Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Панель управления CompTox Chemicals
Панель управления image.gif
Содержание
ОписаниеБаза данных по химическим веществам ориентирована на науки об окружающей среде и обеспечивает доступ к более чем 875 000 химических соединений, свойств, данных биологических анализов и связанной с ними информации. Поиски
Контакт
Исследовательский центрАгентство по охране окружающей среды
Лаборатория
  • Национальный центр вычислительной токсикологии
Первичное цитированиеПанель CompTox Chemistry Dashboard: ресурс данных сообщества по химии окружающей среды. [1]
Доступ
Интернет сайтcomptox .epa .gov / приборная панель
Скачать URLcomptox .epa .gov / панель управления / загрузки
Разное
ЛицензияВсеобщее достояние

Частота выпуска данных		Каждые 6 месяцев
Политика курированияКуратор вручную

Панель CompTox Chemicals Dashboard - это свободно доступная онлайн-база данных, созданная и поддерживаемая Агентством по охране окружающей среды США (EPA). База данных обеспечивает доступ к множеству типов данных, включая физико-химические свойства , судьбу и перенос в окружающей среде, воздействие, использование, токсичность in vivo и биоанализ in vitro . EPA и другие ученые используют данные и модели, содержащиеся на приборной панели, для определения химических веществ, требующих дальнейшего тестирования, и сокращения использования животных в химических тестах. Информационная панель также используется для обеспечения публичного доступа к информации из Планов действий Агентства по охране окружающей среды, например, о перфторированных алкилированных веществах ., [2] [3]

Первоначально называвшаяся Chemistry Dashboard, первая версия была выпущена в 2016 году. [4] Последний выпуск базы данных (версия 3.0.5) содержит вручную отобранные данные для более чем 875 000 химических веществ и включает последние данные, полученные от прогноза токсичности Агентства по охране окружающей среды (ToxCast). ) высокопроизводительная программа скрининга. [5] Панель управления химическими веществами объединяет данные из нескольких предыдущих баз данных EPA в один пакет, включая панель инструментов ToxCast, [6] панель инструментов программы скрининга эндокринных нарушений (EDSP) [7] и базу данных по химическим веществам и продуктам (CPDat). [8]

Объем и доступ [ править ]

База данных CompTox Chemicals Dashboard содержит высококачественные химические структуры и информацию, тщательно отобранные и проверенные на качество, которые могут быть использованы в качестве ресурса для ученых-аналитиков, участвующих в идентификации структуры. [9]

Просмотр данных ToxCast по биоактивности для бисфенола А

Данные о химической опасности на панели управления поступают как из традиционных исследований на лабораторных животных, так и из результатов высокопроизводительного скрининга . Биологические данные высокопроизводительного скрининга генерируются программой EPA ToxCast [5], данные ToxCast в базе данных предоставляют информацию об использованных анализах, их ответной реакции и эффективности. Эти данные можно найти на вкладке биологической активности.

Доступ к панели управления химическими веществами можно получить через веб-интерфейс, либо наборы данных внутри нее можно загрузить для использования в автономном режиме. Вкладку «Списки» можно использовать для просмотра и загрузки групп связанных химических веществ на основе их соответствия конкретной теме исследования (например, добавки в сигареты или химические вещества, демонстрирующие влияние на нервное развитие ) или конкретных конечных точек анализа, которыми они охвачены.

В онлайн-панели инструментов поиск может выполняться по категориям продукта / использования, анализу / гену, систематическому названию , синониму, номеру CAS , идентификатору вещества DSSTox или InChiKey . На вкладке «Расширенный поиск» можно искать химические вещества по их массе или молекулярной формуле . Поиск также может быть выполнен для групп химических веществ на основе химического названия CASRN, InChIKey, DSSTox Substance ID, DSSTox Compound ID, InChIKey Skeleton, MS-Ready Formula, Exact Formula или Monoisotopic Mass, используя функцию поиска партии.

Другие функции [ править ]

Модуль абстрактного сифтера

Инструмент автоматического чтения под названием Generalized Read-Across (GenRA) интегрирован в панель управления химическими веществами. GenRA разработан, чтобы сохранить экспертное мнение, присущее методу сквозного чтения, но автоматизировать процесс выбора химикатов, чтобы помочь предсказать токсичность. [10]

Панель инструментов также имеет возможность поиска в существующих источниках научной литературы, таких как PubMed , с помощью веб-версии "Abstract Sifter" [11], Google Scholar и отчетов EPA Provisional Peer Reviewed Toxicity Values ​​( PPRTV ) и EPA Integrated Система информации о рисках ( IRIS ).

