Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

Кориобактерии
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Актинобактерии
Учебный класс:
Coriobacteriia König 2013 исправляет . Gupta et al. 2013
Заказы и семьи
Синонимы
  • Coriobacteridae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Zhi et al. 2009 г.

Coriobacteriia представляют собой класс грам-положительных бактерий внутри Actinobacteria филы. [1] [2] Виды в этой группе не являются спорообразующими , строгими или факультативными анаэробами , которые способны процветать в разнообразных экологических нишах. [3] [4] [5] [6] Gordonibacter - единственные представители класса, способные к подвижности посредством жгутиков . Несколько видов в классе Coriobacteriia были замешаны в заболеваниях человека различной степени тяжести. Атопобиум , Olsenella иВиды Cryptobacterium ответственны за инфекции полости рта человека, включая пародонтит , галитоз и другие эндодонтические инфекции. [7] [8] Виды Eggerthella были связаны с тяжелой бактериемией кровии язвенным колитом . [9]

Таксономия [ править ]

Класс Coriobacteriia в настоящее время состоит из 16 родов двух отрядов и трех семейств. [10] [11] Отряд Coriobacteriales состоит из двух семейств: Coriobacteriaceae и Atopobiaceae . Семейство Coriobacteriaceae включает роды Collinsella , Coriobacterium , Enorma , Parvibacter и Senegalimassilia , тогда как Atopobiaceae содержат Atopobium и Olsenella . В Eggerthellales состоят из одного семейства (Eggerthellaceae) , а остальные Coriobacteriia родов ( Adlercreutzia ,Asaccharobacter , Cryptobacterium , Denitrobacterium , Eggerthella , Enterorhabdus , Gordonibacter , Paraeggerthella и Slackia ).

Молекулярные сигнатуры и филогенетическая позиция [ править ]

Исторически все виды Coriobacteriia относились к одному отряду (Coriobacteriales) и одному семейству (Coriobacteriaceae). [1] [12] [13] [14] [15] Однако эта точка зрения не отражала точных эволюционных взаимоотношений внутри класса. Текущая таксономическая точка зрения оправдана наличием нескольких сохранившихся инделей сигнатур (CSI), которые были обнаружены в различных таксономических рангах. [11] Эти CSI являются специфическими и представляют синапоморфные характеристики, которые можно использовать для различения групп внутри Coriobacteriia как на уровне семейства, так и на уровне порядка. [16]Различие порядков внутри Coriobacteriia также подтверждается филогенетическим ветвлением дерева и последовательными характеристиками; члены, принадлежащие к Coriobacteriales, представляют собой ферментирующие глюкозу сахаролитические виды, в то время как отряд Eggerthellales включает виды, которые постоянно неспособны ферментировать глюкозу и являются асахаролитическими. [1] [2] [11]

CSI также использовались для определения филогенетического положения Coriobacteriia среди всех бактерий, где они были обнаружены исключительно для всех видов внутри класса, что отличает их от других актинобактерий . [11] Coriobacteriia являются ранним ветвлением в рамках филюма актинобактерий [2] [14] [15] . Глубокое разветвление класса привело к спорам о его принадлежности к этому типу и о том, действительно ли это группа актинобактерий. [12] [13] [14]Было обнаружено, что CSI в виде вставки из одной аминокислоты в фермент дезоксиуридин-59-трифосфат (dUTP) нуклеотидогидролазе присущ всем членам Coriobacteriia, а также нескольким видам актинобактерий и отсутствует у всех других бактерий. [11] Этот CSI недвусмысленно поддерживает принадлежность Coriobacteriia к группе Actinobacteria. [11] [16]

Филогения [ править ]

В настоящее время принятая таксономия основана на Национальном центре биотехнологической информации (NCBI). [10]

