Геномика хордовых - это исследование эволюции клады хордовых, основанное на сравнении геномов нескольких видов внутри клады. Поле зависит от данных всего генома (всей последовательности ДНК ) организмов. Он использует сравнения блоков синтении , транслокации хромосом и других геномных перестроек для определения эволюционной истории клады и реконструкции генома вида-основателя.
Полученные результаты
Филогения
Глубокое ветвление хордовой филогении было выяснено с помощью хордовой геномики. [1] Геномика хордовых демонстрирует, что ланцетники являются самой основной живой кладой в пределах хордовых, в то время как оболочники являются сестринской кладой черепных .
Synteny
Сравнение геномов Lancelet Branchiostoma floridae , рыбы , курицы Gallus gallus и человека Homo sapiens выявило обширную макросинтению с незначительной микросинтенией или ее отсутствие. То есть, по всей кладе хордовых одни и те же гены обнаруживаются в кластерах рядом друг с другом, хотя порядок генов в кластерах был перетасован. [2] В геноме человека имеется 135 идентифицируемых сегментов, которые сохраняют синтению с наследственным хордовым кариотипом .
Анализ синтении показывает, что у последнего общего предка хордовых было 17 хромосом. [3]
Дублирование генома
Многочисленные экспериментальные данные убедительно свидетельствуют о том, что дважды в линии, ведущей к костистым рыбам, был продублирован геном предковых хордовых. [4] [5] [6] [7] Сравнение геномов Lancelet Branchiostoma floridae , Tunicates Ciona Кишечник и Oikopleura dioica , миноги Petromyzon marinus , рыбы Fugu rubripes и Gasterosteus aculeatus , курицы Gallus gallus и человека хомо сапиенс подтвердил , что два целого генома дупликации происходили в ранней истории позвоночных клады. [8]
Рекомендации
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция кариотипа хордовых». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция кариотипа хордовых». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция кариотипа хордовых». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)
- ^ «Анализ генов миноги и миксины показывает сложную историю дупликаций генов во время ранней эволюции позвоночных». Х. Эккрива и др. , Мол. Биол. Evol. 19, 1440–1450 (2002).
- ^ «Дупликация генома у рыб-телесоста Tetraodon nigroviridis показывает ранний протокариотип позвоночных». O. Jaillon, et al. , Nature 431, 946-957 (2004)
- ^ «Новые доказательства дупликации по всему геному в происхождении позвоночных с использованием набора генов амфиоксуса и завершенных геномов животных». G. Panopoulou и др. Genome Res. 13, 1056-1066 (2003)
- ^ «Анализ генома фугу предоставляет доказательства дупликации всего генома на ранних этапах эволюции рыб с лучевыми плавниками». A. Christoffeles и др. Мол. Биол. Evol. 21, 1146-1151 (2004).
- ^ «Геном амфиоксуса и эволюция кариотипа хордовых». Николас Х. Патнэм и др. Природа 453 1064-1071, (2008)