMID 15101972 . S2CID 1071308 .  
  120. ^ Chen I, Dubnau D (март 2004). «Поглощение ДНК во время бактериальной трансформации». Обзоры природы. Микробиология . 2 (3): 241–49. DOI : 10.1038 / nrmicro844 . PMID 15083159 . S2CID 205499369 .  
  121. ^ Johnsborg O, Eldholm V, Håvarstein LS (декабрь 2007). «Естественная генетическая трансформация: распространенность, механизмы и функции». Исследования в области микробиологии . 158 (10): 767–78. DOI : 10.1016 / j.resmic.2007.09.004 . PMID 17997281 . 
  122. ^ Бернштейн Н, Бернштейн С, Michod RE (2012). «Ремонт ДНК как основная адаптивная функция пола у бактерий и эукариот». Глава 1: стр. 1–49 в: Восстановление ДНК: Новое исследование , Сакура Кимура и Сора Симидзу (ред.). Nova Sci. Publ., Hauppauge, NY ISBN 978-1-62100-808-8 . 
  123. ^ Brüssow H, Canchaya C, Хардт WD (сентябрь 2004). «Фаги и эволюция бактериальных патогенов: от геномных перестроек до лизогенной конверсии» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 68 (3): 560–602, содержание. DOI : 10.1128 / MMBR.68.3.560-602.2004 . PMC 515249 . PMID 15353570 .  
  124. ^ Bickle TA, Крюгер DH (июнь 1993). «Биология рестрикции ДНК» . Микробиологические обзоры . 57 (2): 434–50. DOI : 10.1128 / MMBR.57.2.434-450.1993 . PMC 372918 . PMID 8336674 .  
  125. ^ Barrangou R, Фремо С, Deveau Н, М Ричардс, Boyaval P, S Муано, Ромеро Д. А., Хорват Р (март 2007 г.). «CRISPR обеспечивает приобретенную устойчивость к вирусам у прокариот». Наука . 315 (5819): 1709–12. Bibcode : 2007Sci ... 315.1709B . DOI : 10.1126 / science.1138140 . ЛВП : 20.500.11794 / 38902 . PMID 17379808 . S2CID 3888761 .  
  126. ^ Brouns SJ, Jore MM, Лундгрен M, Westra ER, Slijkhuis RJ, Снайдерс AP, Дикман MJ, Макарова К.С., Кунин Е.В., ван дер Оост J (август 2008). «Малые РНК CRISPR направляют противовирусную защиту прокариот» . Наука . 321 (5891): 960–64. Bibcode : 2008Sci ... 321..960B . DOI : 10.1126 / science.1159689 . PMC 5898235 . PMID 18703739 .  
  127. ^ Michod RE Бернштейн H, Nedelcu AM (май 2008). «Адаптивное значение пола у микробных патогенов» (PDF) . Инфекция, генетика и эволюция . 8 (3): 267–85. DOI : 10.1016 / j.meegid.2008.01.002 . PMID 18295550 . Архивировано (PDF) из оригинала 30 декабря 2016 года.  
  128. ^ Гастингс PJ, Розенберг SM, натяжные A (сентябрь 2004). «Антибиотик-индуцированный боковой перенос устойчивости к антибиотикам». Тенденции в микробиологии . 12 (9): 401–14. DOI : 10.1016 / j.tim.2004.07.003 . PMID 15337159 . 
  129. Перейти ↑ Davison J (сентябрь 1999). «Генетический обмен между бактериями в окружающей среде». Плазмида . 42 (2): 73–91. DOI : 10,1006 / plas.1999.1421 . PMID 10489325 . 
  130. ^ a b c Bardy SL, Ng SY, Jarrell KF (февраль 2003 г.). «Прокариотические двигательные структуры». Микробиология . 149 (Pt 2): 295–304. DOI : 10.1099 / mic.0.25948-0 . PMID 12624192 . 
  131. ^ Макнаб RM (декабрь 1999). «Жгутик бактерий: обратимый роторный двигатель и экспортный аппарат типа III» . Журнал бактериологии . 181 (23): 7149–53. DOI : 10.1128 / JB.181.23.7149-7153.1999 . PMC 103673 . PMID 10572114 .  
