Из Википедии, свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Дэвид Липман
Пол Гинспарг и Дэвид Липман (обрезано) .jpg
Дэвид Липман в июне 2013 года
Рожденный
Дэвид Дж. Липман
Альма-матерУниверситет Брауна, Университет
Буффало, Государственный университет Нью-Йорка
ИзвестенВлияние на развитие BLAST (биотехнологии) [1]
НаградыПремия ISCB для старших ученых,
член Национальной академии наук США,
член ISCB [2]
Научная карьера
ПоляБиоинформатика
Вычислительная биология
Методы сравнения последовательностей
Сравнительная геномика
Молекулярная эволюция
УчрежденияНациональный центр биотехнологической информации
Университет Брауна
в Буффало, Государственный университет Нью-Йорка
Известные студентыСтивен Альтшул [3]
Марк Богуски [ необходима ссылка ]
Веб-сайтwww .ncbi .nlm .nih .gov / исследования / сотрудники / липман

Дэвид Дж. Липман - американский биолог, который с 1989 [1] по 2017 год был директором Национального центра биотехнологической информации (NCBI) при Национальных институтах здравоохранения . [4] [5] NCBI является домом для GenBank , [6] американского узла Международного консорциума баз данных последовательностей и PubMed , одного из наиболее часто используемых сайтов в мире для поиска и извлечения биомедицинской информации. Липман - один из первых авторов программы выравнивания последовательностей BLAST и уважаемый деятель в биоинформатике .[7] [8] [9] В 2017 году он покинул NCBI и стал главным научным сотрудником Impossible Foods . [10]

Образование [ править ]

Липман получил степень бакалавра в Университете Брауна и степень доктора медицины в 1980 году в Университете Буффало, Государственный университет Нью-Йорка [11]

Карьера [ править ]

Липман был директором-основателем Национального центра биотехнологической информации , входящего в состав Национальной медицинской библиотеки Национального института здравоохранения США. Под его руководством NCBI выросла с менее чем дюжины человек до более чем 500 научных сотрудников, и теперь в ней размещены сотни научных и медицинских баз данных, включая GenBank , PubMed , PubMed Central , dbGaP, dbSNP, Архив чтения последовательностей (SRA), RefSeq , PubChem и многие другие. Внутренняя исследовательская программа NCBI включала группы под руководством Стивена Альтшула (еще один соавтор BLAST), Дэвида Ландсмана, Юджина Кунина [12] (плодовитый автор сравнительной геномики).), Л. Аравинд.

Липман очень хорошо известен своей основополагающей работой над серией алгоритмов подобия последовательностей, начиная с алгоритма Уилбура-Липмана [13] в 1983 году, поиска FASTA [14] [15] в 1985 году, BLAST [16] в 1990 году и Gapped BLAST и PSI-BLAST [17] в 1997 году. BLAST в конечном итоге стал наиболее широко используемой и высоко цитируемой (более 160000 цитирований по состоянию на 2021 год) программой выравнивания последовательностей в этой области, а сервер NCBI BLAST сегодня является одним из самых популярных. интенсивно используемые ресурсы.

Липман также много лет работал с Деннисом А. Бенсоном и другими сотрудниками NCBI над поддержанием и улучшением GenBank , одной из крупнейших в мире баз данных геномов и последовательностей белков. GenBank вместе с Европейским архивом нуклеотидов и Банком данных ДНК Японии образуют Международное сотрудничество с базами данных нуклеотидных последовательностей (INSDC), полностью открытую неограниченную базу данных геномных последовательностей, которая является мировым хранилищем таких данных с 1990 года [18] [ 19] [20]

Он был одним из создателей проекта по секвенированию генома гриппа - проекта по секвенированию и предоставлению доступа к геномам тысяч изолятов вируса гриппа. [ необходима цитата ]

Он был одним из первых лиц, подписавших Заявление Bethesda о публикации в открытом доступе . [ необходима цитата ]

Он также является редактором главный для открытого доступа , рецензируемых онлайн научный журнал под названием Biology Direct . [21]

В мае 2017 года Липман оставил свою должность в NCBI, чтобы присоединиться к растительной мясной компании Impossible Foods в качестве главного научного директора. [22]

Награды и награды [ править ]

Липман получил премию Ассоциации биомолекулярных ресурсов за выдающийся вклад в биомолекулярные технологии в 1996 году.

В 2000 году он был избран членом Национальной медицинской академии . [23]

В 2004 году он был награжден премией ISCB Senior Scientist Award и избран членом ISCB в 2009 году Международным обществом вычислительной биологии . [2] [24]

В 2005 году доктор Липман был избран членом Национальной академии наук США . [ необходима цитата ]

В 2013 году он получил награду Белого дома «Сторонник перемен» за «Открытую науку». [25] [26]

Ссылки [ править ]