Прогнозирование QSAR в реальном времени для нескольких конечных точек физико-химических свойств и токсичности доступно на вкладке прогнозов .

Поддержка масс-спектрометрии [ править ]

MS-Ready отношения

Панель инструментов обеспечивает поддержку масс-спектрометрии, обеспечивая поиск по химическим данным, содержащимся в базе данных, на основе массы и молекулярной формулы . Панель инструментов была применена для нецелевого анализа поиска « известных неизвестных ». [12] Поддерживаются как целевая масс-спектрометрия, так и ненаправленная масс-спектрометрия. При поиске используется поиск, основанный на формах химических соединений "MS-Ready". Индивидуальные химические субстраты превращаются в форму, которая может быть обнаружена с помощью масс-спектрометрии, так что соли обессоливаются и нейтрализуются, а многокомпонентные химические вещества разделяются на их отдельные компоненты. [13]

См. Также [ править ]

  • ЧЭМБЛ
  • PubChem
  • Химическая база данных
  • Наука об окружающей среде
  • Экологическая информатика

Ссылки [ править ]

  1. ^ Уильямс, Энтони Дж .; и другие. (2017-11-18). «Панель CompTox Chemistry Dashboard: ресурс данных сообщества по химии окружающей среды» . Журнал химинформатики . 9 (1): 61. DOI : 10,1186 / s13321-017-0247-6 . PMC  5705535 . PMID  29185060 .
  2. ^ Кейт, Брайан; Ли, Томас; Поплавски, Стивен (27 марта 2019 г.). «EPA объявляет о Плане действий в отношении пер- и полифторалкильных веществ (PFAS): обзор и следующие шаги» . JD Supra . Проверено 21 апреля 2019 года .
  3. ^ Patlewicz, G; и другие. (Янв 2019). «Подход на основе определения приоритетов на основе химических категорий для выбора 75 пер- и полифторалкильных веществ (PFAS) для многоуровневого тестирования токсичности и токсикокинетики» . Перспективы гигиены окружающей среды . 127 : 014501. дои : 10,1289 / EHP4555 . PMID 30632786 . 
  4. ^ Уильямс, Энтони Дж .; Grulke, Christopher M .; Эдвардс, Джефф; McEachran, Эндрю Д .; Мансури, Камель; Бейкер, Нэнси С .; Патлевич, Грейс; Шах, Имран; Вамбо, Джон Ф. (28 ноября 2017 г.). «Панель CompTox Chemistry Dashboard: ресурс данных сообщества по химии окружающей среды» . Журнал химинформатики . 9 (1): 61. DOI : 10,1186 / s13321-017-0247-6 . ISSN 1758-2946 . PMC 5705535 . PMID 29185060 .   
  5. ^ a b Агентство по охране окружающей среды США, ORD (2015-08-21). «Прогнозирование токсичности» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 .
  6. ^ US EPA, ORD (2017-11-01). «Изучение данных ToxCast» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 .
  7. ^ US EPA, OCSPP (2015-08-14). «Программа скрининга эндокринных нарушителей (EDSP) в 21 веке» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 .
  8. ^ US EPA, ORD (2016-08-04). «База данных химикатов и продуктов (CPDat)» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 22 апреля 2019 .
  9. ^ US EPA, ORD (30.04.2018). «Определение структуры с использованием панели управления химии CompTox Агентства по охране окружающей среды» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 23 апреля 2019 .
  10. ^ US EPA, ORD (2018-09-25). «Новый модуль GenRA на панели управления CompTox EPA поможет прогнозировать потенциальную химическую токсичность» . Агентство по охране окружающей среды США . Проверено 23 апреля 2019 .
  11. ^ Бейкер, N; и другие. (Декабрь 2017 г.). «Abstract Sifter: комплексная интерфейсная система для PubMed» . F1000 Исследования . 6 : 2164. DOI : 10,12688 / f1000research.12865.1 . PMC 5801564 . PMID 29479422 .  
  12. ^ McEachran, AD; Собус JR C; Уильямс AJ (декабрь 2016 г.). «Выявление известных неизвестных с помощью панели управления химии CompTox Агентства по охране окружающей среды США». Аналитическая и биоаналитическая химия . 409 (7): 1729–1735. DOI : 10.1007 / s00216-016-0139-Z . PMID 27987027 . 
  13. ^ McEachran, AD; и другие. (Август 2018 г.). « » Структуры МС-Ready «для нецелевых масс - спектрометрии высокого разрешения скрининговых исследований» . Журнал химинформатики . 10 . DOI : 10,1186 / s13321-018-0299-2 .