  132. ↑ Wu M, Робертс JW, Kim S, Koch DL, DeLisa MP (июль 2006 г.). «Коллективная бактериальная динамика выявлена ​​с использованием трехмерной техники отслеживания расфокусированных частиц в масштабе популяции» . Прикладная и экологическая микробиология . 72 (7): 4987–94. DOI : 10,1128 / AEM.00158-06 . PMC 1489374 . PMID 16820497 .  
  133. ^ Мэттик, Джон S (2002). «Пили типа IV и подергивание моторики». Ежегодный обзор микробиологии . 56 : 289–314. DOI : 10.1146 / annurev.micro.56.012302.160938 . PMID 12142488 . 
  134. ↑ Merz AJ, So M, Sheetz MP (сентябрь 2000 г.). «Втягивание пилуса усиливает моторику подергивания бактерий». Природа . 407 (6800): 98–102. Bibcode : 2000Natur.407 ... 98M . DOI : 10.1038 / 35024105 . PMID 10993081 . S2CID 4425775 .  
  135. ↑ Lux R, Shi W (июль 2004 г.). «Движения бактерий, управляемые хемотаксисом» . Критические обзоры в оральной биологии и медицине . 15 (4): 207–20. DOI : 10.1177 / 154411130401500404 . PMID 15284186 . 
  136. ^ Schweinitzer T, Josenhans C (июль 2010). «Бактериальное энергетическое такси: глобальная стратегия?» . Архив микробиологии . 192 (7): 507–20. DOI : 10.1007 / s00203-010-0575-7 . PMC 2886117 . PMID 20411245 .  
  137. ^ Франкел РБ, Bazylinski Д., Джонсон М. С., Тейлор Б. (август 1997 г.). «Магнитоаэротаксис у морских кокковидных бактерий» . Биофизический журнал . 73 (2): 994–1000. Bibcode : 1997BpJ .... 73..994F . DOI : 10.1016 / S0006-3495 (97) 78132-3 . PMC 1180996 . PMID 9251816 .  
  138. Перейти ↑ Nan B, Zusman DR (2011). «Раскрытие тайны скользящей подвижности миксобактерий» . Ежегодный обзор генетики . 45 : 21–39. DOI : 10.1146 / annurev-genet-110410-132547 . PMC 3397683 . PMID 21910630 .  
  139. ↑ Goldberg MB (декабрь 2001 г.). «Актиновая подвижность внутриклеточных микробных патогенов» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 65 (4): 595–626, содержание. DOI : 10.1128 / MMBR.65.4.595-626.2001 . PMC 99042 . PMID 11729265 .  
  140. ^ Dusenbery, David B (1996). Жизнь в малом масштабе . Научная американская библиотека. ISBN 0-7167-5060-0 . 
  141. ^ а б Шапиро Дж. А. (1998). «Думая о бактериальных популяциях как о многоклеточных организмах» (PDF) . Ежегодный обзор микробиологии . 52 : 81–104. DOI : 10.1146 / annurev.micro.52.1.81 . PMID 9891794 . Архивировано из оригинального (PDF) 17 июля 2011 года.  
  142. ^ a b Костертон JW, Левандовски З., Колдуэлл Д.Е., Корбер Д.Р., Лаппин-Скотт HM (1995). «Микробные биопленки». Ежегодный обзор микробиологии . 49 : 711–45. DOI : 10.1146 / annurev.mi.49.100195.003431 . PMID 8561477 . 
  143. Перейти ↑ Miller DP, Lamont RJ (2019). «Сигнальные системы в оральных бактериях». Успехи экспериментальной медицины и биологии . 1197 : 27–43. DOI : 10.1007 / 978-3-030-28524-1_3 . ISBN 978-3-030-28523-4. PMID  31732932 .
  144. ^ Abisado RG, Benomar S, Клаус JR, Dandekar AA, Чендлер JR (май 2018). «Зондирование бактериального кворума и взаимодействия микробного сообщества» . mBio . 9 (3). DOI : 10,1128 / mBio.02331-17 . PMC 5964356 . PMID 29789364 .  
  145. ^ Миллер М.Б., Bassler BL (2001). «Чувство кворума в бактериях». Ежегодный обзор микробиологии . 55 : 165–99. DOI : 10.1146 / annurev.micro.55.1.165 . PMID 11544353 . S2CID 1099089 .  