  • Заказ Coriobacteriales Stackebrandt et al. 1997 исправление. Gupta et al. 2013
    • Семейство Atopobiaceae Gupta et al. 2013
      • Род Atopobium Collins & Wallbanks 1993 г.
        • Atopobium deltae Cools et al. 2014 г.
        • Фоссор атопобиума (Бейли и Лав, 1986) Кагеяма, Бенно и Накасе, 1999
        • Atopobium minutum (Hauduroy et al. 1937) Collins & Wallbanks 1993 г.
        • Atopobium parvulum (Weinberg, Nativelle & Prevot 1937) Collins & Wallbanks 1993 г.
        • Atopobium rimae (Olsen et al., 1991) Collins & Wallbanks, 1993 г.
        • Atopobium vaginae Rodriguez Jovita et al. 1999 г.
      • Род Olsenella Dewhirst et al. 2001 исправление. Kraatz et al. 2011 г.
        • Olsenella profusa Dewhirst et al. 2001 исправление. Краатц, Уоллес и Свенссон, 2011 г.
        • Olsenella scatoligenes Li et al. 2015 г.
        • Olsenella uli (Olsen et al. 1991) Dewhirst et al. 2001 исправление. Краатц, Уоллес и Свенссон, 2011 г.
        • Olsenella umbonata Kraatz, Wallace & Svensson 2011 г.
    • Семейство Coriobacteriaceae Stackebrandt et al. 1997 исправление. Gupta et al. 2013
      • Род Collinsella Kageyama et al. 1999 исправление. Кагеяма и Бенно 2000
        • Collinsella aerofaciens (Eggerth 1935), Кагеяма, Бенно и Накасе, 1999 г.
        • Коллинселла кишечник Кагеяма и Бенно 2000
        • Collinsella stercoris Kageyama & Benno 2000
        • Collinsella tanakaei Nagai, Watanabe & Morotomi, 2010 г.
      • Род Coriobacterium Haas & Konig 1988
        • Coriobacterium glomerans Haas & Konig 1988 г.
      • Род Enorma Mishra et al. 2013
        • Enorma massiliensis Mishra et al. 2013
      • Род Parvibacter Clavel et al. 2013
        • Parvibacter caecicola Clavel et al. 2013
      • Род Senegalimassilia corrig. Lagier et al. 2014 г.
        • Senegalimassilia anaerobia corrig. Lagier et al. 2014 г.
  • Заказать Eggerthellales Gupta et al. 2013
    • Семейство Eggerthellaceae Gupta et al. 2013
      • Род Adlercreutzia Maruo et al. 2008 г.
        • Adlercreutzia equolifaciens Maruo et al. 2008 г.
      • Род Asaccharobacter Minamida et al. 2008 г.
        • Asaccharobacter celatus Minamida et al. 2008 г.
      • Род Cryptobacterium Nakazawa et al. 1999 г.
        • Cryptobacterium curtum Nakazawa et al. 1999 г.
      • Род Denitrobacterium Anderson et al. 2000 г.
        • Denitrobacterium detoxificans Anderson et al. 2000 г.
      • Род Eggerthella Wade et al. 1999 исправление. Würdemann et al. 2009 г.
        • Eggerthella lenta (Eggerth 1935) Wade et al. 1999 исправление. Maruo et al. 2008 г.
        • Eggerthella sinensis Lau et al. 2006 исправление. Maruo et al. 2008 г.
      • Род Enterorhabdus Clavel et al. 2009 исправление. Clavel et al. 2010 г.
        • Enterorhabdus caecimuris Clavel et al. 2010 г.
        • Enterorhabdus mucosicola Clavel et al. 2009 г.
      • Род Gordonibacter Wurdemann et al. 2009 г.
        • Gordonibacter faecihominis Jin et al. 2015 г.
        • Gordonibacter pamelaeae Wurdemann et al. 2009 г.
        • Gordonibacter urolithinfaciens Selma et al. 2014 г.
      • Род Paraeggerthella Wurdemann et al. 2009 г.
        • Paraeggerthella hongkongensis (Lau et al. 2006) Wurdemann et al. 2009 г.
      • Род Slackia Wade et al. 1999 исправление. Нагаи, Ватанабэ и Моротоми 2010
        • Slackia equolifaciens Jin et al. 2010 г.
        • Slackia exigua (Poco et al. 1996) Wade et al. 1999 г.
        • Slackia faecicanis Lawson et al. 2005 г.
        • Slackia heliotrinireducens (Lanigan, 1983) Wade et al. 1999 г.
        • Slackia isoflavoniconvertens Matthies, Blaut & Braune 2009
        • Slackia piriformis Nagai, Watanabe и Morotomi, 2010 г.

