Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

ChEMBL или ChEMBLdb является куратором вручную химической базы данных из биологически активных молекул с лекарственно-подобными свойствами. [1] Он поддерживается Европейским институтом биоинформатики (EBI) и Европейской лабораторией молекулярной биологии ( EMBL ), базирующейся в Геномном кампусе Wellcome Trust , Хинкстон, Великобритания.

База данных, первоначально известная как StARlite, была разработана биотехнологической компанией Inpharmatica Ltd., позже приобретенной Galapagos NV . Данные были приобретены ЕЛМБ в 2008 году награду от The Wellcome Trust , [2] приводит к созданию ChEMBL chemogenomics группы в EMBL-EBI, во главе с Джоном Оверингтон. [3] [4]

Объем и доступ [ править ]

База данных ChEMBL содержит данные о биологической активности соединений по отношению к мишеням для лекарств. Биоактивность указывается в Ki, Kd, ​​IC50 и EC50. [5] Данные могут быть отфильтрованы и проанализированы для разработки библиотек для скрининга соединений для идентификации потенциальных клиентов во время открытия лекарств. [6]

ChEMBL версии 2 (ChEMBL_02) был запущен в январе 2010 года и включает 2,4 миллиона измерений биоанализа, охватывающих 622 824 соединения, включая 24 000 натуральных продуктов. Это было получено в результате кураторства более 34000 публикаций в двенадцати журналах по медицинской химии . Охват доступных данных по биоактивности ChEMBL стал «самым полным из когда-либо представленных в общедоступной базе данных». [3] В октябре 2010 года была запущена версия 8 ChEMBL (ChEMBL_08), в которой было проведено более 2,97 миллиона измерений биологических анализов, охватывающих 636 269 соединений. [7]

В ChEMBL_10 были добавлены подтверждающие анализы PubChem для интеграции данных, сопоставимых с типом и классом данных, содержащихся в ChEMBL. [8]

Доступ к ChEMBLdb можно получить через веб-интерфейс или загрузить по протоколу передачи файлов . Он отформатирован таким образом, чтобы его можно было использовать для компьютерного анализа данных , и в нем делается попытка стандартизировать действия между различными публикациями, чтобы обеспечить возможность сравнительного анализа. [1] ChEMBL также интегрирована в других крупномасштабных химических ресурсы, в том числе PubChem и ChemSpider системы Королевского химического общества .

Связанные ресурсы [ править ]

Помимо базы данных, группа ChEMBL разработала инструменты и ресурсы для интеллектуального анализа данных. [9] К ним относится Kinase SARfari, интегрированный инструмент для хемогеномики, ориентированный на киназы . Система включает и связывает данные о последовательности, структуре, соединениях и скрининге .

GPCR SARfari - аналогичная рабочая среда, ориентированная на GPCR , а ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) - это хранилище данных первичного скрининга открытого доступа и данных медицинской химии, направленных на эндемические тропические болезни развивающихся регионов Африки, Азии и Америка. Основная цель ChEMBL-NTD - предоставить свободный доступ к постоянному архиву и центру распространения депонированных данных. [3]

В июле 2012 г. была выпущена новая служба данных о малярии , спонсируемая компанией «Лекарства от малярии» ( MMV ), предназначенная для исследователей по всему миру. Данные в этой службе включают соединения из набора для скрининга Malaria Box, а также другие предоставленные данные о малярии, найденные в ChEMBL-NTD.

myChEMBL , виртуальная машина ChEMBL, была выпущена в октябре 2013 года, чтобы позволить пользователям получить доступ к полной, бесплатной и простой в установке инфраструктуре хеминформатики.

В декабре 2013 года операции с базой данных по патентной информатике SureChem были переданы в EMBL-EBI. В сумке SureChem была переименована в SureChEMBL.

В 2014 году был представлен новый ресурс ADME SARfari - инструмент для прогнозирования и сравнения межвидовых целей ADME. [10]

См. Также [ править ]

  • ChEMBL: Краткий обзор EBI Train OnLine
  • ЧЭБИ
  • DrugBank

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б Голтон, А; и другие. (2011). «ChEMBL: крупномасштабная база данных по биологической активности для открытия лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (проблема с базой данных): D1100-7. DOI : 10.1093 / NAR / gkr777 . PMC 3245175 . PMID 21948594 .  
  2. ^ "Открытая база данных по обнаружению лекарств запускается с полумиллионом соединений | Wellcome" . wellcome.ac.uk . 18 января 2010 . Дата обращения 31 августа 2019 .
  3. ^ a b c Бендер, A (2010). «Базы данных: составные биоактивности становятся общедоступными». Природа Химическая биология . 6 (5): 309. DOI : 10.1038 / nchembio.354 .
  4. ^ Overington J (апрель 2009 г.). «ChEMBL. Интервью с Джоном Оверингтоном, руководителем группы по хемогеномике в отделении Европейского института биоинформатики Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL-EBI). Интервью Венди А. Уорр». J. Comput.-Aided Mol. Des . 23 (4): 195–8. Bibcode : 2009JCAMD..23..195W . DOI : 10.1007 / s10822-009-9260-9 . PMID 19194660 . S2CID 2946417 .  
  5. ^ Мок, Н. Йи; Бренк, Рут (24 октября 2011 г.). «Разработка базы данных ChEMBL: эффективный процесс хемоинформатики для сборки библиотеки скрининга, ориентированной на ионный канал» . J. Chem. Инф. Модель. 51 (10): 2449–2454. DOI : 10.1021 / ci200260t . PMC 3200031 . PMID 21978256 .   
  6. ^ Бренк, R; Шинпани, А; Джеймс, Д.; Красовский, А (март 2008 г.). «Уроки, извлеченные из создания скрининговых библиотек для открытия лекарств от забытых болезней» . ChemMedChem . 3 (3): 435–44. DOI : 10.1002 / cmdc.200700139 . PMC 2628535 . PMID 18064617 .  
  7. ^ ChEMBL-ог (15 ноября 2010), ChEMBL_08 выхода , извлекаться 2010-11-15
  8. ^ ChEMBL-ог (6 июня 2011), ChEMBL_10 выхода , извлекаться 2011-06-09
  9. ^ Беллис, LJ; и другие. (2011). «Сопоставление и анализ данных литературных данных о биоактивности для открытия лекарств». Сделки Биохимического Общества . 39 (5): 1365–1370. DOI : 10.1042 / BST0391365 . PMID 21936816 . 
  10. ^ Дэвис, М; и другие. (2015). "ADME SARfari: Сравнительная геномика систем метаболизма лекарств" . Биоинформатика . 31 (10): 1695–1697. DOI : 10.1093 / биоинформатики / btv010 . PMC 4426839 . PMID 25964657 . Проверено 8 января 2015 .  

Внешние ссылки [ править ]

  • ChEMBLdb
  • Киназа SARfari
  • Архив забытых тропических болезней ChEMBL
  • GPCR SARfari
  • Блог ChEMBL-og Открытые данные и открытие лекарств, который ведет команда ChEMBL.