  146. ^ Чжу, Циюнь; Май, Уйен; Пфайффер, Уэйн; Янссен, Стефан; Асникар, Франческо; Сандерс, Джон Дж .; Бельда-Ферре, Педро; Аль-Галит, Габриэль А .; Копылова Евгения; Макдональд, Дэниел; Kosciolek, Tomasz; Инь, Джон Б .; Хуанг, Ши; Салам, Нимайчанд; Цзяо, Цзянь-Ю; У, Цзыцзюнь; Xu, Zhenjiang Z .; Кантрелл, Кален; Ян, Имен; Сайяри, Эрфан; Раби, Марьям; Мортон, Джеймс Т .; Поделл, Шейла; Рыцари, Дэн; Ли, Вэнь-Цзюнь; Хаттенхауэр, Кертис; Сегата, Никола; Смарр, Ларри; Мирараб, Сиаваш; Рыцарь, Роб (2019). «Филогеномика 10 575 геномов показывает эволюционную близость между доменами бактерий и архей» . Nature Communications . 10 (1): 5477. Bibcode : 2019NatCo..10.5477Z . doi :10.1038 / s41467-019-13443-4 . PMC  6889312 . PMID  31792218 .
  147. ↑ Boucher Y, Douady CJ, Papke RT, Walsh DA, Boudreau ME, Nesbø CL, Case RJ, Doolittle WF (2003). «Боковой перенос генов и происхождение прокариотических групп». Ежегодный обзор генетики . 37 : 283–328. DOI : 10.1146 / annurev.genet.37.050503.084247 . PMID 14616063 . 
  148. ↑ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (январь 1994). «Ветры (эволюционных) изменений: вдохновение новой жизни в микробиологию» . Журнал бактериологии . 176 (1): 1–6. DOI : 10.2172 / 205047 . PMC 205007 . PMID 8282683 .  
  149. ^ "IJSEM Home" . Ijs.sgmjournals.org. 28 октября 2011 года. Архивировано 19 октября 2011 года . Проверено 4 ноября 2011 года .
  150. ^ "Руководство Берджи" . Bergeys.org. Архивировано 7 ноября 2011 года . Проверено 4 ноября 2011 года .
  151. ↑ Hedlund BP, Dodsworth JA, Staley JT (июнь 2015 г.). «Меняющийся ландшафт исследования микробного биоразнообразия и его значение для систематики». Систематическая и прикладная микробиология . 38 (4): 231–6. DOI : 10.1016 / j.syapm.2015.03.003 . PMID 25921438 . 
  152. Перейти ↑ Gupta RS (2000). «Естественные эволюционные отношения между прокариотами». Критические обзоры в микробиологии . 26 (2): 111–31. CiteSeerX 10.1.1.496.1356 . DOI : 10.1080 / 10408410091154219 . PMID 10890353 . S2CID 30541897 .   
  153. ^ Rappe MS, Giovannoni SJ (2003). «Культурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии . 57 : 369–94. DOI : 10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759 . PMID 14527284 . S2CID 10781051 .  
  154. Перейти ↑ Doolittle RF (июнь 2005). «Эволюционные аспекты полногеномной биологии». Текущее мнение в структурной биологии . 15 (3): 248–53. DOI : 10.1016 / j.sbi.2005.04.001 . PMID 15963888 . 
  155. Перейти ↑ Cavalier-Smith T (январь 2002 г.). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Pt 1): 7–76. DOI : 10.1099 / 00207713-52-1-7 . PMID 11837318 . 
  156. ^ Pommerville pp.15-31
  157. Перейти ↑ Woods GL, Walker DH (июль 1996 г.). «Обнаружение инфекции или инфекционных агентов с использованием цитологических и гистологических красителей» . Обзоры клинической микробиологии . 9 (3): 382–404. DOI : 10.1128 / CMR.9.3.382 . PMC 172900 . PMID 8809467 .  
  158. ↑ Тан С, Орси Р., Ло Х, Ге С, Чжан Дж, Бейкер Р. К., Стивенсон А., Видманн М. (2019). «Оценка и сравнение методов молекулярного субтипирования и характеристики сальмонелл» . Границы микробиологии . 10 : 1591 DOI : 10,3389 / fmicb.2019.01591 . PMC 6639432 . PMID 31354679 .  
  159. ^ Вайнштейн MP (март 1994). «Клиническое значение посевов крови». Клиники лабораторной медицины . 14 (1): 9–16. DOI : 10.1016 / S0272-2712 (18) 30390-1 . PMID 8181237 . 