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b c Людвиг, В., Эйзэ, Дж., Шуман, П., Буссе, Х.Дж., Трухильо, М.Э., Кампфер, П. и Уитман, ВБ (2012). Дорожная карта филума актинобактерий. В: Руководство Берджи по систематической бактериологии, стр. 1–28. Ред. М. Гудфеллоу, П. Кампфер, Х. Дж. Буссе, М. Е. Трухильо, К. Сузуки, В. Людвиг и У. Б. Уитман. Springer-: Нью-Йорк
  2. ^ а б в Клавель Т., Лепаж П. и Чарье К. (2014). Семейство Coriobacteriaceae. В: Прокариоты, стр. 201-238. Springer-: Берлин Гейдельберг
  3. ^ Stackebrandt E, Zeytun A, Lapidus A и др. (2013). «Полная последовательность генома штамма типа Coriobacterium glomerans (PW2 (T)) из средней кишки Pyrrhocoris apterus L. (красный солдатский клоп)» . Stand Genomic Sci . 8 (1): 15–25. DOI : 10.4056 / sigs.3507020 . PMC  3739169 . PMID  23961308 .
  4. ^ Наказаву F, Пок SE, Икед Т, Сато М, Kalfas S, Sundqvist G, Хосины Е (1999). «Cryptobacterium curtum gen. Nov., Sp. Nov., Новый род грамположительных анаэробных палочек, выделенных из полостей рта человека» . Int J Syst Bacteriol . 49 (Pt 3): 1193–200. DOI : 10.1099 / 00207713-49-3-1193 . PMID 10425779 . 
  5. ^ Würdemann D, Tindall BJ, Pukall R и др. (2009). «Gordonibacter pamelaeae gen. Nov., Sp. Nov., Новый представитель Coriobacteriaceae, выделенный от пациента с болезнью Крона, и реклассификация Eggerthella hongkongensis Lau et al. 2006 г. как Paraeggerthella hongkongensis gen. Nov., Comb. Nov» . Int J Syst Bacteriol . 59 (Pt 6): 1405–15. DOI : 10.1099 / ijs.0.005900-0 . PMID 19502325 . 
  6. ^ Mavrommatis K, Pukall R, Rohde C и др. (2009). «Полная последовательность генома штамма типа Cryptobacterium curtum (12-3)» . Stand Genomic Sci . 1 (2): 93–100. DOI : 10.4056 / sigs.12260 . PMC 3035227 . PMID 21304644 .  
  7. ^ Copeland A, Sikorski J, Lapidus A и др. (2009). «Полная последовательность генома штамма типа Atopobium parvulum (IPP 1246)» . Stand Genomic Sci . 1 (2): 166–73. DOI : 10.4056 / sigs.29547 . PMC 3035223 . PMID 21304653 .  
  8. ^ Göker M, Held B, Lucas S и др. (2010). «Полная последовательность генома штамма типа Olsenella uli (VPI D76D-27C)» . Stand Genomic Sci . 3 (1): 76–84. DOI : 10.4056 / sigs.1082860 . PMC 3035265 . PMID 21304694 .  
  9. ^ Saunders E, Pukall R, Abt B и др. (2009). «Полная последовательность генома штамма типа Eggerthella lenta (IPP VPI 0255)» . Stand Genomic Sci . 1 (2): 174–82. DOI : 10.4056 / sigs.33592 . PMC 3035228 . PMID 21304654 .  
  10. ^ а б Сэйерс; и другие. «Кориобактерии» . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Проверено 27 октября 2016 .
  11. ^ Б с д е е Gupta RS, Chen WJ, Adeolu M, Y Chai (2010). "Молекулярные сигнатуры для класса Coriobacteriia и его различных клад; предложение о разделении класса Coriobacteriia на исправленный порядок Coriobacteriales, содержащий исправленное семейство Coriobacteriaceae и Atopobiaceae fam. Nov., И Eggerthellales ord. Nov., Содержащий семейство Eggerthellaceae fam. ноя ". Int J Syst Evol Microbiol . 63 (3): 3379–97. DOI : 10.1099 / ijs.0.048371-0 . PMID 23524353 . 
  12. ^ а б Гао Б., Гупта RS (2005). «Консервативные индели в белковых последовательностях, характерные для филума актинобактерий» . Int J Syst Evol Microbiol . 55 (Pt 6): 2401–2412. DOI : 10.1099 / ijs.0.63785-0 . PMID 16280504 . 
  13. ^ а б Гао Б., Параманатан Р., Гупта Р.С. (2006). «Сигнатурные белки, которые являются отличительными характеристиками актинобактерий и их подгрупп». Антони ван Левенгук . 90 (1): 69–91. DOI : 10.1007 / s10482-006-9061-2 . PMID 16670965 . S2CID 25817892 .  
  14. ^ а б в Гао Б., Гупта Р.С. (2012). «Филогенетическая основа и молекулярные сигнатуры для основных клад филума актинобактерий» . Microbiol Mol Biol Rev . 76 (1): 66–112. DOI : 10.1128 / MMBR.05011-11 . PMC 3294427 . PMID 22390973 .  
  15. ^ а б Чжи XY, Ли WJ, Stackebrandt E (2009). «Обновление структуры и определения последовательности гена 16S рРНК высших рангов класса Actinobacteria, с предложением двух новых подотрядов и четырех новых семейств и исправленных описаний существующих высших таксонов» . Int J Syst Evol Microbiol . 59 (Pt 3): 589–608. DOI : 10.1099 / ijs.0.65780-0 . PMID 19244447 . 
  16. ^ а б Гупта RS (2016). «Влияние геномики на понимание эволюции и классификации микробов: важность взглядов Дарвина на классификацию» . FEMS Microbiol Rev . 40 (4): 520–53. DOI : 10.1093 / femsre / fuw011 . PMID 27279642 .