Перейти к навигации Перейти к поиску
Биологический путь представляет собой ряд взаимодействий между молекулами в клетке , что приводит к некоторому продукту или изменениям в клетке. Такой путь может запускать сборку новых молекул, таких как жир или белок. Пути также могут включать и выключать гены или побуждать клетку к движению. [1] Некоторые из наиболее распространенных биологических путей участвуют в метаболизме , регуляции экспрессии генов и передаче сигналов . Пути играют ключевую роль в передовых исследованиях геномики .
Наиболее распространенные типы биологических путей: [1]
Базы данных Pathways [ править ]
- База данных KEGG Pathway - это популярная база данных для поиска путей, широко используемая биологами.
- WikiPathways - это управляемая сообществом база данных путей, использующая концепцию «вики». Все пути имеют открытую лицензию и могут свободно использоваться.
- Reactome - это бесплатная онлайн-база данных биологических путей, созданная вручную.
- NCI-Nature Pathway Interaction Database - это бесплатная биомедицинская база данных сигнальных путей человеческих клеток (новое официальное название: NCI Nature Pathway Interaction Database: Pathway, синоним: PID).
- PhosphoSitePlus - это база данных наблюдаемых посттрансляционных модификаций белков человека и мыши; онлайн-ресурс по системной биологии, содержащий исчерпывающую информацию и инструменты для изучения посттрансляционных модификаций белков (PTM), включая фосфорилирование, убиквитинирование, ацетилирование и метилирование.
- Коллекция баз данных BioCyc представляет собой набор специфических для организма баз данных о путях / геномах.
- Справочная база данных белков человека - это централизованная платформа для визуального отображения и интеграции информации, относящейся к архитектуре домена, посттрансляционным модификациям, сетям взаимодействия и ассоциации с болезнями для каждого белка в протеоме человека (последний выпуск был №9 в 2010 году).
- PANTHER (Protein ANalysis TH through Evolutionary Relationships) - это большая тщательно подобранная биологическая база данных семейств генов / белков и их функционально связанных подсемейств, которые можно использовать для классификации и определения функции генных продуктов.
- TRANSFAC (база данных транскрипции FACtor) - это вручную созданная база данных факторов транскрипции эукариот, их геномных сайтов связывания и профилей связывания ДНК (предоставлена geneXplain GmbH).
- MiRTarBase - это курируемая база данных взаимодействий микроРНК-мишени.
- DrugBank - это всеобъемлющая, высококачественная, свободно доступная онлайн-база данных, содержащая информацию о наркотиках и мишенях для них.
- esyN - это средство просмотра и построение сети, которое позволяет импортировать пути из базы данных биомоделей или из биосетки, помбазы flybase и видеть, какие лекарства взаимодействуют с белками в вашей сети.
- База данных сравнительной токсикогеномики (CTD) - это общедоступный веб-сайт и исследовательский инструмент, который собирает научные данные, описывающие взаимосвязи между химическими веществами / лекарствами, генами / белками, заболеваниями, таксонами, фенотипами, аннотациями GO, путями и модулями взаимодействия; CTD показывает, как химические вещества в окружающей среде влияют на здоровье человека.
- Pathway commons - это проект и база данных, которые используют язык BioPAX для преобразования, интеграции и запроса других баз данных биологических путей и взаимодействий.
См. Также [ править ]
Источники [ править ]