  160. ↑ Riley LW (ноябрь 2018 г.). «Лабораторные методы молекулярной эпидемиологии: бактериальные инфекции». Спектр микробиологии . 6 (6). DOI : 10,1128 / microbiolspec.AME-0004-2018 . PMID 30387415 . 
  161. ↑ Louie M, Louie L, Simor AE (август 2000). «Роль технологии амплификации ДНК в диагностике инфекционных заболеваний» . CMAJ . 163 (3): 301–09. DOI : 10.1016 / s1381-1169 (00) 00220-X . PMC 80298 . PMID 10951731 . Архивировано 14 июня 2006 года.  
  162. ↑ Оливер JD (февраль 2005 г.). «Жизнеспособное, но некультивируемое состояние бактерий» . Журнал микробиологии . 43 Спецификация №: 93–100. PMID 15765062 . Архивировано из оригинального 28 сентября 2007 года. 
  163. ^ Euzéby JP (8 декабря 2011). «Количество опубликованных имен» . Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Архивировано из оригинального 19 января 2012 года . Проверено 10 декабря 2011 года .
  164. ↑ Curtis TP, Sloan WT, Scannell JW (август 2002 г.). «Оценка прокариотического разнообразия и его границ» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (16): 10494–99. Bibcode : 2002PNAS ... 9910494C . DOI : 10.1073 / pnas.142680199 . PMC 124953 . PMID 12097644 .  
  165. ^ Schloss PD, Handelsman J (декабрь 2004). «Статус микробной переписи» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 68 (4): 686–91. DOI : 10.1128 / MMBR.68.4.686-691.2004 . PMC 539005 . PMID 15590780 .  
  166. ^ Fisher B, Харви RP, Champe PC (2007). «Глава 33». Иллюстрированные обзоры Липпинкотта: микробиология (серия иллюстрированных обзоров Липпинкотта) . Хагерствон, доктор медицины: Липпинкотт Уильямс и Уилкинс. С. 367–92. ISBN 978-0-7817-8215-9.
  167. ^ Callewaert C, Ламберт Дж, Ван де Виль T (май 2017). «На пути к бактериальному лечению неприятного запаха под мышками» . Экспериментальная дерматология . 26 (5): 388–391. DOI : 10.1111 / exd.13259 . PMID 27892611 . 
  168. Перейти ↑ Martin MO (сентябрь 2002 г.). «Хищные прокариоты: новые возможности для исследования». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии . 4 (5): 467–77. PMID 12432957 . 
  169. ^ Velicer GJ, Stredwick KL (август 2002). «Экспериментальная социальная эволюция с Myxococcus xanthus». Антони ван Левенгук . 81 (1–4): 155–64. DOI : 10,1023 / A: 1020546130033 . PMID 12448714 . S2CID 20018104 .  
  170. ↑ Громов Б.В. (1972). "Исследование под электронным микроскопом паразитизма бактерий Bdellovibrio Chorellavorus на клетках зеленой водоросли Chorella Vulgaris". Цитология . 14 (2): 256–60.
  171. ^ Герреро R, Педрос-Alio С, Эстэв я, Мас - J, D Чейза, Маргулис л (апрель 1986 г.). «Хищные прокариоты: хищничество и первичное потребление развились в бактериях» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 83 (7): 2138–42. Bibcode : 1986PNAS ... 83.2138G . DOI : 10.1073 / pnas.83.7.2138 . PMC 323246 . PMID 11542073 .  
  172. ^ Velicer GJ, Мендес-Соарес H (январь 2009). «Бактериальные хищники». Текущая биология . 19 (2): R55–56. DOI : 10.1016 / j.cub.2008.10.043 . PMID 19174136 . S2CID 5432036 .  
  173. ^ Stams AJ, де Бок FA, Plugge CM, ван Eekert MH, Dolfing J, Schraa G (март 2006). «Экзоклеточный перенос электронов в анаэробных микробных сообществах». Экологическая микробиология . 8 (3): 371–82. DOI : 10.1111 / j.1462-2920.2006.00989.x . PMID 16478444 . 
  174. ^ Синсер ER (август 2018). «Перекрестная защита от перекиси водорода с помощью микробов-помощников: воздействие на цианобактерии Prochlorococcus и других бенефициаров в морских сообществах» . Отчеты по микробиологии окружающей среды . 10 (4): 399–411. DOI : 10.1111 / 1758-2229.12625 . PMID 29411546 . 