  1. ^ a b «Исследовательский институт размещает данные о генах в Интернете» . Нью-Йорк Таймс . 26 июня 1997 г.
  2. ^ а б Анон (2017). «Стипендиаты ISCB» . iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала на 2017-03-20.
  3. ^ «Смысл от последовательностей: Стивен Ф. Альтшул на улучшении BLAST» . 2000. Архивировано из оригинала на 2007-10-07.
  4. ^ "Дэвид Дж. Липман, доктор медицины, директор Национального центра биотехнологической информации" . Архивировано из оригинала на 2013-06-10.
  5. ^ «Открытый доступ сейчас | Беседа с Дэвидом Липманом» . Biomedcentral.com . Архивировано из оригинального 29 июня 2011 года . Проверено 2 июля 2011 года .
  6. ^ Бенсон, DA; Karsch-Mizrachi, I .; Липман, диджей; Ostell, J .; Уиллер, DL (2007). «ГенБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D25 – D30. DOI : 10.1093 / NAR / gkm929 . PMC 2238942 . PMID 18073190 .  
  7. ^ "Дэвид Липман - Google Scholar" . Scholar.google.com . Проверено 26 марта 2017 .
  8. ^ Список публикаций из Microsoft Academic [ мертвая ссылка ]
  9. ^ Дэвид Дж. Липман насервере библиографии DBLP
  10. ^ "Национальная медицинская библиотека объявляет об уходе директора NCBI доктора Дэвида Липмана" . www.nlm.nih.gov . Проверено 5 мая 2017 .
  11. ^ "Дэвид Дж. Липман, доктор медицины Биография" . nih.gov . Архивировано из оригинала на 2017-02-11 . Проверено 9 февраля 2017 .
  12. ^ Татусов, Р.Л .; Кунин, Э.В. Липман, ди-джей (1997). «Геномная перспектива белковых семейств» . Наука . 278 (5338): 631–637. Bibcode : 1997Sci ... 278..631T . DOI : 10.1126 / science.278.5338.631 . PMID 9381173 . 
  13. ^ Уилбур, WJ; Липман, DJ (1983). «Быстрый поиск сходства в банках данных нуклеиновых кислот и белков» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 80 (3): 726–730. Bibcode : 1983PNAS ... 80..726W . DOI : 10.1073 / pnas.80.3.726 . PMC 393452 . PMID 6572363 .  
  14. ^ Липман, Д .; Пирсон, В. (1985). «Быстрые и чувствительные поиски сходства белков». Наука . 227 (4693): 1435–1441. Bibcode : 1985Sci ... 227.1435L . DOI : 10.1126 / science.2983426 . PMID 2983426 . 
  15. ^ Пирсон, WR; Липман, DJ (1988). «Улучшенные инструменты для сравнения биологических последовательностей» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 85 (8): 2444–2448. Bibcode : 1988PNAS ... 85.2444P . DOI : 10.1073 / pnas.85.8.2444 . PMC 280013 . PMID 3162770 .  
  16. ^ Altschul, Стивен ; Гиш, Уоррен ; Миллер, Уэбб ; Майерс, Юджин ; Липман, Дэвид (1990). «Базовый инструмент поиска локального выравнивания» . Журнал молекулярной биологии . 215 (3): 403–410. DOI : 10.1016 / S0022-2836 (05) 80360-2 . PMID 2231712 . 
  17. ^ Altschul, S .; Мэдден, TL; Schäffer, AA; Zhang, J .; Zhang, Z .; Миллер, В .; Липман, ди-джей (1997). «Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска по базам данных белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 25 (17): 3389–3402. DOI : 10.1093 / NAR / 25.17.3389 . PMC 146917 . PMID 9254694 .  
  18. ^ Бенсон, DA; Cavanaugh, M .; Кларк, К .; Karsch-Mizrachi, I .; Липман, диджей; Ostell, J .; Сейерс, EW (2012). «ГенБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (выпуск базы данных): D36 – D42. DOI : 10.1093 / NAR / gks1195 . PMC 3531190 . PMID 23193287 .  
  19. ^ Бенсон, DA; Karsch-Mizrachi, I .; Кларк, К .; Липман, диджей; Ostell, J .; Сэйерс, EW (2011). «ГенБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (выпуск базы данных): D48 – D53. DOI : 10.1093 / NAR / gkr1202 . PMC 3245039 . PMID 22144687 .  
  20. ^ Бенсон, DA; Karsch-Mizrachi, I .; Липман, диджей; Ostell, J .; Сэйерс, EW (2010). «ГенБанк» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D32 – D37. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1079 . PMC 3013681 . PMID 21071399 .  
  21. ^ "Архивная копия" . Архивировано из оригинала на 2011-09-30 . Проверено 28 октября 2011 .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
  22. ^ "Национальная медицинская библиотека объявляет об уходе директора NCBI доктора Дэвида Липмана" . www.nlm.nih.gov . Проверено 4 мая 2017 .
  23. ^ «Институт медицины избирает новых членов» .
  24. ^ "ISCB называет лауреата премии 2004 года за выдающиеся достижения старшего научного сотрудника, доктор Дэвид Липман Информационный бюллетень ISCB 7-3" . Iscb.org . Проверено 2 июля 2011 года .
  25. ^ "Архивная копия" . whitehouse.gov . Архивировано 21 января 2017 года . Проверено 2 апреля 2016 г. - из Национального архива .CS1 maint: заархивированная копия как заголовок ( ссылка )
  26. ^ «Доктор Дэвид Липман получает награду Белого дома« Открытая наука »« Чемпионы перемен »от имени NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 2 апреля +2016 .