Из Википедии, бесплатной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску

DrugBank база данных является всеобъемлющей, в свободном доступе, онлайн базы данных , содержащей информацию о лекарственных препаратах и лекарственных мишенях. [1] Как ресурс по биоинформатике и хеминформатике , DrugBank сочетает в себе подробные данные о лекарствах (например, химические, фармакологические и фармацевтические) с исчерпывающей информацией о лекарствах (например, о последовательности, структуре и путях). [1] [2] DrugBank использовал контент из Википедии ; [3] Википедия также часто ссылается на Drugbank, что создает потенциальные проблемы с циркулярной отчетностью . [3]

Последняя версия базы данных (версия 5.0) содержит 9591 статей наркотиков , включая 2037 FDA обсуждение и низкомолекулярные препараты, 241 FDA утвержденных биотехнологический ( белок / пептид ) наркотики, 96 нутрицевтики и более 6000 экспериментальных препаратов . [4] Кроме того, 4270 последовательностей неизбыточных белков (т.е. мишень / фермент / переносчик / носитель лекарственного средства) связаны с этими записями о лекарствах. Каждая запись DrugCard (рис. 1) содержит более 200 полей данных, причем половина информации посвящена данным о лекарствах / химикатах, а другая половина - данным о лекарствах-мишенях или белках. [4]

Четыре дополнительные базы данных, HMDB, [5] T3DB, [6] SMPDB [7] и FooDB , также являются частью общего набора метаболомных / хеминформатических баз данных. HMDB содержит эквивалентную информацию о более чем 40 000 метаболитов человека, T3DB содержит информацию о 3100 общих токсинах и загрязнителях окружающей среды , SMPDB содержит схемы метаболических путей почти для 700 метаболических путей человека и путей заболеваний, а FooDB содержит эквивалентную информацию о ~ 28 000 пищевых компонентов и пищевых добавок .

История версий [ править ]

Первая версия DrugBank была выпущена в 2006 году. [1] Этот ранний выпуск содержал относительно скромную информацию о 841 маломолекулярных лекарствах, одобренных FDA, и 113 биотехнологических лекарствах. Он также включал информацию о 2133 мишенях для наркотиков. Вторая версия DrugBank была выпущена в 2009 году. [2] Эта значительно расширенная и улучшенная версия базы данных включала 1344 одобренных низкомолекулярных лекарств и 123 биотехнологических препарата, а также 3037 уникальных лекарств-мишеней. Версия 2.0 также впервые включала изъятые из употребления наркотики и запрещенные наркотики , обширные взаимодействия продуктов питания и наркотиков и лекарства-лекарства, а также параметры ADMET (абсорбция, распределение, метаболизм, экскреция и токсичность). Версия 3.0 была выпущена в 2011 году.[8] Эта версия содержала 1424 утвержденных низкомолекулярных препарата и 132 биотехнологических препарата, а также более 4000 уникальных лекарственных мишеней. Версия 3.0 также включала данные о транспортерах лекарств, данные о путях распространения лекарств, ценах на лекарства, данные о патентах и ​​производстве, а также данные о более чем 5000 экспериментальных лекарствах. Версия 4.0 была выпущена в 2014 году. [4] Эта версия включала 1558 одобренных FDA низкомолекулярных препаратов, 155 биотехнологических препаратов и 4200 уникальных лекарственных мишеней. Версия 4.0 также включает обширную информацию о метаболитах лекарств (структурах и реакциях), систематике лекарств, спектрах лекарств, константах связывания лекарств и информацию о синтезе лекарств. В таблице 1 представлена ​​более полная статистическая сводка истории развития DrugBank.

Объем и доступ [ править ]

Все данные в DrugBank не являются собственностью или получены из сторонних источников. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на исходный источник. Данные DrugBank доступны через общедоступный веб-интерфейс и загружаются.

Пользователи могут запрашивать DrugBank несколькими способами:

  • Поддерживаются простые текстовые запросы всего текстового компонента базы данных. Нажатие на кнопку «Обзор» генерирует табличный синопсис содержания DrugBank. Это представление позволяет пользователям случайно прокручивать базу данных или повторно сортировать ее содержимое (рис. 2).
  • Нажатие на данную кнопку DrugCard вызывает полное содержание данных для соответствующего препарата. Здесь дается полное объяснение всех полей и источников DrugCard.
  • Кнопка PharmaBrowse позволяет пользователям просматривать лекарства, сгруппированные по их показаниям. Это особенно полезно для фармацевтов и врачей, а также для исследователей-фармацевтов, которые ищут потенциальных клиентов.
  • Кнопка ChemQuery позволяет пользователям рисовать (с помощью апплетов ChemAxon ) или записывать (в виде строки SMILES ) химическое соединение и искать в DrugBank химические вещества, похожие или идентичные запрашиваемому соединению (рис. 3).
  • Кнопка TextQuery поддерживает более сложный текстовый поиск (частичное совпадение слов, чувствительность к регистру , орфографические ошибки и т. Д.) В текстовой части DrugBank.
  • Кнопка SeqSearch позволяет пользователям выполнять поиск последовательностей BLAST (белков) среди 18 000 последовательностей, содержащихся в DrugBank. Поддерживаются запросы BLAST как с одной, так и с несколькими последовательностями (т.е. весь протеом ).
  • Кнопка Data Extractor открывает простой в использовании инструмент поиска по реляционным запросам , который позволяет пользователям выбирать или выполнять поиск по различным комбинациям подполей. Data Extractor - это самый сложный инструмент поиска для DrugBank.

Пользователи могут загружать выбранные текстовые компоненты и данные последовательности из DrugBank и отслеживать последние новости о DrugBank через регулярные новостные ленты на его веб-сайте, а также через Twitter и Facebook.

См. Также [ править ]

  • ЧЭМБЛ
  • Метаболизм лекарств
  • HMDB
  • КЕГГ
  • Список биологических баз данных
  • Фармакология
  • SMPDB
  • T3DB
  • База данных терапевтических целей

Ссылки [ править ]

  1. ^ а б в г Wishart, DS; Knox C; Guo AC; и другие. (Январь 2006 г.). «DrugBank: исчерпывающий ресурс для открытия и исследования лекарств in silico» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (выпуск базы данных): D668-72. DOI : 10.1093 / NAR / gkj067 . PMC  1347430 . PMID  16381955 .
  2. ^ а б Wishart, DS; Knox C; Guo AC; и другие. (Январь 2008 г.). «DrugBank: база знаний о наркотиках, действиях с наркотиками и мишенях для наркотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (выпуск базы данных): D901-6. DOI : 10.1093 / NAR / gkm958 . PMC 2238889 . PMID 18048412 .  
  3. ^ a b Харрисон, Стивен (7 марта 2019 г.). «Головокружительная проблема цитируемой Википедии» Факты, «которые уносят свою собственную жизнь» . Журнал Slate . Дата обращения 9 ноября 2019 .
  4. ^ a b c Закон, V; Нокс, К; Джумбу, Y; Джуисон, Т; Guo, AC; Лю, Y; Мацеевский, А; Арндт, Д; Уилсон, М; Neveu, V; Тан, А; Габриэль, G; Ly, C; Адамджи, S; Dame, ZT; Хан, Б; Чжоу, Y; Wishart, DS (январь 2014 г.). «DrugBank 5.0: новый свет на метаболизм лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D1091-7. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1068 . PMC 3965102 . PMID 24203711 .  
  5. ^ Wishart, DS; Guo, AC; Eisner, R; Янг, N; Гаутам, Б; Hau, DD; Psychogios, N; Донг, Э; Bouatra, S; Мандал, R; Синельников, I; Ся, Дж; Цзя, L; Cruz, JA; Лайм; Собси, Калифорния; Шривастава, S; Хуанг, П; Лю, П; Клык, L; Пэн, Дж; Fradette, R; Cheng, D; Цур, Д; Clements, M; Льюис, А; Де Соуза, А; Зунига, А; Доу, М; Xiong, Y; Клайв, Д; Greiner, R; Назырова, А; Шайхутдинов, Р; Ли, Л; Vogel, HJ; Форсайт, я (январь 2009 г.). «HMDB: база знаний о метаболоме человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D603-10. DOI : 10.1093 / NAR / gkn810 . PMC 2686599 . PMID 18953024 .  
  6. ^ Лим, E; Pon A; Джумбоу Y; Knox C; Шривастава S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Январь 2010 г.). «T3DB: всесторонне аннотированная база данных распространенных токсинов и их мишеней» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (выпуск базы данных): D781-6. DOI : 10.1093 / NAR / gkp934 . PMC 2808899 . PMID 19897546 .  
  7. ^ Джуисон, Т; Вс Y; Disfany FM; и другие. (Январь 2014 г.). "База данных путей малых молекул" . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (выпуск БД): D478-84. DOI : 10.1093 / NAR / gkt1067 . PMC 3965088 . PMID 24203708 .  
  8. ^ Нокс, C; Закон, V; Джуисон, Т; Лю, П; Ly, S; Фролкис, А; Пон, А; Banco, K; Мак, С; Neveu, V; Джумбу, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (Январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для исследования лекарств« омикс »» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (выпуск базы данных): D1035-41. DOI : 10.1093 / NAR / gkq1126 . PMC 3013709 . PMID 21059682 .