  175. ^ Barea JM, Поцо МДж, Azcón R, Azcón-Агилар С (июль 2005 г.). «Сотрудничество микробов в ризосфере» . Журнал экспериментальной ботаники . 56 (417): 1761–78. DOI : 10.1093 / JXB / eri197 . PMID 15911555 . 
  176. Перейти ↑ O'Hara AM, Shanahan F (июль 2006 г.). «Кишечная флора как забытый орган» . EMBO Reports . 7 (7): 688–93. DOI : 10.1038 / sj.embor.7400731 . PMC 1500832 . PMID 16819463 .  
  177. ^ Zoetendal EG, Vaughan EE, де Вос СУС (март 2006). «Микробный мир внутри нас» . Молекулярная микробиология . 59 (6): 1639–50. DOI : 10.1111 / j.1365-2958.2006.05056.x . PMID 16553872 . S2CID 37602619 .  
  178. ↑ Горбач С.Л. (февраль 1990 г.). «Молочнокислые бактерии и здоровье человека». Анналы медицины . 22 (1): 37–41. DOI : 10.3109 / 07853899009147239 . PMID 2109988 . 
  179. ^ Salminen SJ, Gueimonde M, Isolauri E (май 2005). «Пробиотики, снижающие риск заболевания» . Журнал питания . 135 (5): 1294–98. DOI : 10.1093 / JN / 135.5.1294 . PMID 15867327 . 
  180. ^ Schwarz S, Enne В.И., ван Duijkeren E (октябрь 2016). «40 лет ветеринарных документов в JAC - что мы узнали?» . Журнал антимикробной химиотерапии . 71 (10): 2681–90. DOI : 10,1093 / JAC / dkw363 . PMID 27660260 . 
  181. ↑ Fish DN (февраль 2002 г.). «Оптимальная антимикробная терапия сепсиса». Американский журнал фармации системы здравоохранения . 59 Дополнение 1: S13–19. DOI : 10.1093 / ajhp / 59.suppl_1.S13 . PMID 11885408 . 
  182. ^ Belland RJ, Ouellette SP, Gieffers J Бирн GI (февраль 2004). «Chlamydia pneumoniae и атеросклероз» . Клеточная микробиология . 6 (2): 117–27. DOI : 10.1046 / j.1462-5822.2003.00352.x . PMID 14706098 . S2CID 45218449 .  
  183. ↑ Heise ER (февраль 1982 г.). «Заболевания, связанные с иммуносупрессией» . Перспективы гигиены окружающей среды . 43 : 9–19. DOI : 10.2307 / 3429162 . JSTOR 3429162 . PMC 1568899 . PMID 7037390 .   
  184. ^ Saiman L (2004). «Микробиология ранних заболеваний легких при МВ». Педиатрические респираторные обзоры . 5 Дополнение A: S367–69. DOI : 10.1016 / S1526-0542 (04) 90065-6 . PMID 14980298 . 
  185. ^ Йонат A, Bashan A (2004). «Кристаллография рибосом: инициация, образование пептидной связи и полимеризация аминокислот затрудняются антибиотиками» . Ежегодный обзор микробиологии . 58 : 233–51. DOI : 10.1146 / annurev.micro.58.030603.123822 . PMID 15487937 . 
  186. ^ Хачатурян Г.Г. (ноябрь 1998 г.). «Использование антибиотиков в сельском хозяйстве, а также эволюция и передача устойчивых к антибиотикам бактерий» . CMAJ . 159 (9): 1129–36. PMC 1229782 . PMID 9835883 .  
  187. ↑ Kuo J (октябрь 2017 г.). «Процессы дезинфекции» . Исследования водной среды . 89 (10): 1206–1244. DOI : 10.2175 / 106143017X15023776270278 . PMID 28954657 . 
  188. ↑ Johnson ME, Люси JA (апрель 2006 г.). «Основные технологические достижения и тенденции в области сыра» . Журнал молочной науки . 89 (4): 1174–78. DOI : 10.3168 / jds.S0022-0302 (06) 72186-5 . PMID 16537950 . 
  189. ^ Хагедорн S, Kaphammer В (1994). «Микробный биокатализ в производстве ароматизаторов и ароматизаторов». Ежегодный обзор микробиологии . 48 : 773–800. DOI : 10.1146 / annurev.mi.48.100194.004013 . PMID 7826026 . 
