Entrez (выраженный ɒntreɪ [1] ) Глобальный запрос Межбазовые поисковая система является федеративный поиск двигателя или веб - портал , который позволяет пользователям искать много дискретных наук о здоровье базы данных в Национальном центре биотехнологической информации сайта (NCBI). [2] NCBI является частью Национальной медицинской библиотеки (NLM), которая сама является отделом Национальных институтов здравоохранения (NIH), который, в свою очередь, является частью Министерства здравоохранения и социальных служб США.. Название «Entrez» (приветствие, означающее «Войдите» на французском языке) было выбрано, чтобы отразить дух приветствия публики к поиску контента, доступного на NLM.
Entrez Global Query - это интегрированная система поиска и поиска, которая обеспечивает доступ ко всем базам данных одновременно с помощью единой строки запроса и пользовательского интерфейса. Entrez может эффективно извлекать связанные последовательности , структуры и ссылки. Система Entrez может обеспечивать просмотр последовательностей генов и белков и карт хромосом . Некоторые учебники также доступны в Интернете через систему Entrez.
Особенности [ править ]
На главной странице Entrez по умолчанию предоставляется доступ к глобальному запросу. Все базы данных, проиндексированные Entrez, можно искать с помощью одной строки запроса, поддерживая логические операторы и теги условий поиска, чтобы ограничить части оператора поиска определенными полями. Это возвращает унифицированную страницу результатов, которая показывает количество совпадений для поиска в каждой из баз данных, которые также являются ссылками на фактические результаты поиска для этой конкретной базы данных.
Entrez также предоставляет аналогичный интерфейс для поиска в каждой конкретной базе данных и для уточнения результатов поиска. Функция ограничений позволяет пользователю сузить область поиска в интерфейсе веб-форм. Функция «История» дает пронумерованный список недавно выполненных запросов. На результаты предыдущих запросов можно ссылаться по номеру и объединять с помощью логических операторов. Результаты поиска можно временно сохранить в буфере обмена. Пользователи с учетной записью MyNCBI могут сохранять запросы на неопределенный срок, а также получать обновления с новыми результатами поиска по электронной почте для сохраненных запросов большинства баз данных. Он широко используется в области биотехнологии в качестве справочного пособия как для студентов, так и для профессионалов.
Базы данных [ править ]
Entrez ищет в следующих базах данных:
- PubMed : цитаты и рефераты из биомедицинской литературы, включая Medline - статьи из (в основном медицинских ) журналов , часто с рефератами. Ссылки на PubMed Central и другие полнотекстовые ресурсы предоставляются для статей 1990-х годов.
- PubMed Central : бесплатные полнотекстовые журнальные статьи
- Поиск по сайту: веб-сайты NCBI и FTP
- Книги: онлайн-книги
- Онлайн-менделевское наследование в человеке (OMIM)
- Нуклеотид : база данных последовательностей ( GenBank )
- Белок : база данных последовательностей
- Геном : полные последовательности генома и картирование
- Структура : трехмерные макромолекулярные структуры
- Таксономия : организмы в Таксономии GenBank
- dbSNP : однонуклеотидный полиморфизм
- Ген : [3] информация, ориентированная на ген.
- HomoloGene : группы гомологии эукариот
- PubChem Compound: уникальные химические структуры малых молекул
- PubChem Substance: депонированные записи о химических веществах
- Genome Project : информация о геномном проекте
- UniGene : генно-ориентированные кластеры последовательностей транскриптов
- CDD : база данных консервативных белковых доменов
- PopSet : наборы данных популяционных исследований ( эпидемиология )
- Профили GEO : экспрессия и профили молекулярного содержания
- GEO DataSets : экспериментальные наборы данных GEO
- Архив чтения последовательности : данные секвенирования с высокой пропускной способностью
- Раковые хромосомы : цитогенетические базы данных
- PubChem BioAssay : экраны биоактивности химических веществ
- Зонд : реагенты, специфичные для последовательности
- Каталог NLM : библиографические данные NLM для более чем 1,2 миллиона журналов, книг, аудиовизуальных материалов, компьютерного программного обеспечения, электронных ресурсов и других материалов, размещенных в LocatorPlus (обновляются каждый будний день).
Доступ [ редактировать ]
Помимо использования форм поисковой машины для запроса данных в Entrez, NCBI предоставляет утилиты программирования Entrez [4] (eUtils) для более прямого доступа к результатам запроса. Доступ к eUtils осуществляется путем отправки специально сформированных URL-адресов на сервер NCBI и анализа ответа XML. Также существовал интерфейс SOAP eUtils, работа которого была прекращена в июле 2015 года [5].
История [ править ]
В 1991 году был выпущен компакт-диск Entrez. В 1993 году версия программного обеспечения клиент-сервер обеспечивала подключение к Интернету. В 1994 году NCBI создала веб-сайт, и Entrez стал частью этого первоначального выпуска. В 2001 году была выпущена книжная полка Entrez, а в 2003 году была разработана база данных Entrez Gene. [6]
Ссылки [ править ]
- ^ «Определение 'entrez ' » . Словарь Коллинза [Интернет] .
- ^ Координаторы ресурсов NCBI (2012). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (выпуск базы данных): D8 – D20. DOI : 10.1093 / NAR / gks1189 . PMC 3531099 . PMID 23193264 .
- ^ "Дом - Джин - NCBI" .
- ^ "Entrez Utilities" .
- ^ "Веб-служба электронной утилиты (SOAP)" .
- ^ Смит, Кент. «Краткая история становления и роста NCBI» . Справочник NCBI [Интернет]. 2-е издание . Дата обращения 3 мая 2014 .
Внешние ссылки [ править ]
- Форма поисковой системы Entrez
- Entrez Помощь