  190. ^ Коэн Y (декабрь 2002 г.). «Биоремедиация нефти морскими микробными матами». Международная микробиология . 5 (4): 189–93. DOI : 10.1007 / s10123-002-0089-5 . PMID 12497184 . S2CID 26039323 .  
  191. ^ Невиш LC, Miyamura TT, Moraes DA, Пенна TC, CONVERTI A (2006). «Методы биофильтрации для удаления фенольных остатков». Прикладная биохимия и биотехнология . 129–132 (1–3): 130–52. DOI : 10.1385 / ABAB: 129: 1: 130 . PMID 16915636 . S2CID 189905816 .  
  192. ^ Liese A, Фила MV (декабрь 1999). «Производство тонкой химии с использованием биокатализа». Текущее мнение в области биотехнологии . 10 (6): 595–603. DOI : 10.1016 / S0958-1669 (99) 00040-3 . PMID 10600695 . 
  193. Перейти ↑ Aronson AI, Shai Y (февраль 2001 г.). «Почему инсектицидные токсины Bacillus thuringiensis так эффективны: уникальные особенности механизма их действия» . Письма о микробиологии FEMS . 195 (1): 1–8. DOI : 10.1111 / j.1574-6968.2001.tb10489.x . PMID 11166987 . 
  194. ^ Божик A (июль 2006). «Восприимчивость взрослых Coccinella septempunctata (Coleoptera: Coccinellidae) к инсектицидам с различными механизмами действия». Наука о борьбе с вредителями . 62 (7): 651–54. DOI : 10.1002 / ps.1221 . PMID 16649191 . 
  195. ^ Chattopadhyay A, Бхатнагар NB, Бхатнагар R (2004). «Бактериальные инсектицидные токсины». Критические обзоры в микробиологии . 30 (1): 33–54. DOI : 10.1080 / 10408410490270712 . PMID 15116762 . S2CID 1580984 .  
  196. ^ Серес МН, Гопал S, Наум Л.А., Лян Р, Т Gaasterland, Райли М (2001). «Функциональное обновление генома Escherichia coli K-12» . Геномная биология . 2 (9): ИССЛЕДОВАНИЕ0035. DOI : 10.1186 / GB-2001-2-9-research0035 . PMC 56896 . PMID 11574054 .  
  197. ^ Almaas Е, Ковач В, Т Vicsek, Oltvai ЗН, Barabási А.Л. (февраль 2004 г.). «Глобальная организация метаболических потоков у бактерии Escherichia coli». Природа . 427 (6977): 839–43. arXiv : q-bio / 0403001 . Bibcode : 2004Natur.427..839A . DOI : 10,1038 / природа02289 . PMID 14985762 . S2CID 715721 .  
  198. ^ Рид JL, Vo TD, Шиллинг CH, Пальссон BO (2003). «Расширенная модель в масштабе генома Escherichia coli K-12 (iJR904 GSM / GPR)» . Геномная биология . 4 (9): R54. DOI : 10.1186 / GB-2003-4-9-R54 . PMC 193654 . PMID 12952533 .  
  199. Перейти ↑ Walsh G (апрель 2005 г.). «Лечебные инсулины и их серийное производство». Прикладная микробиология и биотехнология . 67 (2): 151–59. DOI : 10.1007 / s00253-004-1809-х . PMID 15580495 . S2CID 5986035 .  
  200. ^ Грауманн K, Premstaller A (февраль 2006). «Производство рекомбинантных терапевтических белков в микробных системах». Биотехнологический журнал . 1 (2): 164–86. DOI : 10.1002 / biot.200500051 . PMID 16892246 . S2CID 24702839 .  
  201. ^ Rabsch W, Хелм Р., Eisenstark A (февраль 2004). «Разнообразие типов фагов среди архивных культур Демерецкой коллекции штаммов серовара Typhimurium Salmonella enterica» . Прикладная и экологическая микробиология . 70 (2): 664–9. DOI : 10.1128 / aem.70.2.664-669.2004 . PMC 348941 . PMID 14766539 .  
  202. ↑ Портер-младший (июнь 1976 г.). «Энтони ван Левенгук: трехсотлетие открытия бактерий» . Бактериологические обзоры . 40 (2): 260–69. DOI : 10.1128 / mmbr.40.2.260-269.1976 . PMC 413956 . PMID 786250 .  
  203. ^ ван Левенгук A (1684). "Отрывок из письма г-на Энтони Леввенгука из Делфта от 17 сентября 1683 г., содержащего некоторые микроскопические наблюдения о животных в зубном налете, о червях в носу, о кутикуле, состоящей из чешуек. " . Философские труды . 14 (155–166): 568–74. Bibcode : 1684RSPT ... 14..568L . DOI : 10,1098 / rstl.1684.0030 .
  204. ^ ван Левенгук A (1700). «Часть письма господина Энтони ван Левенгука о червях в печени овец, мошках и животных в экскрементах лягушек» . Философские труды . 22 (260–276): 509–18. Bibcode : 1700RSPT ... 22..509V . DOI : 10,1098 / rstl.1700.0013 .
  205. ^ ван Левенгук A (1702). «Часть письма г-на Энтони ван Левенгука, ФРС, о зеленых сорняках, растущих в воде, и некоторых обнаруженных вокруг них животных». Философские труды . 23 (277–288): 1304–11. Bibcode : 1702RSPT ... 23.1304V . DOI : 10,1098 / rstl.1702.0042 . S2CID 186209549 . 
  206. ↑ Азимов I (1982). Биографическая энциклопедия науки и технологий Азимова (2-е изд.). Гарден-Сити, Нью-Йорк: Даблдей и компания. п. 143 .
  207. ^ Pommerville стр.7
  208. ^ Эренберг CG (1828). Symbolae Physioe. Animalia evertebrata . Берлин: Decas prima.
  209. ^ Порода RS, Conn HJ (май 1936 г.). "Статус родового термина Bacterium Ehrenberg 1828" . Журнал бактериологии . 31 (5): 517–18. DOI : 10.1128 / jb.31.5.517-518.1936 . PMC 543738 . PMID 16559906 .  
  210. ^ Эренберг CG (1835). Dritter Beitrag zur Erkenntniss grosser Organization in der Richtung des kleinsten Raumes [ Третий вклад в познание большой организации в направлении наименьшего пространства ] (на немецком языке). Берлин: Physikalische Abhandlungen der Koeniglichen Akademie der Wissenschaften. С. 143–336.
  211. ^ "Статьи Пастера по теории зародыша" . Сайт юридического центра LSU в области медицины и общественного здравоохранения, Исторические статьи о здравоохранении. Архивировано 18 декабря 2006 года . Проверено 23 Ноябрь +2006 .
  212. ^ «Нобелевская премия по физиологии и медицине 1905 года» . Nobelprize.org. Архивировано 10 декабря 2006 года . Проверен 22 ноября 2006 .
  213. ^ О'Брайен SJ, Goedert JJ (октябрь 1996). «ВИЧ вызывает СПИД: постулаты Коха выполнены» . Текущее мнение в иммунологии . 8 (5): 613–18. DOI : 10.1016 / S0952-7915 (96) 80075-6 . PMID 8902385 . 
  214. ^ Чунг К. «Фердинанд Джулиус Кон (1828–1898): пионер бактериологии» (PDF) . Департамент микробиологии и молекулярных клеточных наук, Университет Мемфиса. Архивировано 27 июля 2011 года (PDF) .
  215. ^ Дрюс, Герхарт (1999). «Фердинанд Кон, основоположник современной микробиологии» (PDF) . Новости ASM . 65 (8): 547–52. Архивировано из оригинального (PDF) 13 июля 2017 года.
  216. ↑ Thurston AJ (декабрь 2000 г.). «О крови, воспалении и огнестрельных ранениях: история борьбы с сепсисом». Австралийский и новозеландский журнал хирургии . 70 (12): 855–61. DOI : 10.1046 / j.1440-1622.2000.01983.x . PMID 11167573 . 
  217. ↑ Шварц RS (март 2004 г.). «Волшебные пули Пауля Эрлиха». Медицинский журнал Новой Англии . 350 (11): 1079–80. DOI : 10.1056 / NEJMp048021 . PMID 15014180 . 
  218. ^ "Биография Пола Эрлиха" . Nobelprize.org. Архивировано 28 ноября 2006 года . Источник +26 Ноябрю 2 006 .

Библиография

  • Поммервиль JC (2014). Основы микробиологии (10-е изд.). Бостон: Джонс и Бартлетт. ISBN 978-1-284-03968-9.

внешняя ссылка

  • Он-лайн учебник по бактериологии